甲午战争后，日本除了在中国的东三省各地布满了情报网，日本还在上海建立了东亚同文书院，它是日本在华以民间社团为面目的两个最大的情报组织之一。
1898年，东亚同文会成立，在日本东京设立本部，在中国上海、北京、汉口等地设立支部。参加东亚同文会的，均是日本政界的风云人物，其首任会长是日本贵族院议长近卫笃麿，其子是大名鼎鼎的近卫文麿。1898年，根津一也加入东亚同文会并担任干事长。
1899年，东亚同文会提议在华办学。次年5月，东亚同文会设立了南京同文书院，根津一任首任院长。1901年3月，该院迁往上海。当时上海已是中国的商业贸易中心和政治、外交中心，又有原日清贸易研究所的遗址。
于是根津一将上海作为永久院址，同时将书院更名为东亚同文书院，其办学宗旨宣称：“讲中外之实学，育中日之英才，一树中国富强之基，一以固中日辑协之根，所期在保全中国，定东亚久安之策，立宇内永和之计。”
实际上，身为陆军参谋本部大尉的根津一，并没有打算将东亚同文书院办成一个教育机构、学术团体。根据根津一的设想，燃烧着“天皇的忠诚战士”斗志的行家们，以通商口岸为据点，像水浸染一般席卷中国才是最理想的。培养这些尖兵，乃是根津一和东亚同文书院的任务。
自开办起到1919年的20年里，东亚同文书院只招收日本学生。从1907年起，书院开始接受日本政府的大量财政资助，并接受日本政府管辖和监督。
东亚同文书院的课程设置大多与中国有关。通过长期的汉语学习，加上特殊的专业训练，书院的日本学生留上长发或戴上假发套，就可以自由如风地在中国内地活动。
学生们非常清楚学习和旅行调查的终极目的，在书院第9期学生入蜀考察前，学员们公然打出了这样的标语：“不要命，不要名，不要钱，满怀着不平、野心，郁愤丛积，远离故土，会有看到大和樱花与旭日国旗在蜀山之巅高高辉耀的那一天。”
东亚同文书院承袭了乐善堂和日清贸易研究所的传统，十分重视对中国社会状况的实地踏访。从第一届开始，每届学生都会用3个月至半年时间，数人结成一组，或乘车坐船，或骑马徒步，足迹遍及除西藏以外的中国所有地区。
他们的调查线路如蛛网般遍布中国，有的还涉足东南亚和俄国西伯利亚及远东。除了日本一向关注的东北、华北，中国东部和中部一些省份的县级以上城市，越来越多地被纳入调查的范围。而且调查地域有明确的选择性，调查活动以地理位置或经济地位较高的地区为重点推进。越往后，调查活动越专业化。
调查的主持者和组织者不仅对中国的“硬件”十分关注，而且对中国地方政府的运作、民众的评价及社会对灾害性事件防御能力等方面的“软件”，也颇为用心。
东亚同文书院历届学生的调查报告，均装订成册，每年印5份抄本，分别送交日本外务省、农商务省及陆军参谋本部参考。东亚同文会、同文书院也各保存一份。
在东亚同文书院45年的办学历史上，其编撰的种种报告、资料，没有一年不单独列出一份呈交陆军参谋本部。这些由晚清至抗战前中国社会各方面的大量情报，无疑给日本制定军事侵略、经济掠夺、文化颠覆的战略与政策，提供了充分的依据。
以这些调查报告为基础，同文书院出版了《支那经济全书》和《支那省别全志》。《支那经济全书》的“叙”里如此写道：“所谓经济事项者，网罗靡遗，本末具举，洋洋乎大观哉。此书一出，其裨益于我贸易产业者，岂浅鲜也乎？”