聚（ADP-核糖）聚合酶抑制劑（PARPi）為BRCA或PALB2突變胰腺癌患者提供了有效的維持治療選擇。然而，關於PARPi耐藥機制和最佳PARPi後治療策略的研究較少。本研究收集了42例鉑敏感晚期胰腺癌患者的配對cfDNA樣本和PARPi後臨床數據，這些患者參加了NCT03140670接受盧卡帕利維持治療，其中32例出現疾病進展。在盧卡帕利治療進展患者中，外周血檢出獲得性BRCA或PALB2回復突變並不常見（5/30；16.6%）。回復突變與對PARPi治療快速耐藥（mPFS 3.7個月 vs 12.5個月，p=0.001）和總生存期較差（mOS 6.2個月 vs 23.0個月，p<0.0001）顯著相關。在盧卡帕利治療進展後接受進一步治療的患者中，所有回覆突變患者再次接受了含鉑化療，比沒有回覆突變的患者更快發生該治療進展（rwTTD 2.4個月 vs 5.8個月，p = 0.004）。在PARPi治療進展並接受後續化療的患者中，有回覆突變的患者從二線治療開始的OS顯著短於沒有回覆突變的患者（5.5個月 vs 12.0個月，p = 0.002）。最後，在接受盧卡帕利治療的患者中，高水平的腫瘤脫落與不良結局獨立相關。本研究表明，獲得性回復突變在接受盧卡帕利維持治療的BRCA或PALB2相關晚期PDAC患者中並不常見，但有害。回復突變導致PARPi治療快速進展，後續含鉑化療快速失敗，患者總生存期較差。血液檢測到這類突變可能具有預測和預後價值。
研究背景
聚（ADP-核糖）聚合酶抑制劑（PARPi）維持治療可延長攜帶BRCA1、BRCA2或PALB2致病性胚系或體細胞變異的鉑敏感晚期胰腺癌患者的無進展生存期（PFS），改善其生活質量。然而，患者對PARPi治療的反應差異很大，一些腫瘤表現出原發性耐藥，而另一些腫瘤對PARPi的反應持續數月甚至數年。目前，對於PARPi治療進展的BRCA或PALB2相關胰腺癌患者，原發性和繼發性PARPi 耐藥基本機制，以及後續化療療效相關研究較少。
我們先前發表了一項單臂II期臨床試驗的結果，探索了盧卡帕利維持治療在攜帶BRCA1、BRCA2或PALB2胚系或體細胞致病性變異的鉑敏感晚期胰腺癌患者中的療效（NCT03140670）。該臨床試驗收集了入組時（含鉑化療後PARPi治療前）和盧卡帕利治療進展時的配對循環遊離（cf）DNA樣本。臨床結局，包括對盧卡帕利治療方案的反應，以表格形式列出。報告了該人群的臨床和cfDNA結果。
研究結果
患者
42例患者參加NCT03140670接受盧卡帕利治療。入組時，40例患者患有轉移性胰腺癌，2例患者患有不可切除局部晚期胰腺癌。在數據截止時（2021年12月10日），11例患者仍在接受盧卡帕利治療，包括1例患者在局部進展後因臨床獲益仍使用盧卡帕利。在其餘31例因疾病進展而停用盧卡帕利的患者中，7例未接受後續全身治療，1例接受靶向治療。19例繼續使用盧卡帕利或未接受進展後化療的患者未納入進展後結局分析（見圖1）。
圖1. CONSORT流程圖
表1按接受的進展後治療類型分類，列出了所有42例參加NCT03140670的患者的基線和人口統計數據。在線性回歸模型中，臨床試驗中盧卡帕利治療時間與進展後化療時間呈弱相關（係數=0.35，95% CI 0.03-0.67，p=0.03）。盧卡帕利治療時間與進展後化療類型無關（Pearson's Chi2 p=0.45）（圖2）。基線KRAS變異的檢出與盧卡帕利治療的最佳反應（根據RECIST）呈負相關（Fisher精確檢驗 p=0.005）。進展時檢測到KRAS變異與後續盧卡帕利後化療的真實世界反應無關（Fisher’s p=0.41）。在方差分析中，基線cfDNA濃度與盧卡帕利RECIST結局無關（模型p=0.78）。Pearson相關係數顯示，基線CA19-9水平與基線cfDNA濃度無關（係數0.1167，p=0.47）。方差分析顯示，在盧卡帕利治療進展並接受額外化療的患者中，進展時cfDNA濃度與二線化療的最佳反應無關（模型總體p=0.33），Pearson相關係數顯示，進展時cfDNA濃度與CA19-9也沒有顯著相關性（係數0.3866，p=0.09）。
