從東晉末年劉裕起兵反對桓玄的統治起，統治階級內部經歷了一系列的鬥爭。這些鬥爭的性質是逐漸興起的下級士族向腐朽無能的高級士族爭奪全國統治權的鬥爭，鬥爭的最後，下級士族獲得了勝利。劉裕殺死晉恭帝，便是整個鬥爭的高潮。
公元421年，劉裕派人殺死了禪位後的晉恭帝。雖然這個行為遭到了後來儒家的不斷抨擊和詛咒，但是我們還是有必要去探索一下，劉裕殺晉恭帝的真正目的是什麼？
三國時期，正是古代門閥制度形成的一個時期。當時除了汝南袁氏、弘農楊氏等少數顯赫家族外，後來的魏晉高門還正在形成中。
司馬氏是河內大族，從司馬防、司馬朗直到司馬懿發動高平陵政變消滅曹爽後，司馬懿父子自握權柄，羽翼已豐，代魏只是時間問題。所以司馬氏代魏時，晉武帝不但不殺魏帝，反而優待退位的魏帝，允許禮樂制度皆如魏舊。這是在一種強烈的自信心和對形勢的絕對掌控之下做出的舉動，也受到了後來儒家的高度評價。
劉裕卻不具備司馬氏的優勢。劉裕代晉時，司馬氏宗室中有不少人逃亡北方，降附北方政權，對劉裕還是能夠構成一定威脅的。比如司馬休之投靠了後秦，司馬交思投靠了北魏，都曾被後秦和北魏用來對抗劉裕。劉裕對此也是頗為忌憚。
劉裕忌憚的原因很簡單，萬一這些司馬氏的宗室在北朝支持下打回來，肯定會繼續擁戴晉恭帝，復辟晉室，自己剛建立的宋朝根基就會被動搖。
劉裕剛當皇帝時，南方的高級士族並不是很擁戴他。劉裕明白，如果不拉攏高級士族，很難鞏固統治。這些高級士族壟斷軍政大權，謝家和鄱家這樣的一流高門對劉裕的態度一直是比較輕視的。《宋書》記載：為了拉攏陽翟褚氏，劉裕竭盡心力，不惜以高官厚祿拉攏，讓褚氏竭盡心力追隨自己。
當然，對於高級士族中對不肯追隨自己的異己勢力，劉裕也是嚴加懲處，毫不留情的。
出自一流高門太原王氏的王坦之、王愉父子，曾與謝安共同輔佐晉孝武帝。王愉對劉裕執政一直心存不滿，因此「潛結司州刺史溫詳，謀作亂，事泄，被誅，子孫十餘人皆伏法。」
陳郡殷家，也是當時的一流門閥。其代表人物殷仲文「善屬文，為世所重」，與桓氏家族關係尤為密切。劉裕起事後，殷仲文一直在為桓玄出謀劃策，後見桓玄大勢已去，不得不屈服於劉裕。
對於這樣的人，劉裕自然不會信任。」劉裕將貶到外地，殷仲文心中自然更加不滿，於是「與桓胤謀反，遂伏誅。」
士族
作為桓玄餘黨，劉裕一直把桓胤、殷仲文看成是腹心之疾，這二人的死，很大程度上是劉裕羅織罪名定罪的。所謂殷仲文參與謀反之事，漏洞很多，但劉裕通過對殷仲文及桓玄殘餘勢力的清理，鞏固了自己的統治。
客觀的說，劉裕面臨的客觀形勢與晉武帝代魏時大不相同，其統治鞏固程度也遠不能和司馬氏相比。在此條件下，劉裕為避免夜長夢多，害死晉恭帝，也就毫不奇怪了。
劉裕是個極有心計的人。史料記載：元熙二年，劉裕"有受禪意，而難於發言，乃集朝臣宴飲，從容言曰：今欲奉還爵位，歸老京師。群臣唯盛稱功德，莫曉此意。亮乃悟旨，於是叩屏請見，曰∶'須數十人便足。'亮既出，拊髀曰：'我常不信天文，今始驗矣!'"
這段記載，把劉裕欲代晉而閃爍其詞，以退為進的奸雄本色描繪得淋漓盡致。劉裕獨掌大權十幾年，但是還是顧忌那些高門士族的態度，所以親自出馬試探這些高門士族的態度。這也從另一方面說明，當時的高門士族並沒有主動提議劉裕代晉，這和當年晉武帝代魏，群臣踴躍上表成了鮮明的對比。
這裡面的原因，其實也很簡單，就是因為劉裕的出身問題。劉裕想毒死晉恭帝時，手下竟然無人肯出面幫忙，只能自己上，這無疑說明當時統治階級內部認為他有資格做皇帝的人，以及願意擁戴他做皇帝的人，還是不占多數的，因此他更要殺掉晉恭帝，斷了這些人復辟的念頭。
劉裕通過殺死晉恭帝，以及對不願合作的高門士族的誅戮，高門士族社會的心態與行為發生了明顯的變化，絕大多數高門人物默認了劉裕主政的事實。
為有效地控制高門士族社會，劉裕對高門士族社會採取了嚴厲的監控手段。他派劉穆之建立了一個情報系統，向自己彙報這些人的動向，「雖復親昵短長，皆陳奏無隱」。
劉裕代晉的根本性質，是門第寒微的武人勢力取代高門士族的統治地位。劉裕對司馬氏的誅戮，可視為打擊高門士族政策的一部分。除了晉恭帝外，司馬秀、司馬軌之、司馬遵之等晉朝宗室也是死於劉裕之手。所以王夫之在評價劉裕時，才會說：」裕起自寒微，當時在廷之士，無有為裕心腹者，而裕又無馭才之道也。身殂而弒奪興，況望其能相佐以成底定之功哉?」
王夫之這段評價，說出了劉裕與高門士族社會之間深層次矛盾的實質。這也是劉裕大殺司馬氏宗室的根本原因。