北京時間6月25日，2024足協杯第二次抽籤儀式舉行，孫繼海、徐雲龍、徐亮擔任抽籤嘉賓。經過抽籤，16強簽位全部確定。第5輪，浙江與上海海港迎來強強對話，山東泰山和青島西海岸將上演齊魯德比。
經過前4輪淘汰賽，14支中超球隊和3支中甲球隊進入16強。通過抽籤，第5輪對陣情況為：無錫吳鉤對陣北京國安、深圳新鵬城對陣上海申花、天津津門虎對陣長春亞泰、浙江對陣上海海港、河南對陣廣西平果哈嘹、青島西海岸對陣山東泰山、青島海牛對陣南京城市、成都蓉城對陣南通支雲。名稱靠前的為主場作戰。
第5輪比賽將於7月15日至17進行，共8場比賽；第6輪於8月20日至22進行，共4場比賽；半決賽將於9月24日至26日進行；決賽時間為11月23日。各輪比賽均為單場定輸贏。
第6輪主客場抽籤，場序66、68、70、71的勝者獲得主場比賽資格。半決賽，場序74、75的勝者主場作戰。決賽比賽場地需要另外進行申請，原則上選擇中立比賽場地。