MATLAB基於深度學習U-net神經網絡模型的能譜CT的基物質分解技術研究

2023-01-13     tecdat拓端

原標題:MATLAB基於深度學習U-net神經網絡模型的能譜CT的基物質分解技術研究

全文連結:http://tecdat.cn/?p=31303

原文出處:拓端數據部落公眾號

分析師:Jingsong Liu

CT技術伴隨著一定劑量的輻射,會對患者的身體健康造成影響,而且 高劑量的輻射會損害人體的遺傳物質,甚至造成不可逆的損傷,進而誘發癌症。 因此,如何在保證成像質量的前提下儘可能地降低 CT 輻射劑量一直是科學家們 研究的熱點目標之一。此外,傳統的CT掃描技術只能顯示患者體內病灶的形態, 無法顯示目標結構的化學成分信息。由於不同化學組分的生物組織經過 X 射線掃描後可能會具有相近甚至相同的衰減係數,從而導致成像不準確進而造成誤診。

解決方案

本文利用杜克大學所提供的 XCAT 軟體,構建人體模型,然後使用 MATLAB 仿真出所構建模型基於能譜 CT 的投影域物質分解數據,再利用深度學習技術對 所得到的 CT 成像數據進行學習,構建可以識別人體骨骼和軟組織的 CT 圖像分解模型。所得到的模型可以在較低輻射劑量的條件下,利用能譜 CT 和深度學習 技術的原理,得到更加準確的 CT 重建圖像。相較於傳統 CT,可以實現在更低 的輻射劑量下得到更多更準確的人體內部組織結構信息的目的。這種最新的 CT 成像技術,將為醫生提供患者更加準確的組織、病例信息,為醫生做出準確高效 的診斷提供強大的信息基礎。與此同時,也極大地降低了患者所承受的醫源輻射劑量,保證了患者在接受診療的過程中不再受到二次傷害,為患者的健康提供了 重要保障。

數據源準備

對於數據最深層的需求來自 U-net 網絡模型的訓練。本項目的實驗由於實驗條件受限,使用的是個人 PC 機,運算能力較小,故選取較小的訓練集和測試集。本項目初步選取 30 張 CT 圖片作為 U-net 網絡的訓練集,每一張圖片均由 MATLAB 所仿真的能譜 CT 模型得到。每一張圖片需要由1-140keV下的 140 個 XCAT 人體模型擬合得到(因此,本項目共需要構建 4200 個不同的 XCAT 人體模型。這 4200個模型,分屬 30個不同的部位,每一個部位都分別由 1-140keV 的 X 射線模擬照射得到 140 個不同的模型。

特徵轉換

基於本章中所介紹的能譜 CT 重建理論,本項目選用人體組織中的骨骼和軟組 織作為物質分解的兩種基物質,利用 MATLAB 實現其具體算法。根據本章中對於基物質分解模型理論的詳細介紹和各個公式,結合試驗所得人體骨骼和軟組織 的線性衰減係數,只需很短的代碼就可以實現物質分解模型的仿真。本節試驗目的是為 U-net 物質分解模型提供訓練集和測試集。具體為利用 MATLAB 仿真出 基物質分解模型,將原始的能譜 CT 成像結果分解為骨骼和軟組織,作為對應影 像的標籤。利用所得到的高、低能譜成像數據作為輸入。

劃分訓練集和測試集

建模

U-net 網絡結構是全卷積神經網絡( FCN )的一種,是一種廣泛應用於醫學 圖像分割領域的深度學習網絡,它是由弗萊堡大學 Olaf 在細胞影像學分割比賽 中提出的。由於該網絡結構酷似英文字母 「U 」 ,故被稱為 U-net 。該網絡由編碼層和解碼層兩部分組成。其中編碼層主要作用是提取圖片的上下文信息,解碼層則對圖片中的目標區域進行定位。 U-net 網絡採取數據增強策略可以實現對於樣本較少的數據的準確學習。 U-net 網絡結構中沒有全連接層,因此可以大幅度地減少所需要的學習的參數量,極大地提高了網絡結構的學習效率。

實驗一採用高、低能譜圖像作為輸入數據,以軟組織分割圖像作為標籤,訓練 U-net 網絡。網絡訓練結果如下

測試結果為:

由上述實驗結果可知,兩個實驗隨著訓練次數的增加,它們所得到網絡的準確率都逐漸上升至接近1的值並趨於穩定,而損失函數的值也逐漸減小並趨於穩定。這說明這兩個實驗訓練所得到的模型最終都收斂,因而這兩個基物質分割網絡是穩定有效的。

關於作者

在此對Jingsong Liu對本文所作的貢獻表示誠摯感謝,他在上海財經大學完成了金融信息工程碩士學位,擅長機器學習、數理金融、數據分析。

最受歡迎的見解

1.R語言實現CNN(卷積神經網絡)模型進行回歸

2.r語言實現擬合神經網絡預測和結果可視化

3.python用遺傳算法-神經網絡-模糊邏輯控制算法對樂透分析

4.R語言結合新冠疫情COVID-19股票價格預測:ARIMA,KNN和神經網絡時間序列分析

5.Python TensorFlow循環神經網絡RNN-LSTM神經網絡預測股票市場價格時間序列和MSE評估準確性

6.Matlab用深度學習長短期記憶(LSTM)神經網絡對文本數據進行分類

7.用於NLP的seq2seq模型實例用Keras實現神經機器翻譯

8.R語言用FNN-LSTM假近鄰長短期記憶人工神經網絡模型進行時間序列深度學習預測

9.Python用RNN循環神經網絡:LSTM長期記憶、GRU門循環單元、回歸和ARIMA對COVID-19新冠疫情新增人數時間序列預測

文章來源: https://twgreatdaily.com/zh-tw/7991cbc546d025190ea15a3ed520924e.html