苏德战争爆发时，苏军远程航空兵在西部边境共有4个军9个师1339架轰炸机，具体机型为322架德勃-3、800架德勃-3ф、208架特勃-3和9架特勃-7。战前苏军认为远程轰炸航空兵的主要任务是：深入敌人深远后方摧毁敌人的军事经济实力，消灭海军重兵力，切断和破坏铁路、海上和公路的大规模运输。必须切断敌军在主要突击方向的战役运输，削弱敌军兵力，阻止其进攻。不过战争的到来，让原定的任务都成了泡影。

战争一开始，6月22日7时15分，国防人民委员会就向苏联空军下达了总的战斗任务。命令指出：“侦察和战斗航空兵要查明敌航空兵的集中地点及地面部队的部署。轰炸航空兵和强击航空兵，要实施强大的突击，将敌航空兵消灭在机场，粉碎其地面部队的重兵集团。航空兵突击德国领土的纵深为100-150公里，并炸毁柯尼斯堡和梅梅尔的机场”。

然而，虽然这一命令包含了对敌方航空兵机场进行回击的思想，但实际上未能执行。因为在战争的最初几天里，苏军航空兵对于地方机场的作战行动都是自发的和分散的，并没有明确的目的。当时，苏军各军区空军和远程航空兵司令部都没有预先拟定好突击敌方机场的作战计划，因而也就无法集中航空兵主力消灭快速进攻的敌军；再加上某些军区空军司令部对所属部队失去了指挥。正如时任总参谋长的朱可夫在报告中指出：“到6月22日终，尽管采取了有力措施，总参谋部仍无法从各方面军、集团军和空军司令部获得关于我军和敌人的准确情报。关于敌人突入我国领土深度的消息，矛盾百出。空军和地面部队受到的损失，也没有准确的报告。。。”。

1941年6月23日，即战争爆发的第二天，红军远程航空兵和海军航空兵用伊尔-4系列飞机，夜间空袭了哥尼斯堡、但泽的海港和军工厂，布加勒斯特、普洛耶什蒂的炼油厂，赫尔辛基、图尔库、克莱佩达等城市的军事目标，但初期的轰炸由于没有大规模集结力量和集中指挥，实际收效很小。

此外，因为地面形势危急（笔者注：此时在德国空军对苏联境内目标大举轰炸的同时，以坦克部队为前锋的德国军队已迅速突破苏联国境，在普里普亚特沼泽以南的乌克兰，苏联军队尚能勉强守卫他们的阵地，但在北方的白俄罗斯，整个苏军防线都在崩溃中）

远程轰炸航空兵不能深入敌纵深实施突击，以阻挡德军的进攻，基本上要用于遂行并非是它们所擅长的近距支援作战。

于是从6月22日早晨起，尽管遭到了惨重损失，苏联空军仍出动了大量轰炸机对入侵的德军地面部队进行了攻击。由于苏军残存的歼击机在忙于保护己方目标，也由于当时苏联空军和许多别的国家的空军一样，相信一个紧密编队的轰炸机群，以它们的自卫火力足以抵御敌方战斗机的攻击，绝大部分苏联轰炸机没有歼击机护航，这使得苏联轰炸机群遭到了灾难性的损失。

德国空军第27战斗机联队的作战记录中有这样的记载：“22日早上，我们得到警报苏联的轰炸机群正在接近，于是战斗值勤的2架Bf－109立刻紧急起飞，Arthur Schacht 阿赫-沙赫特少尉从后方接近了１架德勃－3，但尚来不及开火，那架俄国轰炸机就被一发高射炮弹直接命中而凌空爆炸，于是他立刻选择了另一架德勃-3，瞄准开火！那架俄国轰炸机中弹后仍飞了一会儿，接着就垂直地向地面载了下去”。

6月22日苏联轰炸机群对德军目标的攻击很快演变成一个自杀性的任务，苏军的轰炸机完全没有歼击机护航，而且由于缺乏无线电装置和有经验的机组成员，苏联轰炸机群被迫采取“线型”编队，使每个在编队后方的飞机员能“看见”在领头位置的由经验丰富的老兵驾驶的飞机，这是当时唯一能把整个编队的飞机都带到目标上空的办法。但这种编队同时无可救药地使整个轰炸机编队无法集中其火力，因而当德国飞机向他们发起进攻的时候，德国人只要担心当前的那架轰炸机的火力就可以了。这导致了成批成批的苏联轰炸机被击落，当苏联轰炸机仍前赴后继地继续他们的攻击。在天上，他们能清楚地看清当时的情况，德国人已深深地攻入苏联领土，而苏联军队的防线正在土崩瓦解之中，整个前线到处是火光和浓烟，到处是一片毁灭的情形。在这种情形下，苏联轰炸机部队的官兵深切地意识到，现在祖国的命运就在他们的肩上，只有他们能阻止德国军队的前进，哪怕只是暂时地阻止敌人，自己的军队就有可能得到一个喘息的机会，于是在整个苏军的轰炸机部队中弥漫着一种“拼了”的悲壮气氛，而德国飞行员也证实，有时他们击落了整个编队的苏联轰炸机，但只要有1架幸存，那么这架飞机仍会坚定地向目标飞去！

