檢測HIV對於篩查，確認和監測感染至關重要。有不同類型的診斷工具可用於檢測HIV特異性抗體，病毒抗原或核酸。檢測HIV特異性IgG和IgM抗體的第三代酶免疫檢測，檢測抗HIV抗體和HIV p24抗原的第四代酶免疫檢測以及基於核酸的HIV RNA檢測是目前最常用的診斷方法；對於HIV感染患者，HIV 病毒載量檢測和CD4+細胞計數等是最常用的監控方法；HIV基因分型檢測用於檢測 HIV 基因組突變，其對研究和改善HIV病毒的藥物抗性非常有用；干血斑測試對於幼兒和偏遠地區HIV感染疫情的掌握有著獨特的優勢；一些常用的免疫因子，感染指標，血栓標誌物對於HIV感染後期患者監控具有一定指導意義。生物標誌物的發展的利用對於病情的篩查、診斷、監控和治療具有指明燈似的作用，對於控制HIV感染和AIDS的治療起到了關鍵性作用。
目前常用的HIV感染指標
1 血清學檢測
HIV-1/2抗體
應用：HIV感染篩選和HIV感染確認。
篩選測試方法：酶聯免疫吸附測試、化學發光、免疫螢光、免疫層析試紙條、免疫滲濾法等測試方法。
確認測試方法：免疫印跡、條帶/線性免疫實驗（RIBA/LIA）、間接免疫螢光（IFA）和快速確認等方法。
HIV-1/2抗體是應用最多，且效果最好的感染篩選指標。相比於HIV抗原p24，儘管其窗口期更長，但不存在後期衰減。相比於HIV RNA，其成本更低，方法更多，更適合普及HIV感染篩選。
HIV抗原p24
應用：HIV感染篩選
測試方法：酶聯免疫吸附測試、化學發光、免疫螢光、免疫層析試紙條、免疫滲濾法等測試方法。
HIV抗原p24無法單獨應用於HIV感染篩選，但可結合HIV-1/2抗體進行早期感染篩選。其窗口期更短，是目前四代HIV試紙條的基礎。
2 病毒學檢測
HIV病毒分離
應用：HIV感染確認。
測試方法：外周血單核細胞（PBMC）共培養法。
陽性判定：培養上清液p24抗原或逆轉錄酶連續2次呈現陽性反應、並有p24抗原含量/逆轉錄酶活性升高，或同時出現HIV特異性細胞病變，並經鑑定為HIV基因序列，判為HIV-1分離陽性。
HIV病毒分離陽性是最直接的HIV感染確認方法。但該法檢測技術要求較高，較難普及。同時分離陰性並不能排除HIV感染。
HIV核酸檢測
應用：HIV感染篩查、HIV感染確認、嬰兒HIV感染篩查、抗逆轉錄病毒治療監控等。
HIV定性檢測：實時定量PCR。
HIV定量檢測：靶核酸擴增和信號放大。
定量結果判定：新行標規定，當檢測值>5000 cps/mL報告陽性檢測值；檢測值＜5000cps/mL，需要再次採樣檢測，以確認檢測值。最終結果需要結合臨床及流行病史、CD4+淋巴細胞檢測或者HIV-1抗體檢測結果進行綜合判斷。
HIV核酸檢測的窗口期更短，且是抗逆轉錄病毒治療效果監控推薦的指標之一。儘管行標把核酸診斷納入全民篩查方法，但較HIV-1/2抗體和HIV抗原p24，核酸檢測技術難度和成本都也更高。HIV核酸檢測是嬰兒HIV感染最好的篩查指標。
3 細胞免疫學檢測
CD4+淋巴細胞檢測
應用：HIV感染檢測、AIDS分期、抗逆轉錄病毒治療監控等。
CD4+淋巴細胞計數：用於成人及5歲以上兒童和青少年。當計數結果≥500/mm³，則無缺陷。350-499/mm³，輕度缺陷。200-349/mm³，中度缺陷。＜200/mm³，重度免疫缺陷。
CD4+淋巴細胞百分比：用於5歲以下兒童。具體判定標準如下。
判定標準
檢測技術：流式細胞儀或顯微鏡手動計數。
CD4+淋巴細胞檢測是HIV感染和AIDS分期的判定標準。無法單獨作為篩查的診斷標誌物。
匯總表格如下
匯總表格
其它標誌物：應用於HIV感染監控
1 基因分型檢測
研究該技術的企業有雅培和西門子。基因分型系統適用於檢測 HIV 基因組突變（這些突變賦予其對特定類型抗逆轉錄病毒藥物的抗性），從而作為監測和治療 HIV 感染的輔助手段。本質上這是一個技術集成系統，包括樣品準備系統，反轉錄PCR系統，測序系統，毛細管電泳系統和報告系統。
2 干血斑測試
干血斑（Dry Blood Spots, DBS）目前用在新生兒HIV早期感染診斷與偏遠落後地區HIV流行的監控。由於采血量少（50-80μL），採集製備成本低，製作簡單，適合運輸等特點，該方法在一些特殊場合有他的應用價值。
3 免疫類標誌物
這些免疫因子儘管不屬於HIV感染的特異性標誌物，但可溶性白細胞介素-2受體，白細胞介素-6，血清IgA和血清細胞因子等的升高意味著HIV感染者的患病率會升高。
4 其它標誌物
HIV感染後期與慢性炎症相關的許多生物標誌物也會升高，這些疾病包括心血管疾病，多種形式的癌症，肝病，腎病，神經認知衰退和骨質疏鬆症等。白細胞介素-6，C-反應蛋白，D-二聚體這些都會在這個過程中出現異常。白細胞介素-6是一種細胞因子，目前也用作感染的生物標誌物。C-反應蛋白是目前最常用的感染生物標誌物之一。D-二聚體的升高證明了凝血酶正在生成，是血栓診斷常用的生物標誌物。目前大量的研究證明，HIV感染會增加靜脈血栓形成的風險。
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