研究顯示，聚（ADP核糖）聚合酶抑制劑（PARPi）在BRCAness患者中療效顯著。然而，臨床研究僅限於攜帶胚系突變的乳腺癌患者。本文描述了一例轉移性乳腺癌患者，在標準治療失敗後，細胞游離DNA（cfDNA）檢測發現罕見BRCA1體細胞突變（BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*））。經我們評估，這一意義未明的III級變異是致病性變異，考慮跨適應症使用奧拉帕利。患者在幾個月內對奧拉帕利反應良好，cfDNA中BRCA1體細胞突變丰度降低。隨後隨著丰度的增加和新的BRCA1回復突變的出現，發生奧拉帕利耐藥。據我們所知，這是首例BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*）突變乳腺癌患者對奧拉帕利敏感，並使用液體活檢監測相關突變動態的病例報道。
背 景
聚（ADP核糖）聚合酶抑制劑（PARPi）是一組靶向DNA修復通路，造成癌細胞合成致死的藥物。PARPi奧拉帕利和他拉唑帕利單藥已被批准用於攜帶有害胚系BRCA突變的人類表皮生長因子受體2（HER2）陰性轉移性乳腺癌患者。然而，PARPi對攜帶體細胞BRCA突變的乳腺癌的療效尚不明確，因為大多數臨床研究僅限於攜帶有害胚系BRCA突變患者。最近的研究表明，PARPi對體細胞BRCA1/2突變的乳腺癌患者也可能有效，但沒有大量的實際患者數據，尤其是那些攜帶臨床意義未明的罕見突變的患者。
本文描述了一例轉移性乳腺癌患者，攜帶罕見BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*）體細胞突變，對奧拉帕利表現出臨床反應。該突變在卵巢癌中被報道過，但其臨床意義，包括對PARPi的反應，尚不明確。通過連續循環腫瘤DNA（ctDNA）液體活檢，我們能夠追蹤對奧拉帕利的反應並監測耐藥情況。識別了BRCA1回復突變，反映導致BRCAness恢復的額外突變，先前研究顯示，這是PARPi獲得性耐藥機制之一。
病 例
2007年12月，一名48歲的女性左乳發現一個新的可觸及的腫塊。活檢顯示雌激素受體（ER）陽性、孕激素受體（PR）陽性、HER2陰性（免疫組化1+）浸潤性導管癌。初步影像學檢查未發現淋巴結或遠處轉移（臨床分期cT3N0）。患者接受了左乳癌改良根治術，此時病理分期為pT3N2。進行多柔比星和環磷醯胺輔助化療，隨後紫杉醇治療以及胸壁和局部淋巴結放療。之後，進行他莫昔芬內分泌治療，計劃持續10年。
7年沒有復發。2015年3月，骨掃描顯示胸骨攝取增加，正電子發射斷層掃描/計算機斷層掃描（CT）證實發生轉移。患者接受了體部立體定向消融放療和9個周期的卡培他濱治療，隨後他莫昔芬和戈舍瑞林治療。
2016年10月，發現新的肝臟和骨病變。患者接受了肝臟病變射頻消融術，並開始全身治療。在接下來的5年中，患者接受了多種全身治療方案，包括吉西他濱加紫杉醇、多西他賽、哌柏西利加來曲唑、依維莫司加依西美坦、長春瑞濱、氟維司群、每周一次紫杉醇。然而，此時肝臟和骨轉移灶緩慢進展，並發現新的肺、胸膜和遠處淋巴結轉移。接受八線治療（艾立布林）時，由於用盡了可行的標準治療方案，患者同意進行血漿ctDNA基因檢測，看是否有先前未發現的潛在治療靶點。ctDNA檢測顯示存在BRCA1體細胞突變（c.4336G>T，p.E1446*，COSMIC ID: COSV58803047），丰度為6.68%（圖1A）。儘管缺乏該突變對PARPi反應的報道，但基於該突變位於BRCA1功能域，以及聯合注釋依賴耗竭（CADD）評分（C-score為34）預測為有害突變，我們推薦嘗試奧拉帕利治療（圖2）。此外，IMBdx計算的自建同源重組修復缺陷（HRD）評分（範圍從0=良性突變到1=有害突變）為0.87，提示該突變是有害的可能性很高。
圖1. ctDNA檢測結果以及治療療效
圖2. 原發性和回復BRCA1突變
於是，2021年8月，患者開始奧拉帕利跨適應症治療，劑量為300mg每日兩次。奧拉帕利治療開始後不久，血清CA 15-3開始下降（圖1A）。隨後CT掃描顯示，肝臟和肺部多個轉移灶縮小（圖1B-C），2022年1月達到最佳反應。此時，CT顯示靶病灶總共縮小55%，根據RECIST v1.1，達到部分緩解。隨後再次進行ctDNA液體活檢，先前檢出的體細胞BRCA1突變丰度降至0.25%。
