陳獨秀主編的《新青年》是新文化運動的重要陣地，它宣傳民主與科學，提倡新文學，1917年之後又宣傳馬克思主義，為馬克思主義在中國的早期傳播立下汗馬功勞，很多近現代風雲人物，都是在《新青年》影響下成長起來的。在中國近代社會轉型中，《新青年》扮演著重要的角色。
1915年9月15日，陳獨秀在上海創辦了《青年雜誌》，揭開了新文化運動的序幕。但是當時陳獨秀家境不好，無法獨自承擔《青年雜誌》的印刷、出版、發行等事項。在朋友汪孟郊幫助下，找到「群益書社」的陳子佩、陳子壽兄弟，陳氏兄弟是安徽籍，和陳獨秀是老鄉，他們慷慨答應了印刷、出版和發行事宜。
1916年，因為種種原因，《青年雜誌》改名《新青年》，陳獨秀一直擔任雜誌主編，各期的重要稿件均由陳獨秀親自撰寫。
陳獨秀在《敬告青年》一文中，提出了他心中的具有「自覺心」的國民性的標準：「自主的而非奴隸的；進步的而非保守的；進取的而非退隱的；世界的而非鎖國的；實利的而非虛文的；科學的而非想像的。」他還指出，這六條標準是基本精神就是「科學」與「民主」。
新文化運動一開始，陳獨秀提倡的民主，側重於人權，即爭取個人的民主自由權利；後來把民主擴大到政治、經濟、文化和學術等各個領域。陳獨秀認為，科學與民主又如兩個輪子，推動近代歐洲的進步，使歐洲優越於其它民族。
在《新青年》搬遷到北京之前，主要把矛頭對準幾千年的封建文化糟粕，如君為臣綱、父為子綱、夫為妻綱、老莊與佛教的隱退思想和迷信觀念，以及為這些學說、思想、觀念服務的舊思想、舊文學等等。
早期的《新青年》，其影響力不是很大，雖然陳獨秀觀點犀利，但是沒有形成真正意義上的全國性「運動」。《新青年》遷往北京，是使新文化運動推向全國的重要轉折點。促使《新青年》遷往北京的關鍵性人物是北大新任校長蔡元培。
蔡元培之前的北大，烏煙瘴氣，蔡元培決心大刀闊斧進行改革，打算從文科開始改革。以推崇宋儒理學的桐城派、文選派為代表的頑固守舊教員占多數。所以蔡元培認為需要引入具有新思想的、有影響力的人來主持工作。
蔡元培對於文科學長的選拔，非常慎重。有一天北京醫學專門學校教員沈尹默偶遇來北京籌款的陳獨秀，沈問了其旅館，並告訴了湯爾和，蔡元培正找湯爾和推薦文科學長人選。於是湯和沈分別向蔡推薦了陳獨秀，並給蔡元培看《新青年》。
蔡元培和陳獨秀本來有過交往，他們曾經都信仰無政府主義，1904年陳獨秀在上海加入暗殺團，和蔡元培共事過一段時間。蔡元培本來就對陳獨秀印象較好，尤其欽佩其早期大力宣傳民主思想很是欽佩。所以蔡元培在看了《新青年》之後，決心聘請陳獨秀北大為文科學長。
陳獨秀一開始不答應，一則自己沒有在大學教過書，二則沒有什麼頭銜，不一定能勝任文科學長一職，還擔心《新青年》的編輯出版問題。
但是蔡元培很有誠意，建議《新青年》帶到北京來辦，沒有頭銜也沒有關係，因為不高論資排輩，只求真才實學。陳獨秀終於被說服，答應試干三個月。
1917年1月，北洋政府教育部聘請陳獨秀為北京大學文科學長。蔡元培換文科學長的舉措，很快讓學生們明白，北大要煥然一新了，逐漸興起研究學問的風氣。
陳獨秀到北大之後，因為提倡新文化遭到保守勢力的圍攻。他們逼迫蔡元培辭退陳獨秀，但是蔡元培頂住壓力，繼續支持陳獨秀、胡適等新派教員。
《新青年》到北大之後，編輯部的隊伍逐漸擴大，包括錢玄同、劉半農、沈尹默、陶孟和李大釗、高一涵、胡適、魯迅以及周作人等。新文化運動轟轟烈烈地開展起來，北京大學和《新青年》成為新文化運動的主陣地，陳獨秀成為新文化運動的總司令。
陳獨秀還1917年1月1日出版的《新青年》上，以「記者」筆名，發表了兩篇蔡元培反對把孔教作為國教的演說。而這期主打文章是陳獨秀的《再論孔教問題》，二人觀點一致。蔡元培對此反應非常積極。從此，蔡元培也與《新青年》發生密切關係，不僅在精神上支持，而且在行動上也予以支持。在1917—1920年蔡元培在《新青年》上共撰寫文章15篇，題詞1份。
可見，蔡元培不遺餘力地支持《新青年》和新文化運動，如果沒有他的支持，新文化運動不會這麼快就席捲全國，並催生了五四運動，培養和鍛鍊了一大批革命人才。