清代蒙古族的建築技術也有了進一步的提高，表現在許多方面。
傳統的蒙古包在結構上出現了變化，除以往的氈帳夕卜，出現了木結構的蒙古包。適應某些特殊情況下的需要，可以建造大型的蒙古包。如庫倫的阿巴岱蒙古包可容納300人。 在城建方面，蒙古族的工匠和設計者已能獨立建築城池。如歸化城土默特的蒙古族工匠們即曾對歸化城進行擴建。歸化城原為明萬曆年間漢族工匠所修。僅有兩個城門，城小人少。經過百餘年的剝蝕，已「年久塌廢」。至康熙中期，「生聚日繁、市廛擁擠」。土默特左右兩翼和六召喇嘛及台吉所轄的三個蘇木縉庶人等上書工部，請求自行鳩資重修。此次重修在舊城南增設外城，「包東西南三面築牆。每面各增一門」。東曰『承恩』，西曰『柔遠』，南曰『歸化』，北曰『建威』（或做律武門），俱建額其上，以舊南門為鼓樓，顏曰「威固」。由此可見，當時蒙古族工匠已完全吸收掌握了漢族的建築技術。
喇嘛教的迅速傳播，客觀上也推動了蒙古地區建築技術的發展。因為眾多壯麗輝煌的寺宇的建築，需要引進藏族和漢族等其他民族的建築工藝和技術，並將其與蒙古族傳統的技術結合起來。為此重要寺廟的洞闊爾學部（時輪學部）專門設有製作廟堂模型（薩其格勒生）的課程，教經喇嘛不僅在理論上傳授，學生還要實際動手製作。因此時輪學部的喇嘛實際上同時也是寺院建築設計師。在他們的指導下，寺院的建築不僅呈現出藏式、蒙古式和漢式多種形式。相當多的寺院還將其融合起來，同一殿堂既有藏族特點，又有漢族風格。
恢弘的王府是封建時代凝聚了中國傳統建築精華的大型群體建築，對結構、技術工藝和建築質量要求極高。清廷對王公貴族府第的修建做了嚴格劃一的規制，一律採用與滿洲貴族的府第相同的規格形制。
王公府第最初都是由內地工匠修建，但到清代後期，漠北蒙古地區已經出現了專門從事王府建築的蒙古族建築師。據波茲德涅耶夫報道，漠北阿都沁旗就有這樣一位建築師。此人一生中主持設計建造了100餘座王公府第。他精通營造各種不同爵位的王公所居王府的規格、結構、裝飾、建築材料等知識，具有出色的組織施工的能力。