满清入关后，历经康雍乾三朝，乃清朝国盛最强的时刻，亦有史家认为在这个时候，清朝皇帝君主专制进一步强化。
康熙、雍正、乾隆三帝治国，均有自己的特色，他们是怎么做的呢，以下将论述之。
一、强化皇权
由于康熙朝初年，圣祖年幼，受制于辅政大臣，而鳌拜独揽大权，权倾朝野。后来圣祖亲政以后，四海不靖，内有三藩，外有准噶尔、俄罗斯、郑氏延平政权。于是圣祖平定海内外以后，进一步强化君主的权力。
圣祖、世宗、高宗三帝对精明干练，勤于政务。圣祖与高宗把权力集中到自己手上，而世宗勤于政务，每日批阅无数奏折，相比于后世君主所批阅的奏折，每每过百甚至过千字。
圣祖设立南书房，而世宗进一步在内廷成立军机处，把之成为定制，是君主进一步把政权掌握于自己手中。
圣祖在平定三藩之后，确立各省总督、巡抚互相督责的体制，督、抚各自向皇帝负责，以达互相制衡之效；总督、巡抚虽然有调动军队的权力，但驻守各省的八旗兵，由驻防将军统领，而绿营兵则由提督指挥，总督、巡抚难以擅自调动兵马。以避免地方割据的局面再现。
二、秘密立储
圣祖晚年，诸子为争夺储位，于是在太子两立两废后，圣祖再也不再复立皇太子，而雍亲王胤禛最后继位成为世宗，他明白预立皇太子弊病颇多，除造成皇帝权力与皇储权力的矛盾外，还容易使皇太子骄横不法，大臣籍拥立储君拉帮结派，事后籍拥戴之功威胁皇权，对朝局不利。
世宗召集诸王及文武大臣，当众作出了秘密建储的规定，亲书储君之名，密封匣内，藏于干清宫宝座对上正大光明匾额之后。至于储君是谁，除了皇帝本人外，谁也不会知道，一直要等到皇帝驾崩，大臣打开锦匣才能知道，是为秘密立储法。
后来高宗于生前禅位于仁宗，亦是从正大光明匾额之后取下传位诏书宣布，宣宗、文宗均按这一秘密立储方式传授皇位。
三、监督臣民
由于满清以外族入主中原，下江南时更进行大屠杀，于是对以汉文化优越感自居的汉人来说，国亡之伤痛尤在。有一些士大夫，尤其是江南某些士大夫，以明朝遗民自居。
圣祖以博学鸿词科是利诱这些遗民出仕为官。圣祖亦曾密令江宁织造曹寅、苏州织造李煦刺探江南民情及地方舆论，随时以密折报告。
圣祖、世宗、高宗三帝透过种种监视、密奏，及频密的诏对，对大臣了如指掌，甚至能掌握个别大臣的办事能力及人际关系，因此能从容驾驭群臣，令朝廷大臣及封疆大吏小心恭谨，不敢稍有欺罔。
三朝老臣张廷玉，辅助皇帝有功，但退休时推荐后继人及乞求身后荣典，竟被斥责为贪鄙无礼，甚至抄家。世宗时李绂因参劾田文镜，甚至几乎被问斩。
而康雍乾三朝民间的反满言论，或对皇帝的批评也监督甚严。于是清初的文字狱甚多，例如康熙朝的戴名世《南山集》案、雍正朝的查嗣庭试题案、吕留良案、乾隆朝的伪孙嘉淦奏稿案等等。
四、整顿吏治
至于康雍干三朝的宽严程度有所不同，由于康熙标榜仁政，晚年倦勤，对官员放纵，导致官吏贪污，吏治败坏。而诸位皇位更争夺储位，更涉及宰执大臣，封疆大吏。
世宗在列位皇子争立中，成功夺得帝位，他对康熙朝的宽仁放纵，进行大刀宽斧的整顿。昔日与世宗争夺储位的皇子，大多都获罪被处分。而拥立世宗的大功臣，年羹尧和隆科多也被雍正帝整肃，世宗仇视朋党，更亲制御制朋党论。
世人传说世宗居于深宫之中，对外事了若指掌，是进行特务政治的结果。但其实世宗是依赖中央官员及地方官吏向皇帝上奏的密折制度。由于密折是君臣二人单独的对话，而世宗更三令五申，不得把密折示人，所以密折制变成皇帝可以方便收集天下官民的讯息，地方政务、官员阴私、地方传闻、朝务请示等等，无所不谈。
世宗时的吕留良案，他保留曾静与张熙，只对过世的吕留良及其一家进行整肃，并向天下颁布大义觉迷录，由曾张二人现身说法。
五、宽严相济
高宗即位以后，他鉴于圣祖朝宽仁过什、世宗朝严厉过什，采用于中间的态度，即所谓宽严相济政策。对世宗朝整肃的皇叔宽免其刑罚，一改世宗朝的严肃气氛。
乾隆初年，辅政大臣分为两派，即鄂尔泰与张廷玉两派。高宗的处理分法与世宗时并不相同，鄂尔泰与张廷玉两人亦能得以善终，及后亦能整肃朋党，恢复君主权威。
但高宗对文字狱亦管束甚严，把曾静与张熙二人处死，禁毁大义觉迷录等。高宗与康熙一样，进行南巡以拉拢江南士民。在伪孙嘉淦奏稿案爆发后，在乾隆十六年，借太后大寿为名，奉太后游览江南。
清初由于国力强盛，皇帝可以把皇权进一步强化，圣祖强调仁政，对官员放纵、宽仁。世宗在一逢串的权力斗争得国，遂对朝廷纲纪，大臣进行严厉的整肃。高宗鉴于两朝的得失，行宽严相济的政策，以维持朝廷的统治。