以下是远程航空兵初期作战的一些战况：

6月22日70架德勃-3ф出动支援地面部队，结果损失22架；当晚，出动3架德勃-3和6架斯勃空袭康斯坦察。这一天共有73架飞机出动空袭德军港口和城市，而根据德军的记载，至少击落了苏军17架斯勃快速轰炸机。

6月23日出动9架轰炸敌军行军纵队损失8架。当天，特勃-3开始夜间轰炸敌占区且没有歼击机进行护航。

6月23日和6月24日，远程轰炸航空兵第1军和第2军对柯尼斯堡、格但斯克和卢布林的军事目标进行了突击。其中23日出动了28架轰炸机，苏联飞机投下的炸弹使得柯尼斯堡的煤气工厂和码头设施遭到了破坏。

6月23日-6月25日，为了支援机械化第11和16军在格罗德诺的反击，苏军出动轰炸航空兵第12、13师与歼击航空兵第43师以及远程轰炸航空兵第3军，共出动480架次。然而，苏军航空兵的突击力量分散在广阔的正面，没有集中在主要突击方向，而且与陆军部队战斗活动协同出现问题，致使突击效果大大折扣。

6月24日，远程航空兵出动18架德勃-3和18架斯勃轰炸机空袭康斯坦察油田和机场，投下了12枚ФАБ-500，66枚ФАБ-250和100枚ФАБ-100，这次攻击很成功，所有的苏联飞机都安全返航。第二天（6月25日）出动32架斯勃和德勃-3进行袭击，在距离目标30-40公里遭到德军第52战斗机联队第3大队攻击，损失惨重，被击落10架。

6月24日，苏军一支27架德勃-3轰炸机编队，在前往攻击德军位于维尔纽斯附近的装甲部队途中，遭到了德第27战斗机联队第3大队的拦截，德国人宣称击落了7架德勃－3，而据苏方记录，苏军共损失了9架德勃-3，其中8架是被Bf－109击落。此外在同一地区，德第53战斗机联队宣称击落了17架苏联轰炸机，而第54战斗机联队宣称以损失1架Bf－109的代价击落了14架苏联飞机。

6月26日，最高统帅部向远程航空兵第1和第3军下达命令，要求他们昼夜不间断的突袭，消灭从明斯克向奥廖尔和莫吉廖夫开进的德军坦克部队，防止德军强渡第聂伯河。随后，2个航空兵军出动252个机组轰炸德军明斯克区域坦克部队，结果43个德勃－3机组未返回。其中损失最惨重的是远程轰炸航空兵第207团，该团损失了15架轰炸机。也就是在这次悲剧性的任务中，该团产生了一个著名的英雄，在当天10时30分时，该团飞行员尼古拉-加斯特罗大尉在他的德勃-3被敌机击中后，驾驶着受重创的飞机撞向地面上的一个德军运输车队，于敌同归于尽！

6月26日，远程轰炸航空兵第4军和黑海舰队航空兵对普洛耶什蒂进行了轰炸，使石油产量几乎降低一半。

6月29日，苏联过时的四引擎轰炸机特勃-3第一次出发去攻击德军，结果只有一架幸免于被击落。30日苏军集中数百架轰炸机向博布鲁伊斯克的德军目标发动攻击，苏军机群受到德国第10高射炮团和莫德士的第51战斗机联队的联合攻击，共103架苏联轰炸机被击落，几乎每个参战的德国飞行员都击落了敌机。

苏军中损失最大的部队是重型轰炸航空兵第3团，他们至少损失了11架特勃-3。

7月5日，远程轰炸航空兵第43团受命出动飞机封锁鲍里索夫市渡口，在完成投弹返航过程中，2架受伤飞机的毅然直接撞击地面德军目标。

从6月22日-7月10日的边境交战，苏军参战为西北方面军、西南方面军和南方面军等部，苏军共纯减员588958人，伤病减员159272人，此外损失了各类火炮1894门、坦克11703辆和飞机3985架。这期间，远程航空兵损失高达651架飞机！

根据统计，在边境交战中远程航空兵出动2112架次，但蒙受重大损失，究其原因是苏军一般以较大机群（3-4个大队）用爆破弹、穿甲弹和航炮突击敌军纵队、预备队集结地域和其他目标。轰炸机高度一般2000-3000米。有鉴于此，7月4日，最高统帅下令：“严禁用大机群轰炸敌军和目标。今后，轰炸一个目标同时用的兵力不得超过一个中队，在特殊情况下不得超过一个大队”。