近年来，人们开始尝试在养殖水体中施用有益微生物制剂来改善养殖生态环境，提高养殖动物的免疫力，抑制病原微生物，从而减少疾病的发生。
微生物制剂
微生物制剂是由一些对人类和养殖对象无致病危害并能改良水质状况，能抑制水产病害的有益微生物制成。
主要有硝化细菌、光合细菌、枯草杆菌、放线菌、乳酸菌、酵母菌、链球菌和EM微生物菌群等。
它们具有改良水质、增加溶氧、降低氨氮、抑制致病菌生长、改善动物体内水环境生态平衡、提高动物抗病与免疫力，促进养殖对象生长等功能。
安全性
许多微生态制剂源于环保制剂，当应用于水产养殖时，应注意菌株的特异性，考虑对水生生物的安全性。
如假单胞菌中的荧光假单胞菌和铜绿假单胞菌对鱼类就是病原菌。
目前，除光合细菌外，其他的微生态制剂尚无国家统一的产品标准。
国内生产厂家众多，产品难免鱼龙混杂，所选的菌种应进行针对性的选择和严格的驯化，防止对渔业生产和人的健康造成损害。
因此，应选择那些有研发实力，技术成熟的生产厂家的产品，确保产品的安全性。
分类别
目前市场上常见的应用于水产上的微生态制剂产品不是很多，根据其在水产殖中的应用大致可分为两类：
一类是用于改良水质的，即水质微生态调控剂；另一类是内服以提高鱼类抗病力的，即饲料微生态添加剂。不同种类的微生态制剂其针对性和作用效力不尽相同。
高浓度的光合细菌增氧效果最佳；EM菌和硝化细菌消除氨氮效力最高；芽孢杆菌有明显的降低亚硝酸盐的作用；EM菌还有助于提高水体的pH。
时效性
使用微生态制剂时，一定要注意菌体实效性，也就是所谓的数量和活力，一般要求每毫升含3亿个以上的活菌体，且活力要强。
试验表明，随着微生态制剂保存期的延长，活菌数量逐渐减少，其作用效果明显降低。
所以除应注意妥善储存外，还应尽早使用，制剂的颜色和气味发生明显变化，则可能意味着菌体已开始死亡腐败，尽量不要再使用。
保活性
除了注意保持原有产品中菌体活性外，还可采取适当的活化措施提高菌体的活性，增强使用效果。
使用粉剂时，最好用池塘水浸泡30分钟左右，再泼洒；芽孢杆菌在保存期间以芽孢的形式存在，可通过配制好的培养基进行活化，增殖，然后泼洒；
光合细菌可用沸石粉吸附后再进行泼洒；
使用EM菌时最好按1∶1的比例加入糖蜜红糖水，搅拌均匀后放置半小时左右，促进菌体活化。
降影响
各种环境因子都可能对微生态制剂产生一定的影响，我们应把不良影响降到最小。
选择适宜的水环境，一般控制pH 6-8，水温15-35℃，水体溶解氧2毫克/升以上。
当然，不同菌株受环境因子的影响也有所不同。阴雨天使用光合细菌效果不明显，光合细菌需要光照为宜；
亚硝酸盐和pH偏高的水体，使用芽孢杆菌制剂的效果不明显；pH值低于7或者高于8.5的水体，以及溶解氧含量低的水体，不利于硝化细菌的生长；
光对硝化细菌的生长，繁殖也有一定的抑制作用，它和光合细菌相反以不要或微弱光照为宜。
因此，在使用微生态制剂前，应测定有个水环境因子的指标，依此选择相适应的微生态制剂，并通过改进措施，达到最为理想的效果。
提前缪
由于微生物制剂起效具有滞后性，要发挥微生态制剂的治本防治作用，就必须提前使用。
尤其是在幼苗开食，食性转换，季节变化，鱼病高发等关键时期，提前使用微生态制剂，才能够收到良好的防病效果。
周期性
微生态制剂进入水产动物体内或者水体环境中，有益菌的数量具有先增后降的生长周期。
其长短与菌群种类，密度，水体肥瘦，有害菌的数量等密切相关，一般为20-30天。所以在应用中应参考水体的透明度以及水质化学指标，及时调整。
遵原则
使用方法好坏是决定微生态制剂效果的关键，应遵循一定的原则。
首先要协调好与其它技术措施的关系，禁止与抗生素，杀菌化学药以及具有抗菌作用的中草药，杀虫剂等同时使用。
在施微生态制剂后的生长周期内，尽量不使用化学药物，尽量加水不换水。
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