如果將大報恩寺比喻為一頂璀璨的皇冠，那麼琉璃塔無疑是這頂皇冠上最熠熠生輝的明珠，在它存在的400多年中，中國沒有其他任何一座建築可以與之比肩。當年，在南京城的任何一個地方，人們只要抬頭南望，都能夠看到它擎天巨柱般雄偉的身姿。建大報恩寺花了17年時間，而同時期工程量數倍於它的北京紫禁城，用時不過3年半。大報恩寺工程如此費時，主要是因為琉璃塔的建設難度極大，不得不屢屢延期。
明成祖朱棣給琉璃塔御賜了「第一塔」的塔名，其特點可以歸納為「三絕」：
第一絕巨構殊形，高聳雲日。琉璃塔是有確切記載的中國古代最高的建築之一。塔為八邊形，共9層，通高78.02米，相當於26層樓房的高度。琉璃塔最頂部是用純金製成的寶珠，直徑約為4米，據說重達2000餘兩，每層的檐角下都懸掛銅製的風鈴，從上至下共152隻，即使在輕輕的微風之中，清脆的鈴聲也可聲聞數里。
第二絕通體琉璃，獨步古今。琉璃塔的主體為磚砌，除了塔頂有一根「管心木」之外，整個建築當中「不施寸木」。其內、外表層全部用各種造型、各種顏色的琉璃構件榫合而成。這種獨特的裝飾藝術讓琉璃塔贏得了「中國之大古董，永樂之大窯器」的美譽。琉璃塔所用的各種琉璃構件幾乎每件的形狀、尺寸、顏色和紋飾都有差異，因而製作和燒制極為不易。這是琉璃塔建設時間長達17年的重要原因。
第三絕長夜深沉，佛燈永明。每當暮色來臨之時，琉璃塔上就會點燃144盞如火炬般明亮的油燈，徹夜不熄。無論是月落星稀的傍晚，還是風雨如注的黑夜，無論是在鐘山腳下的叢林之中，還琉璃塔被毀令人痛惜不已的是，琉璃塔這一曠世傑作毀於太平天國的「天京內訌」。1856年，北王韋昌輝因為擔心翼王石達開占領城外的琉璃塔，架炮攻擊城內，派兵一面在塔下挖地道引爆炸藥，一面用火炮直接轟擊塔身，最終使琉璃塔化作一堆瓦礫，而大報恩寺的其他建築也被由此引發的大火全部燒毀。是大江之上的漁舟之內，人們都能夠看見這座高塔上永不熄滅的燈光。
九層琉璃塔的每一面牆壁之上，都有2扇窗戶，共計144扇。這些窗戶全部用磨製得極薄的蚌殼進行封閉，144盞油燈就分別安置在窗戶之內。這些蚌殼製成的窗罩名叫「明瓦」，是平板玻璃引進之前中國最好的建築採光材料。自宣德三年琉璃塔建成之日起，大報恩寺就安排了100名僧人輪流值班，負責給油燈添油、剪芯，擦拭明瓦，確保夜夜塔燈通明。在琉璃塔旁邊，建造了一座油庫，用於儲存燃燈所需的燈油。根據一份明代官員向皇帝提交的帳單記載，琉璃塔上每盞油燈每夜所需的燈油為六兩四錢，整個琉璃塔每月所耗用的燈油總量為1530斤。
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