接上文 蘇芬戰爭爆發，波羅的海局勢逐步惡化，蘇聯準備增加在三國駐軍
到1940年夏，紅軍在波羅的海三國駐軍未能解決許多任務，其作戰能力不足以確保蘇聯的軍事安全和擊退波羅的海方向的侵略。波羅的海國家的親德和民族主義勢力使局勢變得複雜。德國占領西方國家後開始在波蘭和東普魯士重新集結軍隊，增加了對蘇聯的軍事威脅。因此，蘇聯領導層被迫採取措施加強紅軍在波羅的海國家的集結，旨在擊退納粹德國的進攻。
到1940年6月，波羅的海國家領土上大約有 66946名蘇聯軍隊、1630 門火炮和迫擊炮、1065 輛坦克、150輛裝甲車、5579輛汽車和 526 架飛機。具體是駐愛沙尼亞的是特別步兵第65軍，轄步兵第16師、輕型坦克第18旅、摩托第5支隊、獨立通信第123營、軍高射炮兵第11營、機動運輸第414和第415營，由快速轟炸航空兵第35和第52團、遠程航空兵第7和第53團及殲擊航空兵第15和第38團組成的特別航空群。進駐拉脫維亞的是特別步兵第2軍，轄步兵第67師、輕型坦克第6旅、坦克第10團、軍高射炮兵第86營、獨立通信第10營、機動運輸第640營、航空兵第18旅（殲擊航空兵第21和第148團與快速轟炸航空兵第31團）等。進駐立陶宛的特別步兵第16軍，下轄步兵第5師、輕型坦克第2旅、軍高射炮兵第19營、獨立通信第46連、機動運輸第641營、殲擊航空兵第10團和快速轟炸航空兵第54團等。
1939年秋蘇軍演習中的БТ-5坦克
6月3日，蘇聯駐立陶宛臨時代辦В.Семёнов謝苗諾夫就立陶宛局勢撰寫評論說明，其中蘇聯大使館提請莫斯科注意立陶宛政府「投降德國」的願望，並加緊「德軍第五縱隊的活動，武裝步兵聯盟的成員」，準備動員。它談到了「立陶宛統治集團的真正意圖」，如果解決衝突，只會加強「他們反對條約的路線，轉向與德國的「商業」陰謀，只等待直接打擊蘇聯駐軍的好時機。」
1940年6月4日，在演習的幌子下，列寧格勒、加里寧和白俄羅斯特別軍區的部隊開始向波羅的海國家邊界推進。這些部隊共36.8萬人，5500門火炮和迫擊炮，約2000 輛坦克和 2075架飛機。
1939年蘇聯海報，社會主義國家強大的空軍萬歲！
在立陶宛和拉脫維亞的東南邊界，集中了第3集團軍，由步兵第4、第24軍和騎兵第3軍組成，其指揮部於6月10日從莫洛德奇諾重新部署到波斯塔維。第11集團軍總部設在利達，由步兵第10、第11軍和騎兵第6軍組成，部署在立陶宛南部邊境。配合行動的防空部隊和加里寧軍區部隊部署在愛沙尼亞和拉脫維亞東部邊界附近。步兵第11師部隊集中在芬蘭灣和佩普斯湖之間。普斯科夫湖以南，第 8 集團軍（總部設在普斯科夫）由步兵第1和第19軍及加里寧軍區的特別步兵軍。
為增援這些地區的部隊，從 6月8日起，從莫斯科調動了摩托步兵第1師、步兵第17和第84 師、輕型坦克第39和第55旅，從阿爾漢格爾斯克調來摩托步兵第128師和來自奧廖爾軍區的步兵第55師。在立陶宛邊境，部隊在 6 月 15 日之前完成了在初始地區的集中和部署，並在 6 月 16 日之前在拉脫維亞和愛沙尼亞的邊境完成了集中和部署。這樣，蘇軍在波羅的海集結了3個集團軍、7個步兵軍和2個騎兵軍、20個步兵師、2個摩托化步兵師、4個騎兵師、9個坦克旅和1個空降旅。此外，內務人民委員部派出了1個行動團和邊防第105-107支隊配合行動，集中在格羅德諾。
1940年6月里加工人遊行歡迎蘇聯軍隊進入拉脫維亞
具體各部實力為
列寧格勒軍區：第8集團軍，轄步兵第1軍（步兵第24和第56師）和步兵第19軍（步兵第42、49和第90師）、摩托化步兵第128師、輕型坦克第13旅；步兵第11師。共122981人，裝備2946門火炮和迫擊炮、347輛坦克、106輛裝甲車、7080輛汽車、673架飛機
加里寧軍區特別步兵軍，轄步兵第48師、輕型坦克第39旅。共15876人，裝備186門火炮和迫擊炮、161輛坦克、60輛裝甲車、349輛汽車、182架飛機
白俄羅斯軍區：第3集團軍轄步兵第4軍（步兵第121和第126師，輕型坦克第25旅）、步兵第24軍（步兵第10、55和第113師，輕型坦克第55旅）、騎兵第3軍（騎兵第7和第36師、摩托化步兵第1師、輕型坦克第27旅）及步兵第23師；第11集團軍轄步兵第10軍（步兵第84、143和第185師，輕型坦克第21旅）、步兵第11軍（步兵第29、115和第125師，輕型坦克第32旅）、騎兵第6軍（騎兵第4和第6師、步兵第33師、輕型坦克第22和第29旅）；直屬空降兵第214旅。共221260人，裝備2946門火炮和迫擊炮、513輛坦克、245輛裝甲車、11860輛汽車、1140架飛機
