清代是一個幅員遼闊的封建帝國，和明代不同的是，清代的內地和邊疆地區的民族成分以及宗教信仰多樣化，為此清政府在各地實行不同的地方行政制度，在以省府州縣為主的行政體系中，清代別具特色，開創了「一國六制」的地方行政制度。
何謂「一國六制」呢，具體來看是這樣的：
1.在滿洲的大本營，人口以滿族為主的東北地區，設立盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍各一人，分別負責一省的行政管理，也是一省的最高軍政長官；
2.對於滿族人口實行的是八旗制度；
3.而對漢人較為集中的地區實行的州縣制度；
4.對於內蒙古各旗實行的是旗盟制度，各旗聯合為六個盟；
5.對外蒙古和青海、新疆等地的蒙古部族，則設立了烏里雅蘇台將軍和參贊大臣、科布多參贊大臣和辦事大臣、庫侖辦事大臣和幫辦大臣以及西寧辦事大臣進行管理。這些地方，可以視為與內地各省平行的地方一級行政機構，內蒙各盟可視為地方二級行政機構。
6.在新疆設立伊犁將軍管轄天山南北路，即整個新疆，下設烏魯木齊都統，伊犁、塔城、喀什噶爾參贊大臣，以及南北疆重鎮的辦事大臣、協辦大臣、領隊大臣等。
清代的基層行政制度基本上實行的是州縣制度，但在以上幾個特殊的地方行政區中，卻是沒有州縣制度的，如蒙古各部和哈密、吐魯番地區實行的札薩克制；南疆維族地區實行的伯克制；在西南少數民族地區，實行的卻是世襲的土官、土司制度。
在內地，順天、奉天是兩個直轄府（有點像現在的直轄市的意思），它們直接聽命於朝廷。順天府置府尹一人，府丞一人，轄大興，宛平兩個京縣和京畿四路廳20個州縣。奉天府轄承德縣，置滿缺府尹一人，漢缺府丞一人。
而在內地的18個省中，實行的是督撫制度，在省以下，大多數的人理解的是府、州、縣幾個二、三級行政區，其實在很多省中，還有四類基層行政區也特別重要，且不常見，這裡進行一番簡單的介紹。
1.直隸廳。直隸廳一般多置於雲、貴、川、桂等省的少數民族區域，除了個別直隸廳轄州、縣、土府、土州、土司外，大多數的直隸廳不轄三級行政區，它本身就是一個基層政區，只是有些地區特殊，以州縣的權力不能很好的管理，所以設立此政區。
2.直隸州。所謂的直隸州有兩個說法：第一，指一個由省直轄的二級政區，它包括由直隸州知州直轄的政區，和由知州所領的若干個縣。例如直隸省易州直隸州，領淶水、廣昌二縣；山西代州直隸州，領五台、崞縣、繁峙縣三縣；安徽廣德直隸州，領建平縣。第二指直隸州知州的直轄政區，和縣平等，本身就是一個基層政區。
3、屬州。也稱散州，隸於府（也有隸於直隸廳），為基層政區。如直隸保定府所屬的安州、祁州，正定府所屬的晉州，大名府所屬的開州等均為屬州。
4.屬廳。大多數隸屬於府，個別隸屬於駐防將軍。如直隸張家口廳、獨石口廳、多倫諾爾廳隸屬於口北道；吉林廳、伯都訥廳隸屬於吉林將軍。
光緒時期，全國共有185個府、72個直隸州、45個直隸廳、145個州、75個廳和1303個縣。