自從羅斯福號航空母艦被曝出有水手確診後，美軍對於此航母可能導致的疫情爆發事件進行了防控和管理。根據外媒的報道，羅斯福號曾向自己的上級送去了親筆信，請求允許船員儘快下船隔離。因為航母上的空間呈密封狀態，加上醫療設施較少，無法對航母中的疫情做出有效隔離。
從羅斯福號航母的確診數字來看，疫情仍舊在進行傳播，如果不能夠儘快將隔離落實到位，大範圍傳播並非不可能。在艦長的親筆信中還提到，「這不是戰爭，士兵們不該這麼死去」，一方面能夠看出艦長的確在擔憂疫情的暴發，另外也證明艦長對此次疫情的嚴重程度瞭然於心，他知道這根本不是一場普通的傳染病。
然而艦長的表態並未打動五角大樓，親筆信也沒用，五角大樓拒絕隔離羅斯福號上的所有官兵，只是對確診人員以及密切接觸者進行隔離。防長埃斯珀接受採訪時回應，如今還沒到「全艦隔離」的地步，還表示並未仔細閱讀艦長的親筆信，但是不忘提及如今國防部正在向航母提供物資、醫療援助。美軍太平洋艦隊負責人阿奎利諾上將的態度也相當樂觀，他針對相關問題表示目前沒有水手住院、使用呼吸機或者是出現危機情況，同時也表示對艦長的親筆信表示歡迎，因為它表現了前線人員的需求。
這樣的做法不免讓人擔憂，因為「鑽石公主」號遊輪的案例就在眼前，疫情在封閉空間裡的傳播速度很快，而能夠容納5000餘人的羅斯福號航母已經暴發了疫情，形勢不容樂觀。美軍給出不實行全艦隔離的理由是，羅斯福號仍舊需要相關人員去維持航母現狀，海軍水兵必須要隨時操作、監護和維護這些核反應堆，而艦長在親筆信中給出建議，讓羅斯福號中留下約10%的人員去保證航母的安全和正常運行。
除去不願意全艦隔離之外，五角大樓還下令封口。面對軍內激增的確診人數，五角大樓的應對辦法是只公布確診總數，並不公布細節，避免讓外界知曉哪個單位的疫情更加嚴重。目前針對羅斯福號的疫情，美國海軍已經命令其停靠在關島基地，但是美海軍高官表示，現在關島的床位不夠，需要聯合當地政府為水手們找到可容納的設施。值得注意的是，不少美軍高官對於羅斯福號的疫情表示樂觀，哪怕現在艦內已經有超200人被感染，但他們認為其仍舊具備著執行任務的能力。
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