2018年時，《尼爾：機械紀元》的製作人橫尾太郎曾向媒體透露，這款遊戲還有一個最終秘密尚未被玩家發現。現在國外Reddit論壇用戶sadfutago表示，他似乎又發現了一個隱藏的秘密。
sadfutago稱他在PS4上遊玩《尼爾：機械紀元》，在「複製街道」場景移動時，在一堵白牆前獲得提示，意外觸發一道暗門。裡面的場景布局前所未見，還有道具可以拾取。他還進入了一個扭曲的走廊，讓人想起《盜夢空間》或《控制》。這條走廊顯然是通向某個教堂的，看來還有更多東西有待發現。
sadfutago通過秘密之門，穿過詭異走廊，到達從未被人發現的區域——一座教堂。當A2進入該地點時，會有一個簡短的場景介紹。值得注意的是教堂祭壇附近有一個黑色圓球，也能引發簡短對話。有粉絲指出，這段對話在遊戲中出現過，但卻是在另一個區域中。這也表明，這座教堂不在當前遊戲版本中。
到目前為止，最合理的解釋是這個新隱藏地點只存在於《尼爾：機械紀元》原始PS4版中。遊戲主播Oli White表示，他記得早先自己也進入過這個地點。《尼爾》系列製作人齋藤洋介也回應了此事，他表示不知道這是怎麼回事，「感覺像是橫尾太郎會做的事情，哈哈」。
針對最近《尼爾：機械紀元》新隱藏地點被發現的事件，系列製作人橫尾太郎在推特做出了回應。
橫尾太郎說道：「你想知道我的見解嗎?，在這種情況下，你可以在我的推特個人介紹中找到答案。謝謝。」
值得一提的是，橫尾太郎推特的個人介紹是「我不會回復任何和產品相關的問題。請去資訊發行商。除了工作和熟人，我不會回復任何私信。」感覺他回答了但沒完全回答，可以總結為一句話：我不想說，去問SE!