表1. NCT03140670所有入組患者的人口統計數據，按進展後治療分類
圖2. 患者水平因素與盧卡帕利和進展後化療的結局（如適用）
臨床結局
盧卡帕利後化療由醫生酌情選擇，獨立於臨床試驗。在接受盧卡帕利後全身治療的23例患者中，18例（78.3%）接受含鉑方案（奧沙利鉑，n=9；順鉑，n=9），5例（21.7%）接受非含鉑方案（吉西他濱+ nab-紫杉醇，n=3；基於伊立替康的方案，n=2）（表1和圖1）。評估了真實世界治療停止時間（rwTTD），定義為從盧卡帕利後化療開始到治療停止（或不治療≥120天）、治療改變、記錄進展或死亡的時間（圖3A）。此外，評估了OS（從二線化療開始到死亡的時間）和OS2（從入組NCT03140670到死亡的時間）。未達到關注終點的患者在最後一次臨床接觸之日進行審查。
圖3. 生存結局，根據進展後化療分類
接受含鉑化療的患者，從進展後化療起的中位rwTTD為3.7個月（95% CI 2.1-5.9個月）。接受非含鉑化療的患者，中位rwTTD為5.8個月（95% CI 1.0-NR）（圖3B）。二線治療中沒有患者接受PARPi後免疫治療，一例患者參加臨床試驗接受了三線CAR-T細胞治療。
進展後接受化療的所有23例患者，開始化療起的中位總生存期（OS）為10.8個月（95% CI 6.2-12.8個月），中位OS2（從入組試驗到死亡的時間）為18.3個月（95% CI 11.9-21.5個月）。PARPi進展後再次接受含鉑化療的患者，開始化療起的中位OS為9.9個月（95% CI 4.4-11.5個月），OS2為14.8個月（95% CI 9.3-20.7）。接受非含鉑化療的患者，中位OS為18.7個月（95% CI 12.6-未達到（NR）），中位OS2為28.9個月（14.4-NR）（圖3C和D）。
進一步評估了真實世界緩解率（rwRR），這一結果接近臨床試驗RECIST結果。接受非含鉑化療的5例患者中，2例（40%）獲得真實世界部分緩解（rwPR）。接受含鉑化療的18例患者中，4例（22.2%）獲得rwPR。2例接受含鉑化療的患者（11.1%）最佳反應為真實世界穩定疾病（rwSD）。其餘患者的最佳反應為真實世界疾病進展（rwPD）（3/5例非含鉑化療，12/18例含鉑化療）（表2）。一利接受含鉑化療的患者在首次腫瘤影像學評估前死於疾病進展，因此被列為 rwPD。
表2. 關鍵結局，根據進展後化療分類
cfDNA分析
在入組NCT03140670的42例患者中，41例在基線時獲取了cfDNA樣本（鉑敏感，盧卡帕利前），其中36例（88%）檢測到腫瘤來源的cfDNA。在盧卡帕利治療進展的31例患者中，30例有進展時cfDNA樣本，其中所有患者（100%）均檢測到cfDNA（圖2）。這些檢測是在臨床試驗完成後分批進行的，所以進展後治療醫生無法獲得結果。因此，這些結果不影響治療決策。
