（一）困境之一：空域無法有效使用
通用航空的發展，與運輸航空一樣，首先需要一定的空域。在空域的使用上，我國對通用航空活動實行嚴格的審批制度。有一形象的比喻是，「離地三尺就要打報告」。說明我國對通用航空活動審批很嚴。現行《民用航空法》、《飛行基本規則》、《通用航空飛行管制條例》的規定充分說明了這一點。《民用航空法》對空域管理明確提出了兩大基本原則：第一，國家對空域實行統一管理；第二，空域的劃分，應當兼顧民用航空和國防安全的需要以及公眾的利益，使空域得到合理、充分、有效的利用。 今天看來，《民用航空法》的規定有其積極意義，一是明確了空域實行統一管理，二是明確了空域使用的「六字方針」：合理、充分、有效。但是，對於空域的具體管理辦法，《民用航空法》未做規定，而是授權國務院、中央軍委制定。後者所制定的《飛行基本規則》，在空域的管理上重複了《民用航空法》的規定 ，但對於如何劃設空域，空域在軍民航之間如何使用沒有明文規定，但是卻明確規定「所有飛行必須預先提出申請，經批准後方可實施」 。《通用航空飛行管制條例》對通用航空飛行活動的要求與《飛行基本規則》如出一轍：「從事通用航空飛行活動的單位、個人使用機場飛行空域、航路、航線，應當按照國家有關規定向飛行管制部門提出申請，經批准後方可實施。」「從事通用航空飛行活動的單位、個人實施飛行前，應當向當地飛行管制部門提出飛行計劃申請，按照批准權限，經批准後方可實施。」 。
實際上，2003年頒布實施《通用航空飛行管制條例》後，已經簡化了使用手續和審批過程，將原本起飛前的「一事一報」，改為「一次申請劃設的臨時空域，可以長期使用」，最長時間可達一年；並將申請時間的要求，由過去的「提前一周」，縮短到「執行飛行任務的前一天」。然而，《通用航空飛行管制條例》雖然改變了「一事一報」的制度，但事實上如果要申請不同的臨時空域，仍必須一次次經過審批。審批的時間也很長，要麼兩天，要麼一周，這對可能第二天就有業務的通用航空來說，根本不可行。
審批程序複雜，涉及單位、層級過多，是通用航空活動主體持續多年反映的問題。嚴格的審批程序，造成了兩方面的後果：一是使通用航空便捷、快速的特點喪失殆盡，根本無法發揮；二是嚴重打擊了通用航空市場活動主體的積極性。
（二）困境之二：通用機場嚴重不足
通用機場是指為從事工業、農業、林業、漁業和建築業的作業飛行，以及醫療衛生、搶險救災、氣象探測、海洋監測、科學實驗、教育訓練、文化體育等飛行活動的民用航空器提供起飛、降落等服務的機場。 對於通用航空活動，一方面需要廣闊的天空，另一方面還需要廣袤的大地，但我國空域的嚴格審批使得通用航空活動「上天無路」，而通用機場的短少則使通用航空飛機「無地可落」。前已述及，我國通用航空機場及臨時起降點只有286個。造成通用機場短缺的原因較多，但有兩個原因是不可迴避的：一是機場建設上的嚴格審批制，二是對於通用機場「享受」了運輸機場 的「待遇」。在通用機場的建設上，實行與運輸機場一樣的審批程序。首先要符合依法制定的民用機場布局和建設規劃和民用機場標準，其次要報經有關主管機關批准 。在通用機場工程的規劃與建設上，參照運輸機場的規定 。嚴格的審批程序，使得通用機場的報批建設相當困難，建設上沒有對運輸機場和通用機場加以區分。「儘管通用航空機場的建設成本低、投入小、工期短，但長時間以來通用航空機場的建設審批程序等同於航空運輸機場，審批層級過高、周期過長，嚴重影響到地方、社會修建通用航空機場的積極性。」 通用機場的不足，使得距離機場較遠的地區無法享受航空服務，通用航空機場之間、通用機場與運輸機場之間均無法形成網絡，限制了通用航空交通運輸功能的發揮。
（三）困境之三：專業技術人員（飛行員）嚴重短缺
