但是，誰都沒有想到，曾經多次科舉失利的洪秀全，在廣西組成的拜上帝教突然間異軍突起，衝出廣西之後，自永安到江寧，用了不到兩年時間，這時候的八旗軍有記錄的參與過國內重大戰役幾戶還是康熙年間的三藩之亂。此後的戰爭對於八旗軍來說，只能算是零星戰役。面對突如其來的大戰，他們除了恐慌就是恐慌。
年輕氣盛的咸豐帝只好將希望寄托在漢人身上，於是權力不斷下放，容許漢人知識精英組織團練武裝來抵抗太平軍。在這個背景之下，曾國藩、左宗棠、李鴻章、胡林翼等人迅速崛起，後來逐漸擠進權力中樞。顛覆了滿清長久以來的格局。
洪秀全進入南京以後，在楊秀清的主政之下，開啟了三路軍事行動，分別是北伐、西征、東征。其中的由李開芳、林鳳祥率領的北伐牽制了清軍主力，並且取得了非常樂觀的成績，他的作用就是保證了東征的勝利。
變亂之後的天京由於楊秀清、韋昌輝、秦日鋼等人被處死，太平軍失去了統籌全局的人才，也失去了大批精銳軍隊，他們又要面對裝備、後期補給、稅賦的徵收問題，一如滿清開始時候的症狀。但是太平軍的不幸之處在於，他們沒有機會建立紮實的地方基礎，就要面對清軍反撲的風暴。
另外大批的漢人士紳對太平軍的敵視造成了太平軍在底層民眾中無法立足。緊接著曾國藩的李鴻章、左宗棠等人相繼從安徽、湖北崛起，北方的北伐軍也全軍覆沒。反應過來的清軍集結在江北，隨時伺機而動。
豬隊友那一邊都有，不光咸豐對人不信任，度過危機的洪秀全也猜忌成癮，導致石達開的離家出走，在四川全軍覆滅。這使得太平軍在內訌之後再一次遭遇毀滅性的分裂。
石達開出走之後，雖然洪秀全提拔陳玉成、李秀成等人，一時間形勢有所好轉，再次讓滿清陷入被動狀態。
這個改變讓曾國藩以及湘軍等人有了足夠的後勤補給，地方人事的安排讓他們可以更加自由的協調人員。反觀太平軍，控制區域一天天縮小，新崛起的陳玉成、李秀成因為失和各自為戰。最後陳玉成兵敗身亡。剩下李秀成苦撐危局，清軍卻在曾國藩的率領之下凝聚在一起，對天京形成包圍圈。
已成困獸之局的洪秀全面對這個尷尬的處境，不在尋求改變，而是將希望寄托在上帝天父身上，拒絕了李秀成讓城別走的計劃，坐視危機一天天擴大，最後天父的救兵沒有到，他自己去伺候天父。洪秀全死的時候，已經是缺兵少糧無補給的局面。在一番苦戰之後，曾國荃攻破天京，李秀成被俘，太平軍主力宣告覆滅。也宣告太平天國的失敗。