歷史上，相較於陸路交通運輸，水運具備運輸成本低、運輸量大、快速便捷等獨特性優勢。水運對內可以加強河流沿岸的各府縣之間的聯絡，對外更成為溝通臨近水系及區域之間最為重要的交通方式之一。依託水運形成的經濟往來，往往伴隨文化的傳播，這可以從徽州民居文化對贛州城區民居的影響中得到佐證。
明代時期贛江及其主要支流，承載著其流域片區內的主要水上交通運輸。到了清代，贛江流域的驛道開發延續明代水運的格局，加以府縣之間驛道的發展，各流域內陸運水運交通網絡得到進一步完善。除贛江往北直通贛中、贛北外，贛南內部主要分布著五條水系，分別是梅江、貢江、章江、桃江、東江，五條水系哺育著贛南客家人。
贛南水運作用在各流域民居的特徵上，也各不相同，呈現出五大區域贛南民居建築風貌的分布規律與特徵差異。依據流域的分布情況，贛南全域大致上可形成五流域的格局：
寧都州，梅江流域：包括寧都、石城、瑞金三地，傳統建築風貌特徵可概括為：堂高多重檐，磚青常疊澀；脊緩馬頭牆，精雕闊門樓。該片區客家宗族文化較為濃厚，現存傳統民居、祠堂數量較多，在建築選址、建造上尤其注重風水講究。
片區內建築空間普遍較其他縣高大，建築建造工藝水平較高，民居正門入口多見門樓形式，完整的磚木結構建築較其他流域更多，屋脊中墩常見瑞獸等高級式樣；馬頭牆多見五疊翹脊形式，但翹脊起翹幅度不大，在寧都可見陡高翹角，翹角一般多平或稍出牆端，瑞金馬頭牆端下沿常見斜面收口做法；天井較贛南其他流域稍為寬大，偶見贛中地區典型的「天窗」形式；木雕、石雕、磚雕、灰塑均較為講究，尤以木雕工藝最為精湛，雕刻樣式較多；該流域梁枋、窗扇多有雕花，造型繁複，也與彩繪工藝一道，共同造就了其藻井、卷棚頂的精美。
贛州府，貢江流域：包括興國、於都、贛縣、章貢區（老城區除外）四縣區，傳統建築風貌特徵可概括為：青磚灰塑紅砂岩，鏤窗影壁罩門庭。
該片區水運交通相對發達，匠人、材料的流動性較靈活，使得該片區的傳統建築在形制規模、建築選材上都十分相似。對磚石的運用，使得該流域的建築獨具風貌，興國紅砂岩廣泛應用於建築外牆，如牆裙、門框、外牆轉角處、石砌花窗等，於都卵塊石常作牆體，贛縣青磚，其質地細膩，牆體砌築水平較他縣為高。屋脊中墩造型多樣，常見瑞獸、鏤空拼瓦等；馬頭牆翹脊翹幅大，山牆隨脊翹起，翹角一般平牆端或稍伸出，興國可常見翹角飛揚，伸出牆端亦多。
該流域窗花樣式豐富，用料較其他流域也更為多元，木材、紅砂岩、拼磚、拼瓦均可見。梁枋多有雕花，祠堂常見藻井、卷棚頂，工藝較好。該流域灰塑造型較為精美，常見門罩、門廊、脊翹等處，其中以贛縣灰塑最盛。
贛州府，東江流域：包括會昌、尋烏、安遠三縣，傳統建築風貌特徵可概括為：圍屋圍攏緊炮樓，磚雕磚土壘廳房。該區域民居以廳屋組合式為主，安遠現存少量方圍屋，尋烏現存少量圍攏屋和炮台民居，且建築分布較集中。
屋脊中墩常見野獸、葫蘆等；馬頭牆多見五疊翹脊形式，翹脊平緩，山牆隨脊翹，翹角多平牆端，翹起小；窗花石雕、門樓磚雕圖案多樣，常見人物故事、花卉蟲鳥；梁枋多無裝飾，少量精美木雕；藻井、卷棚頂多見於祠堂，形制樸素，百鳥木雕和百獸天棚甚為獨特。
贛州府，桃江流域：包括龍南、定南、全南、信豐四縣，傳統建築風貌特徵可概括為：樓高孔密望硬山，門少罩小入圍方。
該片區傳統民居以方圍屋最為典型，現存少量圍攏屋。廳屋民居於近代出現較多，層高空間較其他流域低矮，單獨的祠堂建築也較其他流域少見。「三南」地區常見硬山屋頂、人字山牆，多硬山疊澀，馬頭山牆僅信豐稍多，整體上數量較其他流域為少。該片區建築牆體常見「金包銀」做法，外牆防禦性槍眼、炮孔、望孔為該片區圍屋特有；「三南」地區和信豐北部地區外門、窗花、梁枋等部位裝飾較少，少見藻井、卷棚頂。信豐北部風貌多同贛縣、南康等地。
南安府，章江流域：包括大余、上猶、南康、崇義四縣區，傳統建築風貌特徵可概括為：門楣門簪門榜盛，石柱石礎石雕興。
該片區保留了較多的傳統民居和祠堂建築，盛行「門榜」文化，以上猶最為典型，外門處門楣、門簪相當講究，常用整料石材，並作石雕。該片區現存傳統建築裝飾較多，磚雕、灰塑工藝普遍較好，常見石窗、石門框、柱礎雕花精美者。該流域多見土木、磚木結構廳屋；馬頭牆常見三疊、五疊平脊形式，多數脊端加厚微翹，平牆端；梁枋少雕刻，少見藻井、卷棚頂。