1.在我國現階段，本三學院就是民辦大學或獨立學院，錄取分數比二本低很多，同時學費是二本院校學費的好幾倍，因為國家不對本三學院撥款。換句話說，本三學院就是花錢買文憑。
2.社會輿論仍然對本三學院有偏見，學生就業時，用人單位對本三學院的學生存在一定程度的歧視。有時候，雖然不在明面上，但是會存在各個環節。
3.不得不承認，在生源素質、學習氛圍等方面，本三學院學生與本二的差距不小，本三學院學風普遍不正，吃喝玩樂的多，好好學習的少。
4.在升學（考研究生）方面，國家教育部明確規定，各招生單位必須一視同仁，在這個角度講，本三、本二、本一無區別！
本一、本二、本三或者一本、二本、三本，只代表本科高校招生錄取的先後順序，並不一定代表學校的優劣；非常一般的院校，如果協調申請也可以本一錄取，變身一本學校；好大學如果缺乏必要的溝通協調，也會被放在本二錄取。大多數省區市屬高校在本省區市都是本一錄取，而到了外省區市卻被放在了本二錄取，就是這個原因。
因為高校招生分批次錄取傷害到了某些人、某些學校的玻璃心，紛紛提出異義要求平等，於是，現在很多省區市都將本三招生的學校合併到本二錄取；廣東等省區市甚至直接取消錄取批次，本一、本二、本三全都為本科批次。
本二本三從畢業證書上面沒有什麼區別，都是本科，畢業證書上也沒有註明本二本三，只是對學生上學來說最直觀的就是本三學費比本二貴很多，本三一般都是民辦院校，本二是公辦院校，2017年開始安徽省已經將二本三本合併為第二批本科錄取。
（1）本三院校大部分都是民辦院校，好多都是一些獨立院校，比如青島理工大學琴島學院等等這樣的學校，而本二院校大部分都是公辦的，當然也不排除有一些是民辦院校，比如濱州學院等等這樣以學院命名的基本上都是二本院校，當然不是全部的，好多醫學院是本一院校！
（2）師資力量有區別，不用多說，本二的師資肯定要優於本三院校，本二的高層次人才要多於本三院校！
（3）學費不同，本二院校學費很低，大部分專業學費都在幾千塊錢左右，而本三院校學費很貴，基本上都在一萬以上，甚至更多！
（4）錄取分數有區別，本二院校的錄取分數要明顯高於本三院校，學生的質量要比本三院校高很多，本三院校好多學生都是剛過本科線，分數偏低一些！