智能倉儲物流系統執行層是倉庫管理系統WMS，它是智能倉儲物流系統的紐帶。
WMS接收業務管理層（MES/ERP）下發的作業任務後，又將任務下發給物流系統控制層即WCS。同時，WMS通過對物料的信息採集，物料信息報表實時更新，物料收發信息實時跟蹤，有效銜接採購物流和生產及銷售物流，確保生產和售後所需零部件物資的準時化供應，使物流中心具有精益化、智能化、自動化、信息化程度高等特點。
用WMS可替代人工對訂單物料進行分類存放的工作，谷器WMS系統將相應類型訂單的物料暫存相應區域，待訂單完成後，人工無須核對訂單完成信息，系統會自動提醒訂單完成信息。WMS具有模糊分析大數據的功能，它能將一段時間內的出庫物料信息進行統計分析，並達到一定匹配度的物料進行組合；當匹配組合中的某種物料缺貨時，系統會自動提示進行優先補貨。
入庫流程
倉庫管理員根據業務管理層（MES/ERP）下發的採購訂單進行收貨盤點後，由質檢員對物料進行質檢，如果質檢不合格，怎將不合格信息返回給ERP並進入退貨流程；如果質檢合格，則將物料組盤綁定後入庫，入庫成功後WMS記帳。
出庫流程
WMS對（MES/ERP）下發的出庫訂單進行審核。如果審核不合格，則將不合格信息返回給ERP，ERP管理員接收到不合格信息，調查後重新下單；如果審核合格，WMS將生成出庫作業，並下發給WCS，進而下發至物流設備執行層出庫作業。貨物出庫後，進行揀選、清單和交接等工作。
基於智能倉儲物流系統的離散製造業物流中心具有以下特點：
（1）自動化程度高，人力成本低。
（2）空間利用率高，信息化程度高，管理水平高。
（3）貨物分類存儲，排放有序，帳目清晰。
（4）按需配送，作業流程高效。