1860年春天，太平天国名将李秀成在率部攻破江南大营后，趁势东征，进入江浙地区，连克数城，兵锋直逼两江总督驻地常州。
时任两江总督叫何桂清。当时，常州尚有数万人马，兵强马壮，粮食充足。常州民众非常支持何桂清，众志成城。然而，何桂清被太平军所向披靡、清军兵败如山倒的景象吓得心胆俱裂，不思抵抗，反而在总管粮台查文经的建议下，乔装改扮后带着一队亲兵从东门逃出常州。
更加恶劣的是，何桂清在逃出常州时，遇到常州士绅跪阻。何桂清下令随从开枪，打死了19人。
何桂清临阵逃脱，在朝野引发了一场震荡。咸丰皇帝震怒，下令将他革职逮问，以曾国藩继任两江总督。接下来，由于发生英法联军进犯京师事件，咸丰皇帝逃到承德热河避暑山庄，不久又病逝，无暇过问何桂清一案，让何桂清在上海苟且偷生了两年。
1862年，同治皇帝坐稳了皇位后，何桂清一案重新提上议事日程。很快，江苏巡抚李鸿章派人从上海抓获何桂清，押送至京城，下于刑部大狱。
刑部对何桂清进行了初审。按照《大清律例》，封疆大吏失守城池应该处以斩监候，秋后处斩。由于在处决之前需要经过御笔“勾决”，就留下了操作空间。一个叫余光倬的刑部直隶司郎中，恰好是常州人，对何桂清恨之入骨，以何桂清“击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当加重”为由，判定“斩立决”，断了他逃生的念想。
案子送到同治皇帝面前。那时候，同治皇帝年幼，由慈安太后、慈禧太后以垂帘听政的方式掌握大权。慈安太后性格温和，处理朝政多数由慈禧太后负责。因此，在很大程度上，慈禧太后的态度决定了何桂清的生死。
慈禧太后掌权之初，信奉君臣“同治”，不忍心轻杀大臣，因此以同治皇帝的命令，发了一道上谕，命大学士、六部、九卿、詹事、科道会议进行会审。与此同时，慈禧太后发了一道懿旨：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”慈禧太后要大家畅所欲言，言外之意，是打算放何桂清一马。
何桂清是1835年的进士，做过19年京官，又做过6年封疆大吏，在朝廷里面拥有一批好友、部属，自然会趁此机会为他说话。包括体仁阁大学士祁寯藻、工部尚书万青藜、御史高延祜、顺天府尹石赞清、内阁侍读学士王拯等人，都联名上奏，希望免除何桂清的死罪。户部侍郎董恂、左副都御史志和等12名大臣态度不明，但也倾向于保全何桂清不死。
在为何桂清说话的大臣里，祁寯藻是一个非常重要的人物。他历经嘉庆、道光、咸丰、同治4朝而屹立不倒，是朝廷里的常青树，德高望重，官至体仁阁大学士、领班军机大臣、太子太保。同治皇帝继位后，祁寯藻奉命在弘德殿教授年幼的同治皇帝读书，且为领班老师。
祁寯藻为何桂清辩护时，引用了一条很得力的证据，出自嘉庆皇帝的谕旨：“引律断狱，不得于律外又称‘不足蔽辜’及‘从重’等字样。”这就意味着，刑部给何桂清拟定的加重罪名，是不符合祖制的。
眼看保全何桂清一派占了上风，扳倒何桂清一派不甘示弱。军机章京张德容上疏朝廷，与祁寯藻的观点针锋相对，认为嘉庆皇帝的谕旨里虽然规定断罪不得有“从重”字样，但这是指寻常罪行，不适合罪情特别重大者。况且道光年间浙江提督余步云失守镇海而逃，咸丰年间湖北巡抚青麟失守武昌而逃，都被朝廷处决，祁寯藻不站出来说话，为何偏偏要拼命保护何桂清？
双方展开了一场激烈的辩论，公说公有理婆说婆有理，谁也说服不了谁。慈禧太后无所适从。就在这时候，太常寺正卿李棠阶上了一道密奏，称：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”李棠阶跳出了《大清律例》的条文之争，直接拿军务大局说话，堪称一针见血。
慈禧太后不懂《大清律例》，但对这一番道理还是很明白的，此前宽容何桂清的想法产生了动摇。
最终，慈禧太后和恭亲王商议后，决定尊重大部分大臣的意见，将何桂清于当年秋后处决。谕旨中说道：“已革两江总督何桂清一犯，因廷臣会议，互有异同，酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以新监候，秋后处决，已属法外之仁。”
1862年秋天，何桂清被问斩于京城菜市口刑场，年仅46岁。
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