孫中山和國民黨的重整旗鼓，黃埔軍校的建立，使國民黨面貌一新，給中國革命帶來了生氣。但與此同時，也引起了帝國主義和國內軍閥勢力的仇恨。英國侵略者最早在廣州嘗到中國的甜頭，所以它一直企圖把廣州作為控制中國南方的殖民的根據地。孫中山又是聯俄，又是聯共，無疑對廣州地區的英國侵略者的利益是一種威脅。
因此，英國一方面以軍械支援陳炯明叛軍對廣州革命政府進行騷擾；一方面勾結直系軍閥吳佩孚，運動已入英國籍的滙豐銀行支行買辦陳廉伯利用廣州商團發動軍事叛亂，企圖顛覆廣東革命政權。
廣州商團是一支以商人自衛為宗旨的民間武裝。在孫中山改組國民黨之前，他們和廣東革命政權並無太大矛盾。
孫中山改組國民黨後，財政問題是政府面臨的嚴重問題。日常開支、創辦軍校、籌備北伐，都需要錢，但當時蘇聯的援助尚未到位。在孫中山的同意下，政府採取了一系列緊急的徵稅措施。
從民國13年(1924)初，開始對橡膠、甲醇和硫酸氨等徵收特別進口稅；2月，強令所有商人「借給」政府5至500元款子，向在茶樓飯館就餐的人徵收10%附加稅；4月，徵收清涼飲料稅；5月，一切買賣藥物、化妝品、婚喪儀式、宗教儀式，乃至人力車都得徵稅。
這就首先引起了商人們對廣東革命政府的不滿，於是，商團決定不惜冒巨大風險來對政府進行抵制，又有英國人暗中支持，他們更覺得無所顧忌。
在一次政府的會議上，孫中山從軍政部得到消息說，商團向軍政部申請要購買大批軍火，數目而且巨大：步槍4850支，配子彈115萬發，駁殼槍4330支，配子彈200萬發；還有大小手槍660支，配子彈16萬4200發。孫中山很不高興，立即找來軍政部長程潛詢問：
「這個問題屬實嗎？」孫中山沒好氣地問程潛。
「是。」
「你批准了他們嗎？」
「批准了。」
孫中山發火了，「誰叫你批准的？」他大聲說：「商團有錢，為什麼不幫助政府？軍校的學生現在用的是木棍訓練，你知道不知道？商團買那麼多槍，是什麼用意？」
孫中山對程潛發了一頓火以後，又立即找到蔣介石：「你趕快派人把商團的這批軍火扣下。如果他們找你，你就說是我的命令。」
蔣介石正為軍校沒有訓練的槍械而惱火，截獲商團的軍火，和撿天上掉下的餡餅差不多，但他掩飾住內心的喜悅，對孫中山敬個禮就執行去了。
8月10日，商團向香港南利洋行定購的槍械由懸掛挪威旗的丹麥商船「哈佛號」運抵廣州。剛入口岸，一隊全副武裝的士兵迅速躍上甲板，勒令將軍火轉移到早已準備好的汽艇上，全部運到了黃埔軍校。
當天，一位英國人，海關稅務司，很傲慢地闖進了蔣介石的辦公室。他提醒蔣介石，這些槍械都是有護照的，不能隨便扣留，要求立即發還所扣的槍械，否則，英國要用海軍來保護。
開始，蔣介石還算沉得住氣，後來聽說海軍要來保護，一條青筋立刻從蔣介石光亮的額頭上跳出來，但他還是強忍住脾氣先是慢吞吞地說：「那就來吧！」說完向那個英國人冷冷地一笑，臉色一變，從牙縫裡又擠出了幾個字：「來我就打你的海軍！」
那個英國人自知這個校長不是好惹的主，就灰溜溜地走了。蓄意謀反的廣州商團，以廣州革命政府扣留槍械為藉口，出動了兩千多名團丁，包圍了孫中山的大總統府，蠻橫地要強取槍彈。陳廉伯一面與軍閥暗通音信，準備武裝暴動，一面煽動和脅迫商民罷市，以擴大事態。同時，造謠說孫中山的廣州政府已經「赤化」了，要「實行共產共妻主義。」
