《本經》云：「藥有君臣佐使，以相宣攝合和者，宜用一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也。」
正確使用和理解君臣佐使，要從兩個方面來看：
第一，君臣佐使，原指古代人事關係，即君主、臣僚、僚佐、使者四種人分別起著不同的作用。
君者，君，尊也。——《說文》。
君也者，掌令者也。——《春秋繁露》。
臣者，事君者也。象屈服之形。——《說文》。
佐者，佐，助也。——《廣雅》。
使者，使臣也。
第二，藥物配伍的數量，凡是遇到數字在中醫概念中，我們要非常敏感加以重視，中醫的取類比象中的比象即來於此。
《本經》中藥物組方配伍方式分為兩類：一類組方原則，是由一君、二臣、三佐、五使組成，即一味君藥，二味臣藥，三味佐藥，五味使藥，而藥物功能種類是四種，此類組方中的數字，包括了從一到五的小衍之數。
先來了解一下組方術數的含義。
一者，代表太極，是在天地陰陽分開之前，成球狀、點狀。俗話說：「國不可一日無君，家不可一日無主。」又「一國不容二主」，君藥是一方之主，作用方向直接，直達病所，調節造成機體陰陽失衡的最主要原因。
二者，代表陰陽，天地、上下、內外、表里等，陰陽的作用調節平衡，君藥能否準確發揮作用，君令能否實施其功用，需要大臣的保駕護航。好像用飛彈攻擊，飛彈飛行依靠彈翼，彈翼幫助飛彈保持平衡，因此而準確擊中目標。
三者，代表三才天地人、上中下、精氣神等，在外應天氣降為雨，地氣上為雲，在人體則是在內五臟之精化氣，在外六腑之陽氣順降，衛氣護外，在內之精與在外之氣的相互轉化。
五者，五行，五行生剋平衡，五臟藏精以及化氣平衡。此組方原則是通過調節五臟藏精與化氣，以達到祛邪扶正的目的，以五行為根本的治療方法。四者，四時，經云：「天有四時五行，以生長收藏，以生寒暑燥濕風。」四時乃天之精，天地間萬物生之本。
二類組方原則，是由一君、三臣、九佐使組成，即一味君藥，三味臣藥，九味佐使藥。從術數來看，三是指氣的開闔樞變化。經云：「其生五，其氣三。」此氣為五臟之精所化生，此三氣分內外而成六氣。
此三氣可分別表現在上中下三個不同部位，而成「九氣」，《素問六節髒象論》曰：「三而成天，三而成地，三而成人，三而三之，合則為九。九分為九野，九野為九藏。」又經云：「神藏五，形藏四，合為九藏。」
九藏所反映的是五臟之氣的陰陽轉化。不論是「三氣」還是「九藏」，都是氣的陰陽平衡變化。此類組方藥含義，通過運化在內的精化氣，以達到身體上下陰陽平衡，並且通過調氣以祛邪外出。
兩類組方各有特點，前者應河圖之十數，後者應洛書之九數；前者通過調精以調節陰陽平衡，後者通過調氣以祛邪；前者更適合扶正祛邪，治療虛證，後者則更適合祛邪以扶正，治療實證。
講到這裡順便講一個故事，有一次我講此內容的一個段落髮在北京中醫藥大學北美分站的微信群上，版主田博士做了一下回應，為了反映真實性，他的原話沒有改動。
他說：「另一個太陽是朱老，回復小草的問題，我和朱老同齡同屆，對他的學識和成就，我佩服得五體投地，自嘆相差甚遠。大家還記得那首歌嗎？東方紅，太陽升，北中醫出了個朱燕中！他是我們的驕傲，為有這麼個大師而自豪！」
我跟帖說：「田博士太客氣了。」
他又說：「朱老，我不是隨便亂誇你的，是有充分依據的，例如你剛剛發的上文給我解了一大惑，我跟從我的老師董老多年，發現他的方子大部分不是11味藥，就是13味，和你說的兩個（一君，二臣，三佐，五使和一君，三臣，九佐使，）組方原則完全吻合。老先生生前都沒告訴我這個，今天終於被你破譯了，你說你高不高，不佩服行嗎？」
我說：「是經典太厲害了，國內的中醫大家熟讀經典，才有後來的成就，如果不學習經典，老師的意圖很難掌握呀。」