明初朱元璋大興冤獄，每次行刑後朱元璋都會詢問監斬官，是否有人咒罵他。在監斬丞相李善長還有侯爺陸仲亨等人後，監斬官向朱元璋彙報李善長遺言後，朱元璋嘆息道：「把他孫女留下吧。」
李善長可是跟隨朱元璋白手起家的謀士之一，在朱元璋還在郭子興手下的時候，他就在朱元璋身邊出謀劃策。當時朱元璋因遭到郭子興的猜忌，被關進大牢，差點被活活餓死。
但是朱元璋的妻子，也就是後來的馬皇后，她正是郭子興最愛的養女。馬氏懇求郭子興能放過朱元璋，並打下保票。郭子興一時心軟，知道這個朱元璋基本是除不掉了，便決定趁著還沒有放朱元璋出來的時候，將他身邊的人都籠絡到身邊來。
首先想到的就是謀士李善長。找來李善長表示可以委任給他比朱元璋位置更高的官職，讓他來到自己的起義軍中效命。李善長深知郭子興此舉就是要將朱元璋身邊人全部籠絡過去，讓朱元璋出來後也無人可用。
然李善長並沒有直接拒絕，而是表現的很含糊，而是想要考慮一下。此舉李善長就是想要拖點時間，等馬氏救出朱元璋就好說了。
這期間，李善長經常在郭子興面前替朱元璋求情。再加上養女馬氏的求情，郭子興也就決定還是放了朱元璋吧。經過這一劫後的朱元璋也安分了許多，不像之前那麼張揚了，對待李善長更是十分器重。
一直到建立明朝初年，李善長更是被朱元璋冊封為明朝第一位左丞相，一時間李善長是位高權重，朱元璋還將自己的女兒都許配給了李家，李善長更是成為了名副其實的皇親國戚。
起初就算有人彈劾李善長，朱元璋都不會放在眼裡。不過隨著朱元璋年齡的增長，開始面臨為太子朱標鋪好上位路。但對於曾跟隨自己一步步打上來的功臣們，朱元璋擔心太子不會壓住他們，所以便決定對這些功臣們下手。
首先除掉的就是與劉伯溫並列的謀臣胡惟庸，他是接任李善長成為明朝第二位左丞相一職的。只因有傳聞胡惟庸家中出現異象，沒有向朱元璋稟報，再加上胡惟庸擅自處死了一名馬夫。朱元璋便以「擅權植黨」罪將胡惟庸全家都給抄了。
然朱元璋給扣上的植黨罪名，必然代表著胡惟庸還有很多黨羽。導致此案件審理長達10年之久，直接受牽連的被處死的就是三萬多人。就在胡惟庸被處死後的十年後，已經步入暮年76歲的李善長也被以「胡黨」的罪名，全家抄斬。
還有數位與朱元璋一起打天下的武將，全部被朱元璋扣上「胡黨」罪名一同斬首。刑場上也是為朱元璋立過許多戰功的武將陸仲亨大喊道：「朱元璋，兄弟們替你打天下，出生入死，你今天卸磨殺驢，無情無義，不得好終。」
此刻也被押在刑場上的李善長說到：「仲亨不要罵皇上，今天的皇上乃是天下豪傑之首，這些都是天意，殺我們的頭沒錯，就算我是皇帝，我也會如此做的。」隨後，劊子手喝了口酒，噴在刀刃上，將李善長、陸仲亨等五位功臣全部斬首。
隨後監斬官回到宮中，朱元璋問道：「這些人，臨死的時候都說什麼了？」監斬官將李善長臨終時喊出的話學了一遍之後，朱元璋剎那間流下眼淚說道：「把他孫女留下吧。」就這樣，李善長全家七十多口人全部被朱元璋抄斬，只留下一條血脈。
有民史傳：「朱元璋留下的這個李善長的孫女，也是朱元璋許配給李家兒子所生下的女孩，也就是朱元璋的皇外孫女。」
《明史》中也記載：「朱元璋的女兒為李家生下了兩個孩子，分別叫李芳，李茂，全被留了下來。」可以確定的是，李家的確留下了血脈，不過具體是留下了誰，就無法得知了。