8月13日，廖仲愷以黃埔軍校總代表的名義，電請蔣介石派兩隊學生前往廣州市內維護治安，向民眾宣講扣械真相，駁斥敵人謠言。當時黃埔軍校槍械奇缺，學生強烈要求把所扣留的槍械發放學員，蔣介石對大家訓話說：「如果黨里說這個軍械我們可以取用，我們就取用，如果黨里說我們要始終保管，那就要保管，要完全做一個革命軍的模範給大家看，這是我對於扣械案的主張。」
8月25日，商團脅迫廣州及附近的100多個城鎮罷市。28日，英國派出9艘軍艦集中廣州白鵝潭水域，公開進行恫嚇。9月初，江浙戰爭爆發，孫中山認為這是討伐北洋軍閥的有利時機。9月12日，孫中山親自率領先頭部隊出發到韶關，準備出師北伐。蔣介石派出黃埔軍校的第一隊學生軍，作為孫中山的衛隊跟隨到韶關。
孫中山離開廣州後，大元帥由胡漢民代理。胡漢民對商團採取妥協態度。他約了三名商團代表到大本營談判。胡漢民首先提出了兩點建議，第一，這批槍械由商團補報呈批手續，每支槍定價160元。除已交陳廉伯的100元外，再補交政府60元，核准後發還。第二，商團接受政府的指揮監督。
三位商團代表回去給商團彙報，商團里就像炸了營。「丟那媽，孫大炮算老幾，管到我們頭上了，老子偏不聽，看他怎麼著。」「什麼大元帥？睬他都傻！」商團里的人並不都是商人，從這些話里就能看得出。
胡漢民的妥協態度，使商團的反革命氣焰更加囂張。10月2日，廣東全省188個縣、鎮商團代表在佛山集會，要在「雙十」節武裝進城請願。
胡漢民驚慌失措，六神無主，他知道蔣介石的態度強硬，只好找廖仲愷進行商議。2日半夜，廖仲愷被一陣急遽的敲門聲驚醒，他匆匆披衣而起。門一打開，胡漢民就氣喘吁吁地擠了進來，神情很緊張。
「怎麼回事？」廖仲愷一看胡漢民的樣子，就知道可能發生了不好的事情，急忙問道。
「亂極了！亂極了！」胡漢民聲音嘶啞地說，「大元帥在家時說過，陳廉伯表示悔過，我們就把槍械發還他們。現在陳廉伯自己表示擁護政府，但槍械還被中正扣在黃埔，商團指責政府失信。目前正在醞釀第二次總罷市。」
「擁護政府不等於悔過，現在又鬧著進行總罷市，我看這槍也不能發。」廖仲愷氣憤地說。
胡漢民顯出更加惶恐的樣子，說道：「省議會已通過呼籲陳炯明回師靖亂案。陳炯明一回，商團趁機作亂，這省城能不能保就難說了。」
「問題有這麼嚴重？」經胡漢民這麼一說，廖仲愷不無擔心地問，隨口又說道：「那我們得想個辦法呀，萬一局勢不可收拾，我們就無法向太無帥交代。」
「也許，只有一個辦法……」胡漢民欲言又止，兩眼看著廖仲愷。
這裡，廖仲愷明白了，他負責政府的財政工作，當然商團非常惱恨他。廖仲愷沉靜地說：「只要對局勢有好處，明天我就辭職。」胡漢民緊緊握住廖仲愷的手，半天沒有說話。10月3日，廖仲愷宣布辭職，胡漢民接任省長職務。
10月9日，廣州市市長兼全省民團統率處督辦李福林獨自一人坐電船來到黃埔，要求蔣介石發還商團被扣的槍枝。蔣介石帶著一種非常平靜和嚴肅的神情望著李福林。不管李福林怎麼軟纏硬磨只有兩個字：「不發！」
最後，李福林火了，他把手裡的茶杯往桌子上用力一放，說：「我是奉代理大元帥胡漢民之命來的，有道是『花花大轎人抬人』，我好心好意給你拉拉場，你別讓我下不來台，最後吃虧的還是你自己。現在北伐已經開始，如果又鬧陳炯明第二次之變，你怎麼向總理交代？」
蔣介石仍寸步不讓，說：「國事好壞，當由一黨負責，不是你我個人的事情。軍械已收存在軍校，一支槍也不能發還，誰如果想替商團說話，請先撤掉我這個軍校校長。」