在盧卡帕利治療進展且有進展時cfDNA樣本的30例患者中，7例在任一時間點檢測到回復突變，5例（16.6%）繼發回復突變，這些突變恢復了BRCA或PALB2基因的開放閱讀框，從而恢復了蛋白質功能。2例在入組試驗時有回覆突變的患者使用PARPi均出現疾病快速進展，其中一例患者僅在基線時檢測到回復突變，另一例患者在基線和疾病進展時均檢測到（相同的）回復突變。在所有疾病進展的患者中，任一時間點檢測到回復突變的患者相比沒有回覆突變的患者，盧卡帕利治療的OS[中位OS 6.2個月（95% CI 1.3-11.3）vs 23.0個月（95% CI 19.0-28.9），log-rank p<0.0001]和PFS[中位PFS 3.7個月（95% CI 0.9-4.1）vs 12.5個月（95% CI 5.3-16.0），log-rank p=0.001]顯著較短（圖4A和4B）。類似地，繼發回復突變的患者相比未出現回復突變的患者，盧卡帕利治療的OS[中位9.3個月（95% CI 4.6-NR）vs 23.0個月（95% CI 19.0-28.9），p<0.001]和PFS[中位3.8個月（95% CI 1.8-NR）vs 12.5個月（95% CI 5.3-16.0），p=0.009]顯著較短（圖4C和4D）。
圖4. 回復突變與預後較差相關
與未發生回復突變的患者相比，任一時間點有回覆突變的患者盧卡帕利後結局顯著較差。在盧卡帕利治療進展後接受進一步治療的患者中，有回覆突變的患者進展後治療的中位rwTTD和OS分別為2.4個月（95% CI 0.6-NR）和5.5個月（95% CI 3.2-NR），而沒有回覆突變的患者為5.8個月（95% CI 2.6-9.9）和12.0個月（95% CI 9.9-15.0）（log-rank rwTTD p= 0.004，OS p= 0.002）。此外，有回覆突變的患者盧卡帕利後含鉑化療結局比沒有回覆突變的患者差。4例進展時檢測到回復突變的患者和14 例進展時未檢測到回復突變的患者在盧卡帕利治療進展後接受了含鉑化療。有回覆突變（n = 4）的患者盧卡帕利後化療的中位OS為5.5個月（95% CI 4.4-NR），沒有回覆突變的患者為10.3個月（95% CI 3.2-14.4，log-rank p = 0.13）（圖4E）。有回覆突變的患者二線含鉑化療的中位rwTTD為2.1個月（95% CI 0.6-NR），而沒有回覆突變的14例患者為3.9個月（95% CI 1.7-8.4，log-rank p=0.03）（圖4F）。最後，3例患者發生雜合性缺失（LOH）事件，但其中只有1例患者存在BRCA LOH（該患者攜帶BRCA1和BRCA2 LOH）。沒有患者攜帶PALB2 LOH。
在42例入組患者中，21例有腫瘤組織NGS結果，其中17例（81%）腫瘤組織檢測到KRAS突變。36例基線可檢測到cfDNA的患者中，10例（27.7%）檢測到KRAS突變，26例（72.2%）未檢測到KRAS突變。疾病進展時，在31份cfDNA樣本中，17份（53.1%）檢測到KRAS突變。基線時外周血檢測到KRAS變異的患者（n=10）盧卡帕利治療的mPFS顯著短於未檢測到KRAS變異的患者（n=31）：mPFS 1.7個月 vs 16.1個月（log-rank p=0.026）。類似地，基線時外周血檢測到KRAS變異的患者中位OS顯著短於未檢出患者（9.1個月vs 29.0個月，p = 0.014）。對整個隊列（n=41）12個月OS二分類結局突變丰度（VAF）指標的受試者工作特徵曲線下面積（AUC/ROC）分析顯示，KRAS VAF（AUC= 0.771，95% CI 0.597-0.944）、中位VAF（AUC= 0.745，95% CI 0.570-0.919）、平均VAF（AUC=0.703，95% CI 0.520-0.886）和變異計數（AUC= 0.727，95% CI 0.559-0.896）與結局相關，而最大VAF（AUC=0.679，95% CI 0.490-0.868）和最小VAF（AUC=0.663，95% CI 0.486-0.850）與結局無關。