2022年4月，奧拉帕利治療8個月後，肝臟和胸部CT掃描顯示肝臟和肺部病灶增大（與最佳反應相比增大194%），出現新的肝臟病灶和左側胸腔積液（圖1D）。因此，中斷奧拉帕利治療，中斷時的ctDNA檢測顯示，先前檢出的體細胞BRCA1突變丰度升至19.16%。檢出新的BRCA1體細胞突變，這些突變恢復了最初BRCA1體細胞突變截斷部分（BRCA1 p.E1446L、p.E1446Y、p.S1436_S1448del和p.E1446Q；圖2）。體細胞ESR1突變（c.1607T>a，p.L536H，COSMIC ID: COSV52795259）丰度也從0.05%增加到5.95%（圖1A）。2022年7月，最近的ctDNA檢測顯示，存在原發性體細胞BRCA1突變和兩個回復突變（BRCA1 p.E1446L和p.E1446Q）（表S1）。
表S1. ctDNA體細胞突變和拷貝數變異
討 論
本文報道了一例轉移性乳腺癌患者，血液ctDNA檢出罕見BRCA1體細胞突變，從PARPi治療中獲益，直到出現BRCA1回復突變，發生耐藥。
BRCA1/2突變腫瘤對PARPi敏感，因為其缺乏通過同源重組修復通路修復DNA損傷的能力。大約10%的乳腺癌患者攜帶BRCA1/2胚系突變，大型臨床試驗顯示，PARPi為這些患者帶來臨床獲益。因此，PARPi獲批用於攜帶胚系BRCA突變的乳腺癌患者。相比之下，BRCA基因體細胞突變患者數據有限，但PARPi的已知機制和新的臨床數據也支持PARPi在這些患者中的臨床應用。
此外，該患者檢出的BRCA1 E1446*突變是罕見突變，COSMIC資料庫中，僅在卵巢癌中報告過一次，該突變被歸類為意義未明的三級變異，既往沒有關於攜帶該突變的乳腺癌患者對PARPi反應的報告。然而，CADD生信預測和我們的自建HRD評分提示腫瘤BRCAness。因此，我們跨適應症使用奧拉帕利。腫瘤對奧拉帕利有迅速反應，支持了我們假設的合理性。
本病例表明了液體活檢的優點。患者經大多數可及化療方案治療後疾病進展，需要對腫瘤進行分子檢測，尋找可用藥靶點。然而，原發性腫瘤是15年前手術切除的，使用起來很困難。此外，由於患者15年間接受了各種治療，切除的原發腫瘤可能並不代表耐藥時的主克隆。本可考慮肝臟或胸骨轉移灶活檢來尋找可用藥靶點，但患者總體情況較差，這些部位的活檢與併發症顯著風險相關。在這種情況下，使用外周血的非侵入性液體活檢以最小的風險揭示當前腫瘤的分子特徵，識別了BRCAness。
連續ctDNA液體活檢能夠監測突變動態（圖1A）。經奧拉帕利治療，BRCA1 E1446*丰度最初降低，但隨後快速升高，與2022年4月疾病進展一致。有趣的是，在最初的BRCA1體細胞突變相同或附近位置檢出了額外的BRCA1體細胞突變。BRCA1回復突變被認為是卵巢癌和其他癌症獲得性PARPi耐藥機制。這些回復突變恢復了BRCA1功能域截斷部分（圖2），降低了奧拉帕利介導的合成致死，誘導奧拉帕利耐藥。自2022年1月起，還同時檢出ESR1 E536H突變，丰度從0.05%增加到5.97%。已知該配體結合域突變導致ER組成性激活，造成芳香化酶抑制劑耐藥性。
總之，本文報道了一例轉移性乳腺癌患者，攜帶罕見體細胞BRCA突變，對奧拉帕利有反應。液體活檢和致病性預測計算等技術的最新進展使更多晚期癌症患者能夠了解基因突變情況，使沒有其他治療選擇的患者發現可治療靶點。罕見突變對藥物反應的報道能夠增加我們的了解，有利於未來難治性癌症患者。
參考文獻：
Yoon JK, Ahn J, Kim S, Kim HP, Kang JK, Bang D, Lim Y, Kim TY. Efficacy of Olaparib in Treatment-Refractory, Metastatic Breast Cancer with Uncommon Somatic BRCA Mutations Detected in Circulating Tumor DNA. Cancer Res Treat. 2023 Jan 31. doi: 10.4143/crt.2022.1529. Epub ahead of print. PMID: 36731462.