正好，胡漢民此時也打來電話，要求蔣介石發還商團的槍枝，李福林纏在黃埔不走，蔣介石同意先將5000支槍械發還商團。
第二天一大早，胡漢民、李福林將扣留的5000支槍械由黃埔運往廣州發還商團。
對火焰要用冷水撲滅，對敵人要用武力制服。胡漢民對商團的妥協退讓，使商團氣焰更加囂張。他們拿到被扣的武器以後，突然宣布實行第二次總罷市。市面頓時一片蕭條。西關各街閘門一律關閉，只留下單人通過的縫隙。這一天是「雙十」節，陳伯廉決心要在這一天發難了。
國慶日，按照慣例將舉行慶祝遊行，更何況今年慶祝意義又非同尋常。因為這一年，孫中山把它比作國民黨再生的一年。
一大早，在觀音山下的第一公園裡，已經是人潮如涌。這裡被裝扮得秀色滿園。五顏六色的標語與奼紫嫣紅的鮮花爭奇鬥豔。
今天，中共兩廣區委決定在這裡舉行「雙十」節慶祝大會。
這一天，黃埔軍校的學員兵分兩路進行活動。一部分學生在校舉行閱兵儀式，一部分學生來廣州參加「雙十節」遊行，以顯示強大的革命力量。
他們於凌晨時分集合隊伍，乘船來到廣州。
他們軍裝整齊，朝氣蓬勃，英姿颯爽。他們排著整齊的隊伍行走在大街上，「刷刷」的腳步聲猶如擂動的鼓點，威武而雄壯。行進中，他們目不斜視，旁若無人，甩動著臂膀顯得剛健有力。
廣州城內從來沒有出現過這樣隊列整齊、秩序井然的部隊。隊伍來到會場上，使會場氣氛掀起高潮。要時，會場裡人頭攢動，爭相觀望。嘖嘖的讚嘆聲不絕於耳。人們不自覺地鼓起掌來，以表示對他們到來的歡迎。
慶祝大會開始了。廣東區委書記周恩來首先講話。此時，他還沒有接任黃埔軍校政治部主任職務。
周恩來一手叉腰，一手在空中揮動著，聲音宏亮如鍾，響徹整個大會會場：
「同胞們，近來，反革命的氣焰的確很囂張。但是我們不怕。只要我們組織起來，團結起來，武裝起來，就可以戰勝他們。不論帝國主義者，軍閥政客，官僚或是買辦與洋貨商人，他們都是革命的對頭，我們要勇敢地向他們進攻！」
周恩來振臂高呼：「打倒帝國主義，打倒南北軍閥！打倒一切反動派！」
會後，舉行示威遊行。參加大會的各界群眾以開閘的激流，洶湧澎湃地湧向了廣州街頭。
廣州城沸騰了。處處是熱烈的口號聲，憤怒的聲討聲、民眾的吶喊聲。
當工農群眾和黃埔學生和遊行隊伍經過太平南路時，被商團截住了，說前面正在裝運貨物，勒令遊行隊伍改道而行。
雙方立刻發生衝突。先是互相對罵，然後是推推搡搡，商團驚恐發現人群愈來愈多，怒吼聲震耳欲聾。商團人膽虛，他們向湧上來的人開槍了。遊行隊伍中，幾十人當場中彈倒地，鮮血染紅了街頭。
遊行隊伍頓時陷入一片混亂。
人們蘊積已久的對商團的不滿終於找到了一個宣洩口，悲壯的人潮不顧一切地向前涌去，商團慌忙後退。這次衝突，造成十餘人死亡。100多人受傷和被俘。
十幾名犧牲和負傷的黃埔學生被抬回了軍校，蔣介石像頭瘋了的獅子，暴跳如雷，在辦公室里咆哮：「誰敢向黃埔學生開槍？誰敢向黃埔學生開槍？」
他立即給孫中山發出急電，要求東征軍回師廣州，平息商團叛亂。
在對待商團蓄謀叛亂的問題上，蔣介石自始至終主張堅決鎮壓之。當孫中山決心「寧棄廣州為破釜沉舟之北伐」，並期望蔣介石放棄黃埔，與他一同開赴韶關時，蔣介石婉言拒絕隨師北伐。
