在主系列動畫XY篇中，這一季小智的主要戰力——甲賀忍蛙被動畫組塑造得太過好了，小智版甲賀忍蛙這個媲美六代Mega進化的羈絆進化實在是太受歡迎了，一下子把小智推到了戰力巔峰的位置（雖然也有不少觀眾認為小智的戰力巔峰在神奧篇），那麼，如果要進行新一季的故事的話，勢必是不能再讓小智帶著甲賀忍蛙這個御三家的，不然的話就沒有新御三家的表現空間了，那麼，就讓我們來看看小智是如何留下甲賀忍蛙的吧。
PS：本文純屬個人看法，如有錯誤，敬請指正。
相關集數：XY篇第138集《再見了，小智版甲賀忍蛙！庫瑟洛斯奇的回擊》
再次出現的怪異植物：
在這一集中，開頭小智一行人和小智的黏美龍告別，因為黏美龍實際上已經被小智給放生了，只是在聯盟戰的時候特意來幫助小智而已，在回程的路線，小智的甲賀忍蛙突然從球里出來，並且感知到了出現在面前中本來應該被基格爾德清除的怪異植物，小智和甲賀忍蛙產生羈絆破壞了怪異的植物，這個時候閃焰隊曾經的老成員庫瑟洛斯奇出現，揚言自己要繼承弗拉利達的意志，四處抓取基格爾德的細胞，甚至抓走了精通機械製造的希特隆。
擊敗庫瑟洛斯奇：
庫瑟洛斯奇給希特隆裝上了控制裝置，想藉此控制希特隆的意識讓希特隆為他所用，而小智、莎莉娜以及柚麗嘉為了追上希特隆，藉由甲賀忍蛙與小智的心電感應，小智可以看到甲賀忍蛙看到的東西，因此在關鍵的時候得知了庫瑟洛斯奇的前進方向，並且最終進入到了閃焰隊餘黨所在的運輸機器里，並在裡面成功將庫瑟洛斯奇打敗，最終君莎將其逮捕。
與甲賀忍蛙道別：
之後，在柚麗嘉對著細胞發獃的時候，小軟突然出現，並且領著小智一行人走了一段的路，一行人看到了原來怪異的植物並沒有清除乾淨，弗拉達利引發的危機還存在一大堆的善後工作，但單靠基格爾德無法準確判斷出怪異植物的位置，所以需要能夠感知到怪異植物出現的甲賀忍蛙來幫忙，所以小智選擇和甲賀忍蛙暫時道別，這一場告別還是蠻感人的，其實說白了也是為了給後面的新御三家讓步，不然的話靠甲賀忍蛙的人氣哪還有其它御三家的機會。
這集的最後，基格爾德承諾當柚麗嘉成為訓練家的時候會成為她的寶可夢，所以柚麗嘉已經是起手就擁有一級神的可怕存在，也因此一直被觀眾調侃。