B肝病毒徹底清除且永不復發，是肝病醫生和B肝患者的共同心愿，但是當前的治療手段還不能實現這一目標。
目前，對於廣大B肝肝友來說，積極的抗病毒治療才是慢B肝治療關鍵，因此在抗病毒治療前了解治療的預期目標才能夠讓肝友們更好地理解和依從治療方案，同時對戰勝B肝的信心十足。
綜合國內外權威指南的建議與臨床實踐的經驗，可以把B肝抗病毒治療的療效過程粗略地分為以下三級目標：
第一級目標
病毒定量陰轉，長期維持病毒學應答
這是進行抗病毒的基本目標，病毒定量陰轉（HBV DNA檢測不到），也叫做病毒學應答。干擾素治療與核苷類治療都能實現這一基本目標，且後者在這方面具有優勢。
值得注意的是達到這一目標並不意味著馬上停止治療，因為此時的DNA陰性，全靠藥物抑制了DNA的複製過程中的關鍵步驟，病毒在大本營依然活躍，所以一旦停藥，病毒DNA很快就會再次升高，甚至會導致重症肝炎。
所以，切記要繼續治療，爭取實現第二、第三個層次的目標。
第二級目標
在HBVDNA持續陰性的基礎上，實現ALT復常，e抗原血清學轉換，且停藥後應答持久。
e抗原陽性的慢B肝在實現第一個目標之後繼續治療，有部分患者可以實現e抗原血清學轉換，即e抗原陰轉、e抗體出現，這體現著機體免疫系統和B肝病毒之間的力量消長發生重大轉機，實現了部分免疫控制。
這個時候停藥，能獲得持久應答的機率相對會高，但是停藥後再次反跳的比例也不在少數，所以對於實現e抗原血清學轉換之後，也需要鞏固治療至少3年，總療程至少達到4年，停藥後維持應答的機率會相對高，延長療程可減少復發。
相對核苷類治療，干擾素治療實現e抗原血清學轉換的幾率相對高，停藥後3年的e抗原血清學轉換率在三分之一左右。
第三級目標
在第二級目標的基礎上實現表面抗原清除，表面抗原清除就是「功能性治癒」，實現這一目標的患者停藥後復發的幾率非常低。實現這一目標的患者不多，不過隨著抗病毒治療策略的改善，例如干擾素延長治療、聯合核苷類治療，實現表面抗原清除的患者已有所增加。
隨著抗病毒治療藥物的可及性的提高，越來越多的慢B肝患者期望獲得更好的療效，清楚目標，遵循醫囑，依從治療，將會離更好的治療效果更進一步。