蔣介石認為，廣州應是革命的根據地，不能放棄，先鞏固根據地後北伐才是上策。後來，孫中山又電召蔣介石出師，蔣介石復孫中山一函，稱：「埔校危在旦夕，中正決死守孤島，以待先生早日回師來援，必不願放棄根據重地，致吾黨永無立足之地。」建議孫中山：「早日回首，是為今日成敗最大關鍵也。」
「雙十節」流血事件發生，蔣介石給孫中山的急電稱：「各軍非先準備南下，擊滅逆敵，斷難北伐。中正當死守長洲，盡我職務。尚請先生當機立斷，勿再以北伐為可能，而致猶豫延誤。」
孫中山對商團的妥協退讓以及舉措的猶豫不決無疑使廣東革命政府陷入被動的因素之一，而蔣介石則再占上風。
「雙十節」事件之後，周恩來力主立刻反擊。鮑羅廷也建議立即採取報復行動。
胡漢民自知難辭其咎，事後，立即找到廣州市市長兼全省民團統率處督辦李福林商討如何向大元帥交代。
胡漢民對李福林言外有音地說：「登昌，這回你可讓人家給耍了。為商團討回5000支槍械，不但未能討好商團，反而釀出大禍，大元帥不懷疑你和商團串通謀反才怪呢？我看你應該好好地向大元帥作個解釋哇！」
李福林也不是個傻子，你胡漢民想把這盆髒水都潑我頭上，沒門兒！於是也話裡有話地說：「代理大元帥可真健忘，你不記得商團的槍械是我倆一同送去的了。有什麼向大元帥解釋不清楚的？」
至10月13日，孫中山終於下決心以部分部隊回師廣州。14日，下達平叛令，並委蔣介石以平定商團之全權：
「茲為應付廣州臨時事變，未平定期內，所有黃埔陸軍軍官學校、飛機隊、甲車隊、工團隊、農民自衛軍、陸軍講武學校、滇軍幹部學校、兵工廠衛隊、警衛軍統歸蔣中正指揮，以廖仲愷為監察、譚平山副之。」
在此之前，孫中山命令成立一個革命委員會，自任會長，以應付非常之事情發生。並致函廣州：「漢民、精衛不加入也未嘗不可。蓋今日革命，非學俄國不可。而漢民已失此信仰，當然不應加入，反多妨礙而失其用，此固不容客氣也。精衛亦非俄派之革命，不加入亦可。我黨今後之革命，非以俄為師，斷無成就。而漢民、精衛皆不能降心相從。」
政府接到孫中山函後，立刻免去胡漢民廣東省長職務，由廖仲愷繼任。
15日凌晨4時，蔣介石在鮑羅廷的幫助下，指揮工團軍、農民自衛軍、黃埔學生軍與滇、桂、湘、粵各軍，兵分五路包圍了商團駐地西關。商團軍憑藉鐵柵欄杆和高樓開槍抵抗。
經過4個小時的戰鬥，革命軍即將商團軍打垮。商團軍幾個頭面人物逃往香港，其餘被全部繳械投降。戰鬥中，殺戮最慘烈的是李福林的軍隊。李福林對商團不守信用惱恨有加，因此，命令他的部隊對商團盡力殺死，不留活口。他的部下在漿欄街、楊巷、西堤二馬路、十七甫、第四甫、太平路、龍津橋一帶焚掠一空。
16日，孫中山又電令胡漢民把西濠口商團的大新公司占領充公，並指示「不必懼外人干涉。」23日，又令胡漢民把占領的商團各機關房所，一律充公，永不發還。
商團叛亂得到平息，解除了廣州革命政府的心腹之患，打擊了英帝國主義，國民黨右派、軍閥的氣焰，黃埔軍校學生團結一致，英勇作戰，遵守紀律，初步顯示出是一支可靠的革命武裝，給孫中山帶來莫大的喜悅。
在商團叛亂的整個過程中，蔣介石力排眾議，堅守黃埔，最後依靠共產黨和工農革命力量，領導指揮了平息叛亂的鬥爭，並迅速取得鬥爭的勝利，提高了威信，有利於提高他在革命政府中的地位。
這一勝利，為即將進行的東征和北伐奠定了基礎。
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