1996年4月9日，在呼和浩特第一毛紡廠家屬區公共廁所內，一女子楊某被QJ殺害。當天晚上，楊某跟好友在附近一家賓館聚餐，7時45分左右說要上廁所。當時朋友並不想去，她只好一個人去，誰知這一去就再也沒回來。9時15分，毛紡廠職工呼格吉勒圖跟朋友吃過晚飯，路過該廁所時，忽然聽到裡面傳來一聲呼救。
呼格吉勒圖並未立即進去，因為呼救聲只有一聲，非常輕微。他不知道是不是自己聽錯了，如果聽錯了，貿然闖進女廁所不太好。但猶豫再三，想到人命關天，他還是決定進去看看。被人罵流氓總比真錯過救人好，或許是害怕想找個人壯膽，或許是想找個人作證。他返回不遠處的工作單位叫上同事閆峰，一起前往該廁所，結果一進去便看見楊某被擔在隔牆上。
衣衫不整，已經沒了生命跡象，隨後兩人跑去治安崗亭報案。本來，呼格吉勒圖是出於好意進去查看，可沒想到的是發現屍體並報案的他卻被認定為犯罪嫌疑人。4月11日，呼格吉勒圖作出有罪供述，隨後被檢方以流氓罪、故意殺人罪提起公訴。
流氓罪是1979年頒布的刑法第一百六十條所規定的一種罪行，原先處罰為：犯流氓罪情節惡劣的，處七年以下有期徒刑、拘役或者管制。流氓集團的首要分子，處七年以上有期徒刑。後來改為情節嚴重的，或危害特別嚴重的，可以在刑法規定的最高刑以上處刑直至判處死刑。
1996年呼格吉勒圖案案發時，流氓罪的最高刑已為死刑，與故意殺人罪相同。不過值得一提的是，流氓罪存在的時間並不長，1997年就在修訂的刑法里取消了（分解為強制猥褻罪、猥褻兒童罪、聚眾YL罪、聚眾鬥毆罪、尋釁滋事罪等罪）。兩項都是重罪，呼格吉勒圖很快被判處死刑，1996年6月10日執行。
呼格吉勒圖死了，此案卻沒有就此告破，或者說暫時告破了九年。九年後，一個人的落網，讓這起案件有了新的轉機。這個人便是「微笑殺手」趙志紅，趙志紅從1996年4月到2005年7月在呼和浩特以及烏蘭察布兩地反覆流竄，十年間犯下盜竊、QJ、搶劫、殺人多起。落網後，他所交代的第一起罪行便是4·9毛紡廠女廁女屍案：「你們殺錯人了」
雖然此時距離4·9毛紡廠女廁女屍案已經過去將近十年，但趙志紅對作案現場以及被害人身高、特徵、過程等等，都有準確記憶。其中不少細節是警方並未公布的，他才是真兇，呼格吉勒圖是冤枉的。因為呼格吉勒圖的死亡，世人沒法知道他究竟為何會寫下那份有罪供述，是在什麼情況下寫的。
可就算沒有趙志紅的供述，這起案件疑點依然不少，從頭到尾都沒有充足證據證明呼格吉勒圖就是兇手。技術人員曾從受害人體內提取到DNA，這一關鍵物證卻沒有做鑑定，唯一「有力」的證據就是呼格吉勒圖指甲里被害人的血跡。一位辦案民警後來提出：「現場勘查沒發現受害者身上哪塊破了。」那麼呼格吉勒圖指甲里的血跡是怎麼回事？
當然，最重要的還是趙志紅的認罪，他並不認識呼格吉勒圖。也沒必要為一個已經執行槍決了的人擔責，願意為該案負責，完全是在生命的盡頭找回了做人的良知。自己做的事自己負責，他已經是一個罪人了，不能再讓一個無辜的人替他擔罪。至少要還呼格吉勒圖一個清白，這大概是趙志紅劣跡斑斑的一生，所做的為數不多的好事，
所以趙志紅不僅寫下「償命申請」，在一審公訴機關漏掉4.9殺人案時，他當場指出這個問題。好在趙志紅的認罪最終還是引起了上級的注意，2015年4.9案複查，死去19年的呼格吉勒圖等來了洗去冤屈的這天。2015年2月26日，根據證人證言、現場勘查筆錄、屍檢結果、指認現場錄像等等證據，趙志紅被認定為4.9案兇手。
加上另外犯下的多起案件，趙志紅被判處死刑，呼格吉勒圖無罪。至此，這起案件才算是真正的告破，呼格吉勒圖案相關人員被追責。只可嘆，他18歲的大好時光卻沒法再生，呼格吉勒圖的父母隨後獲得國家賠償2059621.40元。
但這起案件給他們帶來的影響卻無法磨滅，案發後呼格吉勒圖的母親被辦理內退、父親退休，也影響了大哥與三弟的學習、工作及家庭生活。這件事毀的不僅是呼格吉勒圖的一生，還幾乎毀了他家裡人，呼格吉勒圖的弟弟曾公開稱永遠不會原諒辦案者。