在已知KRAS突變患者中（cfDNA或組織檢出，n=25），KRAS VAF（AUC=0.708，95% CI 0.512-0.905）、最大VAF（AUC=0.742，95% CI 0.537-0.949）、最小VAF（AUC=0.746，95% CI 0.555-0.938）、中位VAF（AUC=0.833， 95% CI 0.672-0.994）、平均VAF（AUC=0.781，95% CI 0.590-0.972）和變異計數（AUC=0.760， 95% CI 0.567-0.954）均與12個月OS相關。提示腫瘤脫落（代表接受積極治療時腫瘤生長），而不是單突變狀態，可能是這些患者結局較差的驅動因素。值得注意的是，入組時2例局部晚期疾病患者在VAF分析中被歸類為腫瘤脫落高。
討 論
本研究描述了一組參加臨床試驗接受盧卡帕利維持治療的胚系或體細胞BRCA1、BRCA2或PALB2突變晚期胰腺癌患者的盧卡帕利治療後結局和cfDNA發現。對配對cfDNA樣本和PARPi後臨床數據的後續分析發現，回復突變在PARPi進展的患者群體中並不常見，其與盧卡帕利和PARPi後含鉑化療的不良結局有關。
在入組或進展時檢測到回復突變的患者中，沒有患者（0/7）對盧卡帕利有反應超過六個月，而未檢測到回復突變的患者中，有10/35（28.5%）反應超過六個月（六個月失敗的比值比= 31.6，95% CI 1.6-612.3，p=0.02）。這強調，與其他PARPi耐藥機制相比，回復突變似乎是一個早期耐藥事件。然而，有文獻報道，胰腺癌患者在接受PARPi治療一年多後出現回復突變，強調儘管回復突變作為晚期耐藥機制可能不常見，但這種情況可能發生。
儘管回復突變患者的結局較差，但回復突變在整個患者群體中相對少見，只有16.6%的患者在盧卡帕利進展時外周血新檢測到回復突變。出現回復突變的患者在使用盧卡帕利後迅速進展，而對於大多數沒有回覆突變的患者來說，該情況並不普遍。這一發現提示，在BRCA或PALB2相關胰腺癌患者中，對盧卡帕利的獲得性耐藥，特別是較遲的獲得性耐藥，可能在很大程度上取決於其他機制，或者在目前可及的外周血檢測中可能不容易檢測到。除了回復突變之外，先前的文獻中還描述了多種潛在的耐藥機制。上皮間充質轉化、SLFN11 缺失、p-糖蛋白過表達、PARG缺失、PARP1突變和非BRCA依賴性末端切除酶上調（例如TP53BP1缺失或MRE11A擴增）在臨床前模型及PARPi耐藥患者中均有報道，但其全部臨床意義和發生率尚不明確。同源重組功能檢測如RAD51組織檢測，腫瘤基因檢測以及其他耐藥機制（如啟動子甲基化）的發生和驗證，將是研究可能快速對PARPi產生耐藥的患者的關鍵。最近開發的HRD-RNA平台可以使用全外顯子組RNA測序，進一步識別除BRCA缺失外的其他同源重組缺陷患者。
此外，所有接受盧卡帕利後含鉑化療的回覆突變患者經該治療疾病快速進展。可能有這樣的假設，一旦回復突變使BRCA蛋白功能恢復，鉑敏感性可能會喪失，這一發現已經在其他癌症類型中得到證實。其他BRCA相關癌症的現有文獻表明，在PARPi進展之前或進展時檢測到回復突變與卵巢癌PARPi治療的OS和PFS較短有關。本研究中，具有回覆突變的患者OS也顯著差於非回復突變患者，所有具有回覆突變的患者在PARPi後都接受了含鉑化療。回復突變患者使用非含鉑方案是否會有更好的結局仍然未知，應以前瞻性方式進行研究。
