秦瓊有沒有參與李世民發動的那場弒兄屠弟逼父的玄武門之變？這個問題一直很有爭議：如果秦瓊參加了，為何李世民稱帝後，秦瓊和程咬金都沒有加官進爵？如果秦瓊沒有參加，為何新舊兩唐書都說秦瓊「從誅建成元吉」？
要回答這個問題，我們要從「論功行賞」四個字入手，看看秦瓊的爵位為什麼止步於國公而沒有晉升郡王——在唐朝，異姓封王是尋常之事，就連李勣的父親李蓋，也差點被李淵封為王爵：「詔授黎陽總管、上柱國，萊國公。封其父蓋為濟陰王，蓋固辭王爵，乃封舒國公。」
在唐朝，國公的品級跟郡王一樣（都是從一品），只是在勛位上稍遜一籌，一個是三等爵，一個是二等爵。國公秦瓊只要立下足夠的功勞，是可以稍微往前挪半步成為郡王的——如果他在玄武門真出力，就有可能攢夠功勞。
史書不可不信，也不可全信，作為當時大唐第一勇將，秦瓊無疑是各方拉攏的對象，同時秦瓊在民間聲望極高，說他參加了玄武門之變，也可以為那場無情之戰增光添彩。
我們綜合分析兩唐書，就會發現很多蹊蹺之處：如果秦瓊在玄武門前與尉遲敬德並肩作戰，就能受封郡王，可事實上是秦瓊沒有進爵郡王，就連他高大上的翼國公稱號也變成了不倫不類的胡國公，食邑更是銳減到七百戶，程咬金跟秦瓊一樣，都被改了國公稱號，也都削減了食邑。
秦瓊從翼國公變成胡國公，程咬金從宿國公變成了盧國公，這兄弟倆的稱號，合起來就是一個「葫蘆」，這在當時有不清不楚「葫蘆提」的意思。
秦瓊和程咬金都是唐高祖李淵冊封的國公，而按照《唐六典·尚書吏部》的記載，李淵當時給諸位國公的食邑是三千百戶：「武德（李淵年號）初，以司封郎中為主爵郎中，掌邦之封爵。凡有九等：一曰王，正一品，食邑一萬戶；二曰郡王，從一品，食邑五千戶；三曰國公，從一品，食邑三千戶……」
李世民發動玄武門之變，參與者基本都晉升為國公，食邑不夠分了，他就想出了一個新名詞「食實封」，也就是名義上你有三千戶食邑，但實際上只給你七百戶，於是秦瓊和程咬金每個人都要拿出兩千三百戶來分給長孫無忌、房玄齡、杜如晦、尉遲敬德、侯君集等人——這些「玄武門幹將」中，原本是以上黨縣公長孫無忌爵位最高，其次是全椒縣子侯君集，其他所有人都是「白身」，也就是沒有任何爵位和食邑。
玄武門之變後，長孫無忌從上黨縣公變成了食實封一千三百戶的齊國公，雖然減了兩百戶，但是他在被賜絹萬匹的同時，還榮升吏部尚書、尚書右僕射，成了一品宰相，又多了一份豐厚俸祿，一點虧都沒吃。
至於房玄齡杜如晦尉遲敬德，原本一戶食邑都沒有，忽然一下子變成了食邑一千三百戶的國公，簡直是一步登天，尉遲敬德同時還獲得了齊王元吉的全部家產，可謂一夜暴富。
為什麼這些人加官進爵而秦瓊程咬金爵位不動而食邑削減，我們只需連續翻看《舊唐書》列傳第十五、第十六、第十八，就能找到答案：「六月四日，無忌與尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗等九人，入玄武門討建成、元吉，平之。」「論功行賞，以玄齡及長孫無忌、杜如晦、尉遲敬德、侯君集五人為第一。」「尉遲敬德，賜爵吳國公，與長孫無忌、房玄齡、杜如晦四人並食實封千三百戶。」
如果當時的翼國公秦瓊、宿國公程咬金也進了玄武門，那肯定是要排在白身尉遲敬德、子爵侯君集之前的。
比照參與人員參戰前的官爵和戰後受到的封賞，我們就會發現長孫無忌升了兩級（從第五級從二品縣升為第三級從一品國公）、侯君集升了五級（從第八級正五品縣子升為第三級從一品國公），至於其他人那就更不用說了，他們等於從泥潭裡爬出來直接上了金鑾殿。
新舊兩唐書對長孫無忌、尉遲敬德等人的功績大書特書，但是對秦瓊和程咬金卻是一筆帶過：「（秦瓊）從誅建成、元吉。事寧，拜左武衛大將軍，食實封七百戶。」「（程咬金）從太宗討建成、元吉。事定，拜太子右衛率，遷右武衛大將軍，賜實封七百戶。」
看過新舊兩唐書的讀者都知道，秦瓊和程咬金是當時數一數二的勇將悍將：秦瓊單挑無敵，程咬金被馬槊洞穿身體，還能撅斷馬槊反殺追兵。
如果秦瓊和程咬金出現在玄武門，那肯定是所向披靡，根本就輪不到尉遲敬德和張公瑾大顯身手——李世民差點被人家包了餃子，秦瓊和程咬金不見蹤影，張公瑾苦苦支撐：「公謹與長孫無忌等九人伏於玄武門以俟變。及斬建成、元吉，其黨來攻玄武門，兵鋒甚盛。公謹有勇力，獨閉門以拒之。」
史實講究孤證不立，玄武門追隨李世民的頭目只有十人，這樣的記載不下十處，但是沒有一個名單中有秦瓊和程咬金的名字。
實事求是地說，程咬金前期也跟著摻和了：「武德七年，建成忌之，構之於高祖，除康州刺史。知節白太宗曰：『大王手臂今並翦除，身必不久。知節以死不去，願速自全。』」
因為曾經向李世民表過忠心，所以程咬金也得到了補償：「事寧之後，頒乎大賚，賞絹六千匹、駿馬二匹、並金裝鞍轡及金胡瓶、金刀、金碗等物，加上柱國，授東宮左衛率。尋拜右武衛大將軍。」
這就是說，玄武門之變後，程咬金雖然沒有加官進爵，但也沒少撈東西，特別是他得到了秦瓊一樣的金酒瓶、受封上柱國，也算是他那番忠心話沒白說。
反觀秦瓊後人墓志銘，對秦瓊在玄武門之變後受賞實物隻字不提，擺明了是啥也沒得到。
更為重要的一點，是秦瓊在玄武門之變後就稱病在家，而且這一「病」就是十二年——被他打得啥也不像的尉遲敬德、曾被馬槊洞穿身體的程咬金，一個個活蹦亂跳，只有秦瓊窩在家裡不問世事，這就不能不讓人產生了這樣的懷疑：多嚴重的戰傷十二年都養不好？秦瓊是真的重病難起，還是對李世民軟禁李淵心懷不滿，所以才採取了消極不合作的態度？