《慶餘年》原著被封為穿越小說經典之一，有傳編劇王倦早在10年前已經有將此書改編成電視劇的想法，之後經數年改編，最終製作出與原著風格截然不同的電視劇版本。
1、穿越情節消失
在廣電總局審查制度下，所有影視作品不得出現穿越情節，為了順利過審，《慶餘年》的最大改動就是刪去原作中的穿越情節。
《慶餘年》原本是一部長篇穿越小說，講男主角前世是一個重症肌無力患者，瀕死之際，突然穿越到嬰兒范閒身上。故事背景發生在人類文明毀滅之後的新文明時代，范閒的母親也是一名穿越者。作為一本另類的穿越小說，作者在書中創立的世界觀令讀者嘆為觀止，也是書中的一大特色。
劇中刪去穿越情節後，所有人都變成一個歷史系學生張慶（張若昀飾演）所寫小說中的人物。劇中的范閒一開始也以為自己是某個穿越者，但其實他的個人意識是葉輕眉將一些AI數據傳輸入自己體內，所以嚴格意義上來說不算穿越。這個大改動比較牽強，但為了順利過審也是不得已而為之。
2、男主范閒是美男
《慶餘年》開播初期，最令原著粉絲不滿的就是男主人選。原著中，范閒被形容為：「長的很漂亮，長長的睫毛，微紅的薄唇，眼睛寧柔有光，看上去跟個女孩子一樣」，是一個比女生還美的美男子。不少人認為范閒的人選，應該是雌雄難辨，五官精緻類型的男演員。
結果有點大小眼的張若昀在一眾美型系男星中突圍而出，獲得范閒這個角色，令當時網上反對聲一片。
張若昀高大陽光，性格鬼馬，同劇版范閒古靈精怪、語出驚人的個性比較相近。由他演繹的范閒全無陰鬱氣質，二世樂觀機智，非常討喜。
作為內地小生中難得的演技派，張若昀也將多年配角生涯中磨練出來的演技用到演范閒身上。雖然與美男子沾不上邊，但演技在同代小生中稱得上數一數二的張若昀，為了能讓原著粉絲接受自己的「丑版范閒」，將《慶餘年》原著反覆讀了好幾次。最後也獲得觀眾一致好評，更令原本排斥的原著粉也對他另眼相看。
3、范閒花心變專一
原著中的范閒性格陰鬱，對身邊眾多美女來者不拒，與多位女角色發生過關係。因為原著中范閒的前世是一個常年臥床的重病患者，幾乎與外界絕緣，更加不會有娶妻生子的機會。於是書中寫他投胎後要加倍補償自己，他曾給自己定下三個目標：「第一，我要生很多很多小孩子，第二，我要寫很多很多書，第三，我要過很好的生活。」可見原著中范閒 與韋小寶有幾分相似。
原著作者曾經解釋過，自己原本想將范閒塑造成為一個專一的男人，但因為這本書定位是男性向的穿越小說，考慮到讀者多為男性，他只能在書中不斷加入男主角的感情線，來滿足讀者觀感。到了劇版，編劇將男主重新寫回一個非常專一的形象，他只鍾情於女主角林婉兒一人，講出：「我心胸狹窄，只能愛一人」的好男人台詞，戀愛態度更是正能量，也為他贏得不少女粉絲的喜愛。
4、范閒小妾被消失
原著中雖然在感情線上著墨不多，但故事結尾男主角除了正妻林婉兒，也納了多年陪伴自己的侍女柳思思為妾。書中柳思思就像大姐姐一樣一直支持范閒，她為范閒誕下大女范淑寧，對范閒來說是非常重要的親人。
本來有傳柳思思一角由演員虞鑫蕾飾演，不過最後柳思思整個角色被刪，范閒也由多情變專一。
5、滕梓荊被殺
《慶餘年》劇中范閒忠心耿耿的侍衛滕梓荊在牛欄街為保護范閒被殺，范閒一怒之下要找林婉兒二哥報仇，是劇中一大催淚點。
但其實在書中，范閒對自己的四個護衛並沒有太深厚的感情，滕梓荊在書中原名叫滕子京，也沒有在牛欄街被殺，而是成為范閒家中的管家，在書中後期出場次數也越來越少。
編劇表示劇集版的滕梓荊形象更豐富、更完整，唯一可惜的是最後慘死的結局令人不舍。
6、五竹變健談
劇中一直幫助范閒的武林高手五竹，真實身份其實是一個人工智慧機器人，是現代文明遺留下的產物。他忠於范閒的母親葉輕眉，受其所託將范閒從宮中帶走，范閒成人後又將他帶到京都。因為是人工智慧，所以書中五竹性格沉默，甚少講話，不過為表現出角色的心理活動，劇版的五竹多了不少台詞，性格也變得開朗些許。
7、女主角「林依晨」變林婉兒
《慶餘年》女主角林婉兒在原著中是以林依晨為原型，甚至原名也叫林依晨，旁人一般稱她為晨郡主。原著作者稱當時自己瘋狂迷戀林依晨，所以書中角色也直接套用女神名字，不過劇集拍攝時還是選了與女主角氣質更為相符合也更年輕的李沁演出，晨郡主也改名為林婉兒。
8、范閒慶帝父子變溫情
小說與劇集中的最大反派慶帝，對范閒這個私生子一直非常冷漠，兩父子之間甚少互動。不過劇中加了不少慶帝關心范閒的情節，以及兩人互動的篇幅，也為范閒性格轉變、最終下決心弒父做足鋪墊。