三朝宰相韓琦於熙寧元年九月間，以英宗安葬已畢，首相例當辭相，加以疾病，堅辭首相以使相出判相州(今河南安陽)同年十二月，神宗決定召用「慶曆新政」的主將之一富弼。熙寧二年二月初，先任以守司空兼侍中為首相，在富弼以侍中位高懇辭後，改以左僕射兼門下侍郎、同平章事、昭文館大學士為首相。次日，即任命王安石為參知政事作副相。同月下旬，神宗命知樞密院事陳昇之與王安石，一起審閱國家財政機構三司的條例，提出改革的建議。
在二人提請下，設立專門機構「制置三司條例司」，隸屬於「中書門下」，由他們二人兼領，作為進行變法改革的指導機構。從機構名稱可知，此次變法改革的重點是經濟方面。起用呂惠卿、蘇轍等任「制置三司條例司」的檢詳文字，章惇為編修三司條例官，參與研究變法改革的計劃及編制實行變法改革的法規。又任曾布為檢正中書五房公事，參與處理中書門下的辦事機構「中書五房」的日常事務。同年四月，依據制置三司條例司的建議，派遣劉彝、謝卿材、侯叔獻、程顥、盧秉、王汝翼、曾伉、王廣廉八人，分赴諸路考察農田水利和賦稅、役法情況，變法改革的活動陸續展開。
這次改革因為是改變祖宗之法，被稱為「新法」。然而，這十餘人組成的變法改革的工作班子，從一開始就出現意見分歧。尤其是呂惠卿、蘇轍、章惇、曾布四人的核心成員中，蘇轍雖也主張改革，但他的改革意見實質上與王安石的改革思想有本質的不同。他在熙寧元年三月的《上皇帝書》中提出「臣深思極慮，以為方今之計，莫如豐財。然臣所謂豐財者，非求財而益之也，去事之所以害財者而已矣。夫使事之害財者未去，雖求財而益之，財愈不足使事之害財者盡去，雖不求豐財，然而求財之不豐，亦不可得也。」他的改革思想，重點不是興利，而是除弊，這代表了當時相當一部分官員的思想。
而王安石則認為首先是興利，然後是除弊，或者可以說是在興利中除弊。這兩種思想分歧，終於將主張以除弊為主的官員推向了反對派陣營，從而增加了改革的難度。蘇轍所主張的除弊，主要指向「事之害財者三：一曰冗吏，二日冗兵，三日冗費」。這是一種就事論事的改革意見，其本質實與「慶曆新政」相類似，與王安石之主張理財為治國先務者迥然不同，因而不久蘇轍即退出變法派的行列，轉向反對改革的保守派中。
而王安石等派往各地考察的八人中，不僅程顥在「新法之初，首為異論」，劉彝也是新法的反對者。所以，變法改革從一開始就步履維艱王安石深知要進行改革，必然要對現行的制度進行修正甚至要創立新的制度以取代舊制度，也就是要改變「祖宗之法」這需要從理論上進行說明，這些創自「祖宗」的舊制度已不適合當前的形勢，必須進行改革。
日食、月食、地震、山崩等自然現象，是經常發生的，有的還有一定的規律性，本與人間發生的事情沒有任何關係，然而極大多數的官員認為「天變」是對人事的反應，挾此作為攻擊對立面的口實。另外，要進行變法改革，必然會侵犯既得利益集團，他們也必然會製造輿論以反對改革。所有這些反對改革的輿論，在王安石看來，是無需顧及的。王安石的這些思想，概括起來就是：「天變不足畏，祖宗不足法，人言(流俗之言)不足恤」，時稱「三不足」之說。正是在這種「三不足」思想指導下，這次變法改革才能在保守派強大的反對聲浪中艱難地推行。