還觀察到，無論回復突變狀態如何，在PARPi進展後再次接受含鉑化療的患者結局不如接受非含鉑化療的患者。儘管小樣本量限制了我們得出統計結論的能力，但從數字上看，在總生存期和治療停止時間這兩個方面，患者在PARPi進展後似乎從非含鉑化療中獲得更多益處。這一發現反映了我們對PARPi後治療療效的了解仍然有限，需要前瞻性研究來解決這個問題。事實上，儘管PARPi可用於治療乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和胰腺癌，但指導PARPi進展後治療的數據主要限於臨床試驗的回顧性和事後分析，類似於本分析。這些其他分析為本分析提供了背景，特別是關於進展後含鉑化療的使用。例如，在卵巢癌中，至少六個月的無鉑間隔與再挑戰時鉑敏感可能性增加有關。類似地，一項針對接受PARPi治療隨後含鉑化療的卵巢癌患者的回顧性研究發現，對PARPi後含鉑化療有反應的患者進展時可能從PARPi再挑戰中進一步獲益。對SOLO2（鉑敏感BRCA突變卵巢癌奧拉帕利vs安慰劑維持治療）進行的事後分析專門分析了進展後結局，發現與安慰劑組相比，奧拉帕利組進展後化療的獲益較低，提示與安慰劑治療相比，先前PARPi治療（進展）會降低後續含鉑化療的療效。儘管該研究沒有直接比較卵巢癌患者含鉑和非含鉑化療的結局，但在PARPi治療進展後，含鉑化療的二次進展時間較長。最後，對接受奧拉帕利維持治療的BRCA1和BRCA2突變鉑敏感復發卵巢癌的真實世界分析同樣顯示，PARPi進展後化療的活性降低。
最後，我們注意到外周血檢測到KRAS突變與不良結局的相關性。而在使用12個月OS二分類結局的ROC分析中，還發現腫瘤脫落（通過VAF檢測）與結果的顯著相關性。鑒於本研究隊列中大多數患者都有已知的KRAS變異，我們假設，觀察到的外周血檢出KRAS與不良結局的相關性很可能反映了那些腫瘤負荷較高的患者盧卡帕利治療的結局較差。在我們先前發表的研究中，臨床上觀察到一致的情況（研究開始時影像學顯示存在或不存在可測量病灶）。
本研究有幾個局限。儘管患者以前瞻性方式為臨床試驗提供了數據，並隨訪獲得臨床結果，但進展後臨床數據是以回顧性方式收集的，進展後治療由臨床醫生決定，獨立於臨床研究。我們評估了總生存期，也分析了先前驗證為近似臨床試驗RECIST結果的真實世界結果。儘管如此，如果以更正式、方案化的方式進行評估，我們的結果和解釋可能會有所不同。然而，鑒於進展後治療決策是由治療醫生做出的，患者不一定在賓夕法尼亞大學就診或評估，結果評估依賴於治療醫生的評估以及影像學報告。由於樣本量有限，我們沒有根據進展後治療進行統計比較，應謹慎解釋結果。此外，在數據截止時，10例患者仍在NCT03140670中，因此沒有進展時cfDNA可供分析。最後，在本分析中，僅描述了cfDNA檢測到的變異。配對組織基因檢測或基於RNA的檢測可能揭示其他耐藥機制。值得注意的是，在本分析中，LOH是一種罕見的事件，但目前的cfDNA檢測可能無法充分捕獲。類似地，剛超過一半（53%）的可及樣本檢測到循環KRAS突變，而81%的NGS樣本檢出KRAS突變。總而言之，這可能反映了cfDNA檢測的局限性，而不是缺乏循環KRAS突變。存檔、基線和進展組織基因組分析目前正在進行中，可能提供更多信息，將在未來的報告中進行描述。
總之，本研究描述了在臨床試驗中接受盧卡帕利維持治療進展的鉑敏感BRCA或PALB2相關胰腺癌患者的結局。這些患者中有少數cfDNA檢測到回復突變，而回復突變與盧卡帕利以及盧卡帕利後含鉑化療的快速進展相關。此外，在PARPi治療之前高水平的腫瘤脫落與較差的結局有關，這與我們之前發表的研究一致，即在PARPi治療開始時影像學顯示疾病負荷較高的患者進展顯著更快。最後，分析了接受進展後化療的患者含鉑或非含鉑化療的結局，發現對於大多數患者再次接受含鉑化療不一定是正確的臨床選擇，尤其是那些有回覆突變的患者。需要更大規模的前瞻性研究來進一步闡明胰腺癌患者回復突變的預測和預後意義，提供其他可能更常見的PARPi耐藥機制信息，以便對PARPi和後續療法進行更好地選擇。
參考文獻：
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