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最近我們被客戶要求撰寫關於Cox回歸的研究報告，包括一些圖形和統計輸出。
本文演示了如何在生存分析與Cox回歸中計算IDI，NRI指標
讀取樣本數據
D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
## [1] 416 7
查詢部分數據（結果和預測因子）
head(D)
## time status age albumin edema protime bili
## 1 400 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 4500 0 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 1012 1 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 1925 1 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 1504 0 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 2503 1 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8
模型0和模型1的結果數據和預測變量集
outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])
head(outcome)
## time status
## 1 400 1
## 2 4500 0
## 3 1012 1
## 4 1925 1
## 5 1504 0
## 6 2503 1
``````
head(covs0)
## age albumin edema protime
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0
``````
head(covs1)
## age albumin edema protime bili
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8
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推理
t0=365*5
x<-IDI (outcome, covs0, covs1, t0, npert=200) ;
輸出
## Est. Lower Upper p-value
## M1 0.090 0.052 0.119 0
## M2 0.457 0.340 0.566 0
## M3 0.041 0.025 0.062 0
M1表示IDI
M2表示NRI
M3表示中位數差異
圖形演示
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