《本经》云：“药有君臣佐使，以相宣摄合和者，宜用一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也。”
正确使用和理解君臣佐使，要从两个方面来看：
第一，君臣佐使，原指古代人事关系，即君主、臣僚、僚佐、使者四种人分别起着不同的作用。
君者，君，尊也。——《说文》。
君也者，掌令者也。——《春秋繁露》。
臣者，事君者也。象屈服之形。——《说文》。
佐者，佐，助也。——《广雅》。
使者，使臣也。
第二，药物配伍的数量，凡是遇到数字在中医概念中，我们要非常敏感加以重视，中医的取类比象中的比象即来于此。
《本经》中药物组方配伍方式分为两类：一类组方原则，是由一君、二臣、三佐、五使组成，即一味君药，二味臣药，三味佐药，五味使药，而药物功能种类是四种，此类组方中的数字，包括了从一到五的小衍之数。
先来了解一下组方术数的含义。
一者，代表太极，是在天地阴阳分开之前，成球状、点状。俗话说：“国不可一日无君，家不可一日无主。”又“一国不容二主”，君药是一方之主，作用方向直接，直达病所，调节造成机体阴阳失衡的最主要原因。
二者，代表阴阳，天地、上下、内外、表里等，阴阳的作用调节平衡，君药能否准确发挥作用，君令能否实施其功用，需要大臣的保驾护航。好像用导弹攻击，导弹飞行依靠弹翼，弹翼帮助导弹保持平衡，因此而准确击中目标。
三者，代表三才天地人、上中下、精气神等，在外应天气降为雨，地气上为云，在人体则是在内五脏之精化气，在外六腑之阳气顺降，卫气护外，在内之精与在外之气的相互转化。
五者，五行，五行生克平衡，五脏藏精以及化气平衡。此组方原则是通过调节五脏藏精与化气，以达到祛邪扶正的目的，以五行为根本的治疗方法。四者，四时，经云：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风。”四时乃天之精，天地间万物生之本。
二类组方原则，是由一君、三臣、九佐使组成，即一味君药，三味臣药，九味佐使药。从术数来看，三是指气的开阖枢变化。经云：“其生五，其气三。”此气为五脏之精所化生，此三气分内外而成六气。
此三气可分别表现在上中下三个不同部位，而成“九气”，《素问六节脏象论》曰：“三而成天，三而成地，三而成人，三而三之，合则为九。九分为九野，九野为九藏。”又经云：“神藏五，形藏四，合为九藏。”
九藏所反映的是五脏之气的阴阳转化。不论是“三气”还是“九藏”，都是气的阴阳平衡变化。此类组方药含义，通过运化在内的精化气，以达到身体上下阴阳平衡，并且通过调气以祛邪外出。
两类组方各有特点，前者应河图之十数，后者应洛书之九数；前者通过调精以调节阴阳平衡，后者通过调气以祛邪；前者更适合扶正祛邪，治疗虚证，后者则更适合祛邪以扶正，治疗实证。
讲到这里顺便讲一个故事，有一次我讲此内容的一个段落发在北京中医药大学北美分站的微信群上，版主田博士做了一下回应，为了反映真实性，他的原话没有改动。
他说：“另一个太阳是朱老，回复小草的问题，我和朱老同龄同届，对他的学识和成就，我佩服得五体投地，自叹相差甚远。大家还记得那首歌吗？东方红，太阳升，北中医出了个朱燕中！他是我们的骄傲，为有这么个大师而自豪！”
我跟帖说：“田博士太客气了。”
他又说：“朱老，我不是随便乱夸你的，是有充分依据的，例如你刚刚发的上文给我解了一大惑，我跟从我的老师董老多年，发现他的方子大部分不是11味药，就是13味，和你说的两个（一君，二臣，三佐，五使和一君，三臣，九佐使，）组方原则完全吻合。老先生生前都没告诉我这个，今天终于被你破译了，你说你高不高，不佩服行吗？”
我说：“是经典太厉害了，国内的中医大家熟读经典，才有后来的成就，如果不学习经典，老师的意图很难掌握呀。”