製造企業部署一套MES，從最初了解到項目落地整個過程很複雜，因為要涉及多個部門協同推進，實施難度也較大。
通常企業MES項目推進過程中面臨的難點有：
（1）企業內部對MES的認識不足
很多製造企業對MES的認識不足，主要體現在管理人員不具備對MES的基礎認知。谷器MES是製造執行系統，很多人認為MES就是大而全，要能全面覆蓋生產管理的各方面，希望榮國MES解決所有涉及生產管理的問題。由於對項目的認知和理解存在偏差，在後期項目推進中很容易陷入困境。
（2）系統需求含糊不清
由於對MES的理解不深，企業難以準確把握對MES的需求，提出的需求也比較寬泛，不清晰，使得MES服務商一時難以準確出方案，需求確認就陷入困境。然而，需求是MES實施過程的關鍵要素，如果需求不明確，很容易導致事半功倍。
（3）設計企業核心業務，個性化很強
MES的實施必然會涉及製造企業最為核心的業務即生產，而且個性化非常強，因此企業在實施MES時慎之又慎，通常也首選保守戰略，畢竟生產線經不起折騰。
（4）選型困難
由於企業對自身的需求不明確，自身特點沒有剖析到位，對信息化建設的目標和願景也沒有具體規劃；另外，市場中MES服務商眾多，各MES服務商所涉及的領域不同，關注點不同，MES的功能側重點不同，是離散型MES還是流程型MES，企業如果不能對服務商的行業、產品、驗證性測試及團隊了解清楚，很容易出現選型偏差。
（5）系統邊界難以區分
最常見又最容易讓人難以區分的就是MES與ERP了，很多企業在不了解MES時認為已經有ERP了就不需要MES，完全搞不清楚兩個系統的區別在哪。ERP系統更傾向於財務信息的管理，而谷器MES系統更傾向於生產過程的管控。因此，企業需要理清系統之間的關係，劃清系統之間的邊界，才能確定對MES的需求。
（6）功能模塊規劃難
MES是一個龐大的系統，功能模塊眾多，主次先後順序難以判斷。MES的主要功能模塊有11個，到底哪個重要、哪個次要、哪個先上、需要什麼實施條件等都需要考慮清楚，要根據企業實際需求做好規劃再決定，不能一窩蜂全上。
（7）各項數據採集難
MES需要採集生產過程中各類數據，並做出分析，涉及生產運行、工藝、物料、質量、設備等。其中有很多數據採集存在難點，如生產流程複雜、數據來源多且散，底層生產執行控制系統又處於封閉狀態，各系統信息採集方式、存儲格式等都存在很大差異。
（8）多方關係難以協調
實施MES需要IT部、生產部門、合作商之間的緊密協作，同時還要計劃、工藝、設備、品質、設備供應商等多方的大力配合。能夠協調多方，溝通協作，才能使系統順利實施。特別是IT部門和各個業務部門之間，由於業務、設備控制等，而業務人員不熟悉IT，缺乏合理的溝通，會使得項目難以推進。
（9）缺少復合型人才
企業實施MES通常由兩類不同知識結構的人才來進行，一類是傳統的IT人員，另一類是工控人員。由於MES是一個專業交叉很強的綜合項目，而這兩類人員因為在知識結構上存在差異，無論由誰來主導，在MES項目實施前均存在一定的心理障礙，即便有的企業在實施MES的過程中將這兩類人員整個為一個項目組，但由於雙方再理解上存在偏差，也不利於項目的推進。