食品檢測的指標主要包括食品的一般成分分析、微量元素分析、農藥殘留分析、獸藥殘留分析、黴菌毒素分析、食品添加劑分析和其他有害物質的分析等。每一個不合格項目的檢出，也代表該食品中含有對人體不利或有害的成分，需要引起我們足夠的重視。
大腸菌群、菌落總數
大腸菌群、菌落總數是生物污染性的重要指標。多數食物中毒是由生物污染引起的，嚴格控制生物污染的發生，對食品安全非常重要。微生物指標(如大腸菌群、菌落總數)超標，表明企業產品存在嚴重的衛生質量缺陷，被致性微生物污染的機率增大。消費者食用大腸菌群、菌落總數超標的食品，可能引起急性中毒、嘔吐、腹瀉等症狀。
金黃色葡萄球菌
金黃色葡萄球菌的產腸毒素菌株污染食品可產生腸毒素，引起食物中毒。金黃色葡萄球菌致病是由其產生的多種毒素和酶，如腸毒素、血漿凝固酶、耐熱核酸酶，還有表皮剝脫毒素、毒性休克綜合毒素Ⅱ等，可引起感染化膿性疾病、內臟化膿性疾病、敗血症、膿毒血症及毒素性疾病。
金黃色葡萄球菌腸毒素十分耐熱，100℃加熱數小時也不能破壞，能在極短的時間內導致食物中毒。因此，金黃色葡萄球菌污染的食品若加熱殺滅細菌後，該菌產生的腸毒素仍能導致食物中毒素，是引起食物中毒素的重要原因。監測食品中金黃色葡萄球菌腸毒有十分重要的意義。
黴菌和酵母
黴菌和酵母可造成食物的腐敗變質，並可能使食品表面失去色、香、味。有些黴菌能夠合成有毒代謝產物-黴菌毒素;酵母在新鮮的和加工的食品中繁殖，可使食品發生難聞的異味，它還可以使液體發生混濁，產生氣泡，形成薄膜，改變顏色及散發不正常的氣味等。
蒸發殘渣
蒸發殘渣是衡量塑料製品質量好壞的最重要的指標之一，可反映出一次性餐盒在使用過程中遇醋、酒、油等液體時可能析出殘渣，可能含有大量有機化學物質。殘渣中化學物質一旦被人體長期攝入，易使消費者產生頭暈，患上膽、腎結石等現象，對人體健康產生不良影響。尤其是對處於成長期的兒童和青少年影響更大。當使用這種餐盒時，盛裝的食品溫度越高，醋或油的濃度越大，析出的有害物質就會越多。此外，殘渣還會對食品的色、香、味造成直接影響。
二氧化硫殘留量
二氧化硫對食品有漂白和防腐作用，是食品加工中常用的漂白劑和防腐劑。人如果食用了二氧化硫超標的食物，易出現頭暈、嘔吐、噁心、腹瀉、全身乏力、胃黏膜損傷等，嚴重時會傷害肝、腎等臟器，引起急性中毒。
亞硝酸鹽
亞硝酸鹽有很強的毒性，中毒劑量為0.2g-0.5g，劑量過大可中毒致死。亞硝酸鹽進入人體後，可使血中低鐵血紅蛋白失去運氧的功能，致使組織缺氧，出現青紫而中毒，出現口唇、舌尖、指尖青紫，重者眼結膜、面部及全身皮膚青紫，噁心、嘔吐、絞痛、腹瀉，嚴重者昏迷、驚厥、大小便失禁，可因呼吸衰竭而死亡。
食品添加劑
苯甲酸、山梨酸、脫氫乙酸鈉屬於防腐劑，被用來抑制食品中微生物的繁殖，以延長食品保質期。長期食用含過量防腐劑的食品會破壞人體腸道正常菌群的平衡，嚴重時危害人體的肝臟和腎臟，導致人體腸胃功能、血液酸鹼度失調。糖精鈉是人工合成的甜味劑，上世紀初就開始應用於食品中。
糖精鈉是糖精的一種鹽類，雖還允許使用，但目前對其安全性科學界還在進行反覆的評價，過量食用對人體可能造成潛在的毒副作用。環己基氨基磺酸鈉(甜蜜素)和乙醯胺磺酸鉀(安賽蜜)是人工合成的新型甜味劑，它們的甜度是蔗糖的幾十倍甚至上百倍，如果攝入過量就會對人體構成危害，特別是對代謝排毒能力差的老人和兒童。
著色劑
檸檬黃、日落黃、胭脂紅均屬人工合成色素。人如果長期或一次性大量食用色素含量超標的食品，容易在體內蓄積，對腎臟、肝臟產生一定傷害，長期攝入容易致癌，對處於生長發育期的兒童危害更大。如果色素等食品添加劑的合成過程把關不嚴，會造成砷、汞、苯酚等有害物質的含量增加，對人體的傷害更大;酸性橙Ⅱ是工業色素，服用後會引起肝臟細胞的損害，促進肝癌的發展，有強致癌性，禁止作為食品添加劑使用。但是由於酸性橙具有色澤鮮艷，著色穩定，價廉等特點，不法商販將其用於食品生產與加工，嚴重危害了消費者身體健康。
鋁的殘留量
食用鋁超標的食物，鋁會在人體內不斷地累積，引起神經系統的病變，干擾人的思維、意識和記憶功能，表現為記憶減退、震顫與身體協調障礙等，甚至可能增加老年性痴呆的風險，嚴重者可能痴呆。攝入過量的鋁，還可能導致沉積在骨質中的鈣流失，抑制骨生成，發生骨軟化症。
鋁的排泄主要是通過腎臟，過多的鋁對腎臟會造成傷害，引起腎功能失調、腎衰竭等。鋁在人體內是慢慢蓄積的，其引起的毒性緩慢。不易察覺。然而，一旦發生代謝紊亂的毒性反應，則後果嚴重。同樣面對鋁超標的食物，兒童要比成年人更容易受到傷害。
氟化物
作為人體必需的微量元素之一，氟對人體的生長發育具有重要的意義，一旦缺乏會導致骨質疏鬆、齲齒。但是，人體對氟含量十分敏感，過多的氟，輕則引起牙齒變黃、發黑，重則會得氟骨症及影響內分泌系統。我國規定飲用水中氟濃度小於1.0毫克/升，適宜濃度為1.4-2毫克/升。含氟聚合物，例如聚四氟乙烯，特富龍，是化學惰性且對生物無害的材料，是不粘鍋塗層和一些戶外防水透氣型布料的主要材料。