貨櫃是跨境物流過程中的關鍵運輸載體，有效管理至關重要，而為了便於貨櫃在國際運輸中的識別、管理和交接，便於單據編制和信息傳輸，國際標準化組織頒布了《貨櫃的代號、識別和標記》（ISO6346-1995)，該標準明確地規定了貨櫃的內容、標記字體的尺寸、標記的位置等。按此標準，貨櫃標記可分為必備標記和自選標記兩類。由於「必備標記」是貨櫃都需要標記的內容，下面就來著重科普下。
國際標準化組織規定的標記有必備標記和自選標記兩類，每一類標記中又分識別標記和作業標記。具體來說，貨櫃上有箱主代號；箱號或順序號、核對號；貨櫃尺寸及類型代號。
一、必備標記
1．識別標記。它包括箱主代號，設備識別代號、順序號及核對數字組成。
（１）箱主代號(Owner Code)。是貨櫃所有人向國際貨櫃局登記註冊的三個大寫的拉丁文字母表示，比如馬士基集團自有箱的箱主代號之一是「MSK」。
（２）設備識別代號。是緊接著箱主代號的第四位字母，用以表示貨櫃的類型，最常見的是「U」，用於表示所有常規的貨櫃。另外「J」表示帶有可拆卸的貨櫃，「Z」表示貨櫃的拖車和底盤車。
（３）順序號，又稱「箱號」或「箱體註冊碼」（Registration Code），由6位阿拉伯字母組成。如有效數字不是6位時，則在有效數字前用 「0」 補足6位以區別於同一箱主的貨櫃，如 「053842」。
（４）核對數字。又稱「校驗碼」（Check Digit），核對數字是用來驗證箱主代號和順序號記錄是否準確的依據，經計算機處理所得。它位於順序號後，以一位阿拉伯數字加一方框表示。
2.作業標記。它包括以下三個內容：
（1）額定重量和自定重量標記。額定重量即貨櫃總重，自重即貨櫃空箱質量（或空箱重量），應以公斤（kg) 和磅（lb) 同時表示；
（2）空陸水聯運貨櫃標記。由於該貨櫃的強度僅能堆碼兩層。因而國際標準化組織對該貨櫃規定了特殊的標誌，該標記為黑色，位於側壁和端壁的左上角，並規定標記的最小尺寸為：高127mm，長355mm，字母標記的字體高度至少為76mm；
（3）登箱頂觸電警告標記。該標記為黃色底各色三角形，一般設在罐式貨櫃和位於登箱頂扶梯處，以警告登梯者有觸電危險。
二、自選標記
1. 識別標記。它包括：
（1）國家和地區代號，如中國用CN ，美國用US；
（2）尺寸和類型代號（箱型代碼）。
2. 作業標記。它包括：
（1）超高標記，該標記為在黃色底上標出黑色數字和邊框，此標記貼在貨櫃每側的左下角，距箱底約0.6m處，同時該貼在貨櫃主要標記的下方。凡高度超過2.6m的貨櫃應貼上此標記；
（2）國際鐵路聯盟標記。凡符合《國際鐵路聯盟條列》規定的貨櫃，可以獲得此標記。該標誌是在歐洲鐵路上運輸貨櫃的必要通行標誌。上部「ic」表示國際鐵路聯盟，下部的數字表示各鐵路公司的代碼。對於超重（總重超過30.48t）的貨櫃，應設「SUPER HEAVY」的三角形超重標記。
三、通行標記
貨櫃在運輸過程中能順利的通過或進入它過境，箱上必須貼有按規定要求的各種通行標誌，否則，必須辦理繁瑣證明手續，延長了貨櫃的周轉時間。
貨櫃上主要的通行標記有；安全合格牌照、貨櫃批准牌照、防蟲處理板、檢驗合格徽及國際鐵路聯盟標記等。