專業技術人員短缺，運輸航空和通用航空均存在這一問題。飛機可以向國外購買，但是發展航空運輸的基本要素--專業技術人員卻是買不來的，並且由於培養周期長、費用高，短時間內難以解決。以飛行員為例，過去的十年，中國通用航空擁有的航空器從2003年的559架增加到2012年1320架。根據預測，到2020年，整個行業對飛機和直升機的需求總和將超過10000架，若按照每架飛機（直升機）配置2名飛行員估算，則需要20000名飛行員，保守估計飛行員缺口在15000人以上，然而目前每年經過培訓並符合要求的僅在1000人左右。 目前我國通用航空飛行、機務、簽派三者之和只有區區5000人，對於通用航空的發展來說是後繼無人，或者說是「無人可用」。通用航空專業技術人員特別是飛行員的短缺已嚴重影響和制約了通用航空的發展。
從民航飛行員的成長路徑來看，飛行學員要經過理論學習和實際飛行訓練，經過考試，依次取得學生駕駛員執照、私用駕駛員執照（業內簡稱「私照」）、商用駕駛員執照（業內簡稱「商照」）、航線運輸駕駛員執照。這些不同名稱的執照，是飛行員的資格證書，表明飛行員的能力水平，可以駕駛什麼類別的航空器，可以從事的航空飛行行為。持有學生駕駛員執照，就不得在載有旅客的航空器上擔任機長，不得在以取酬為目的的載運貨物的航空器上擔任機長，不得為獲取酬金擔任航空器機長等；持有私用駕駛員執照，可以在不以取酬為目的的非經營性運行的相應航空器上擔任機長或者副駕駛，不得在以取酬為目的的經營性運行的航空器上擔任機長或副駕駛等；持有商用駕駛員執照，可以在以取酬為目的的經營性運行的航空器上擔任機長或副駕駛，但不得在CCAR-121FS運行和相應運行規章要求機長必須具有航線運輸駕駛員執照的運行中擔任機長，可以為獲取酬金擔任機長或副駕駛等。持有航線運輸駕駛員執照，可以在從事公共航空運輸的航空器上擔任機長和副駕駛。 從飛行員這一執照的取得過程可以得出以下幾點結論：第一，不同執照的飛行員可以從事的飛行行為不同。從最初的學生駕駛員執照到最後的航線運輸駕駛員執照，越往後，對飛行員的能力要求越高，考試也越嚴格，相應地，飛行員的權利也越大，最高可以成為公共航空運輸的機長或副駕駛。第二，飛行員的培養是遞進的。飛行員不是一開始就可以取得商照或航線運輸駕駛員執照，而是從頭開始，從最「底層」干起，不斷積累飛行小時和飛行經驗，逐漸取得相應的資格。第三，飛行員的培養是一個漫長的過程。從取得學生駕駛員執照到航線運輸駕駛員執，至少需要十年以上的時間。第四，駕駛員的執照表示與公共安全和利益的緊密度。與公共安全和利益的關係越緊密，對駕駛員執照的要求越高，比如從事公共航空運輸的航空公司，其駕駛員起碼也要持有私照和商照，要想成為機長，必須在前二者的基礎上再拿到航線運輸駕駛員執照。
我國通用航空飛行員短缺，原因有二：一是飛行員培訓的壟斷體制。長期以來，我國只有中國民航飛行學院有資格培訓飛行員，後來中國民航大學、北京航空航天大學、南京航空航天大學等院校加入，這些院校重點是為國內各大商業航空公司培訓飛行員。「民航局審批的國內飛行學校有7家，每年培養量達1300名左右；境外飛行學校有30家，每年培養航空公司外送學生達1700名左右。」 而且這3000名飛行員主要是為運輸航空培養的。
第二，飛行員培養採用單一的「綁定式定向培養」模式。上述國內外飛行學校基本上是為國內各大航空公司定向培養，學員畢業直接到航空公司上班。換言之，通用航空的飛行員根本不在培訓計劃之列。通用航空飛行員大多是未能進入航校的人，或是軍轉民飛行員。近年隨著通用航空的發展，才有部分通用航空企業經批准可以開展飛行員培訓 。我國這一獨特的培訓模式在通用航空未普及時不會有明顯弊端，畢竟航校的系統性與專業性是任何私照、商照培訓機構無法比擬的，但面對即將急速擴張的通用航空領域，這一模式卻令國內專業人才需求相當尷尬，不是沒有飛行員，而是飛行員不能越界。
其實，影響或限制通用航空發展的困境不僅僅是以上三個方面，但這三個方面是目前最為突出的，其他諸如通用飛機製造、通用航空油料供應、通用航空領域融資、保險等都在一定程度上影響著通用航空的發展。本文限於篇幅，只就當前對通用航空影響最大的上述三方面予以討論。