裝盆後的處理
最科學的處理方法是將牡丹枝條半平岔，即在每個枝條的頂芽下5至15厘米處將枝條剪去，標準是要確保剪斷後的枝條上至少有兩個以上側芽。剪下的枝條可以作為接穗進行嫁接繁殖。
這樣做的原因是，剛剛盆栽的牡丹，半年內一般不會生出太多新根，而第二年開春後，每個枝條上的頂芽會迅速生長、形成花蕾、然後開花。這個過程需要消耗大量的營養，而因為剛盆栽的牡丹新根較少，不能從基質中及時汲取足夠的營養，只好大量消耗根部儲存的養分。這樣開花後2至3年內，盆栽牡丹的新根系生長和新花芽的發育都大大受到影響，甚至導致不開花。因此，去掉頂芽後，牡丹第一年不開花，便有足夠的營養和時間生出足夠多的新根系，確保以後無論是反季節生產還是正常生產，年年都能正常開花。
盆栽後，不對枝條進行任何修剪，直接用於當年的年宵花生產，即春節前讓其開花。這種生產方式會導致牡丹在夏天逐漸死亡，即使活下來的也沒有商品價值，因為剛剛盆栽的牡丹，還沒有生出良好的新根系，而老根上的營養在隨後的花芽生長、開花過程中幾乎被消耗殆盡。
盆栽後，將其放置在向陽背風處，第二年開花時直接銷售牡丹盆花，這種方式也會有一部分牡丹在夏天逐漸死亡。可在花蕾萌動後，去掉一部分花蕾（保留葉片），只留約一半花蕾繼續生長至開花，並在夏天來臨時將其放置到陰涼處，以便降低水分蒸騰。這些措施可確保大部分牡丹存活，並保持一定的商品價值。
蔞栽牡丹是將牡丹栽種於四周和底部都透氣的塑料蔞中，比如四周帶孔的垃圾筐，然後再在大田挖坑種到大田裡。與盆栽方式相比，這種栽培方式的優勢有以下幾點：蔞栽牡丹所用的塑料蔞透氣性好，不積水，牡丹根能更好地伸展和吸收養分，加快牡丹苗的生長，縮短育苗周期；蔞栽牡丹移栽方便快捷，節省人工，移栽成本低。
基本養護
光照管理
牡丹花喜光，但怕暴曬，炎熱夏季的高溫常常會灼傷葉片。再加上盆栽牡丹的根系吸水能力受到限制，所以夏季一定要適當遮陰，一般上午10點到下午4點用遮陽網予以遮蓋，中午要嚴禁暴曬。春、秋兩季，要將其擺放於背風向陽的地方，充分接受陽光。
水分管理
牡丹總體上喜乾燥，但不要誤以為牡丹耐旱，只不過是不要讓土壤中水的飽和度過高，否則其肉質根容易腐爛，所以給牡丹澆水的原則是「勤澆水、但每次澆水的量都要少」，特別是盆栽牡丹更是要勤澆、少澆。夏季氣溫較高時，更要適當增加澆水次數。秋季澆水要適當減少，以防誘發花芽提前萌動，影響第二年的開花。冬季進入休眠後，盆土不幹就基本上不用澆水。
施肥管理
牡丹喜肥，要注意適時追肥。對新上盆的牡丹，半年內一般不再施肥，盆土配製時加入的基肥就基本可滿足其生長需要。追肥一般是在半年後開始，一年追肥2至3次為宜，主要是春季花蕾成長階段，花開完後和秋季施肥。施用傳統有機肥就可以，可以施入盆土中，也可以澆水時一併施入液態有機肥。
病蟲害管理
葉部疾病主要是灰霉病和葉斑病，以春天發芽時噴施殺菌劑預防為主。一旦發生上述病害，及時去除病枝，可用1%波爾多液、70%甲基托布津1000倍液、65%代森鋅500倍液或50%氯硝銨1000倍液，每隔10至15天噴一次，連續噴2至5次。
根部疾病主要是根結線蟲、蠐螬和根腐病。根腐病主要是因水分和濕度過大，引發鐮刀菌和蜜環菌復合感染引起。預防措施是：在種植前，用可濕性甲基托布津600至800倍液和1000倍的甲基異柳磷混合液，浸泡牡丹根5至10分鐘再種植。對已經種植後發病的牡丹，可用上述藥液灌根或者澆水時一同施入。防治蠐螬時，可將甲基異柳磷施入花盆中。對於線蟲，可用10％克線磷顆粒劑，或40%甲基異柳磷800倍液，或3%甲基異柳磷顆粒劑，或涕滅威，或磷化鋁片施入花盆中。