上述共有360117人，裝備6078門火炮和迫擊炮、2021輛坦克、411輛裝甲車、19291輛汽車、1995架飛機
1940年6月蘇聯進入波羅的海三國示意圖
再加上原先駐紮在波羅的海三國的部隊，蘇軍共有43.5萬餘人，裝備8000餘門火炮和迫擊炮、3000餘輛坦克、500餘輛裝甲車。空軍參戰達到3個遠程轟炸航空兵團、5個重型轟炸航空兵團、18個快速轟炸航空兵團、3個輕型轟炸航空兵團、2個強擊航空兵團和16個殲擊航空兵團，共有2601架飛機。
1940 年 6 月 14 日，蘇聯政府向立陶宛發出最後通牒，並於 6 月 16 日向拉脫維亞和愛沙尼亞發出最後通牒。一般來說，最後通牒的含義是一致的——這些國家被要求讓對蘇聯友好的政府上台，並允許更多的部隊進入這些國家的領土。自然，三國接受了條件。
6月15日，蘇軍進入立陶宛，6月17日進入愛沙尼亞和拉脫維亞。
1940年6月17日蘇軍進入里加
立陶宛總統 Antanas Smetona堅持組織抵抗蘇聯軍隊，然而，在遭到大多數政府的拒絕後，他逃往德國 ；拉脫維亞總統Kārlis Augusts Vilhelms Ulmanis、愛沙尼亞總統Konstantin Päts、立陶宛總理Antanas Merkys和新政府合作。在這三個國家中，友好的蘇聯而非共產主義政府分別由Justas Paleckis（立陶宛）、Johannes Vares（愛沙尼亞）和Augusts Kirhenšteins（拉脫維亞）組成並領導。三國加入蘇聯後，原先愛沙尼亞、拉脫維亞和立陶宛軍隊分別組成了步兵第22、24和第29軍。
部隊繼續占領波羅的海諸國，到1940年6月21日基本完成。儘管和平推進，部隊也有損失，據不完整的數據，死亡人數達58人（自殺15人， 28 人死亡，15 人溺水），158 人受傷。自 6 月 21 日起，第 8 集團軍指揮部設在塔爾圖，第 3 集團軍在里加，第 11 集團軍在考納斯。因此，軍隊進行了重組。
1940年11月7日蘇軍在塔林閱兵
6月30日，總參謀長向國防人民委員會提交了一份關於部署紅軍的指令草案，該草案考慮到波羅的海軍區的創建，建議該軍區部署10個步兵師、2個坦克師、1個摩托化步兵師、2個騎兵師和1個坦克旅。7月4日，國防人民委員和總參謀長向蘇共中央和蘇聯部長會議提交了方案並最終獲得批准。決議通過了波羅的海軍區的建立，並詳細說明了未來軍區部隊的組成，整個軍區共編有11個步兵師、2個坦克師、1個摩托化步兵師和9個炮兵團。
1940年7月6日蘇聯人民委員會第№ 1193-464СС號令批准這些建議後，國防人民委員會7月11日發布第0141號命令，其中規定了7月31日組建波羅的海沿岸軍區的任務，範圍包括立陶宛、拉脫維亞和加里寧州西部地區。加里寧軍區撤銷，軍區管理機構改為位於里加的波羅的海沿岸軍區機構。愛沙尼亞領土歸入列寧格勒軍區，加里寧州東部地區歸入莫斯科軍區，斯摩棱斯克地區歸入白俄羅斯特別軍區，之後改為西部特別軍區。А.Д. Локтионов洛克季奧諾夫上將任波羅的海沿岸軍區司令，軍區參謀長П.С. Кленов克列諾夫中將，軍區空軍司令Г.П. Кравченко克拉夫琴科空軍中將，原步兵第65軍軍А.А.Тюрин秋林任列寧格勒軍區第8集團軍司令。應該指出的是，所有這些組織措施都是在波羅的海國家正式併入蘇聯之前進行的。
1940年8月3-5日，蘇聯最高蘇維埃第七次會議決定接納波羅的海三國加入蘇聯
在1940年7月波羅的海沿岸軍區成立之時，組建了獨立步兵第3旅加強蒙群島防禦。1940年8月17日根據蘇聯國防人民委員會第0190號命令，愛沙尼亞領土劃歸波羅的海沿岸軍區，軍區更名為波羅的海沿岸特別軍區（ПрибОВО），加里寧州西部地區脫離莫斯科軍區歸入該軍區。同時國防人民委員會發布命令，將波羅的海各共和國軍隊重組為紅軍地方步兵軍。軍區1940年10月有9個軍23個師，總兵力29.5萬餘人，裝備1558輛坦克、434輛裝甲車、6345門火炮和迫擊炮、1316架飛機。到了蘇德戰爭爆發時軍區有10個軍25個師，總兵力39.6萬餘人，裝備1549輛坦克、394輛裝甲車、7019門火炮和迫擊炮、1344架飛機。
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