《庆余年》原著被封为穿越小说经典之一，有传编剧王倦早在10年前已经有将此书改编成电视剧的想法，之后经数年改编，最终制作出与原著风格截然不同的电视剧版本。
1、穿越情节消失
在广电总局审查制度下，所有影视作品不得出现穿越情节，为了顺利过审，《庆余年》的最大改动就是删去原作中的穿越情节。
《庆余年》原本是一部长篇穿越小说，讲男主角前世是一个重症肌无力患者，濒死之际，突然穿越到婴儿范闲身上。故事背景发生在人类文明毁灭之后的新文明时代，范闲的母亲也是一名穿越者。作为一本另类的穿越小说，作者在书中创立的世界观令读者叹为观止，也是书中的一大特色。
剧中删去穿越情节后，所有人都变成一个历史系学生张庆（张若昀饰演）所写小说中的人物。剧中的范闲一开始也以为自己是某个穿越者，但其实他的个人意识是叶轻眉将一些AI数据传输入自己体内，所以严格意义上来说不算穿越。这个大改动比较牵强，但为了顺利过审也是不得已而为之。
2、男主范闲是美男
《庆余年》开播初期，最令原著粉丝不满的就是男主人选。原著中，范闲被形容为：“长的很漂亮，长长的睫毛，微红的薄唇，眼睛宁柔有光，看上去跟个女孩子一样”，是一个比女生还美的美男子。不少人认为范闲的人选，应该是雌雄难辨，五官精致类型的男演员。
结果有点大小眼的张若昀在一众美型系男星中突围而出，获得范闲这个角色，令当时网上反对声一片。
张若昀高大阳光，性格鬼马，同剧版范闲古灵精怪、语出惊人的个性比较相近。由他演绎的范闲全无阴郁气质，二世乐观机智，非常讨喜。
作为内地小生中难得的演技派，张若昀也将多年配角生涯中磨练出来的演技用到演范闲身上。虽然与美男子沾不上边，但演技在同代小生中称得上数一数二的张若昀，为了能让原著粉丝接受自己的“丑版范闲”，将《庆余年》原著反复读了好几次。最后也获得观众一致好评，更令原本排斥的原著粉也对他另眼相看。
3、范闲花心变专一
原著中的范闲性格阴郁，对身边众多美女来者不拒，与多位女角色发生过关系。因为原著中范闲的前世是一个常年卧床的重病患者，几乎与外界绝缘，更加不会有娶妻生子的机会。于是书中写他投胎后要加倍补偿自己，他曾给自己定下三个目标：“第一，我要生很多很多小孩子，第二，我要写很多很多书，第三，我要过很好的生活。”可见原著中范闲 与韦小宝有几分相似。
原著作者曾经解释过，自己原本想将范闲塑造成为一个专一的男人，但因为这本书定位是男性向的穿越小说，考虑到读者多为男性，他只能在书中不断加入男主角的感情线，来满足读者观感。到了剧版，编剧将男主重新写回一个非常专一的形象，他只钟情于女主角林婉儿一人，讲出：“我心胸狭窄，只能爱一人”的好男人台词，恋爱态度更是正能量，也为他赢得不少女粉丝的喜爱。
4、范闲小妾被消失
原著中虽然在感情线上着墨不多，但故事结尾男主角除了正妻林婉儿，也纳了多年陪伴自己的侍女柳思思为妾。书中柳思思就像大姐姐一样一直支持范闲，她为范闲诞下大女范淑宁，对范闲来说是非常重要的亲人。
本来有传柳思思一角由演员虞鑫蕾饰演，不过最后柳思思整个角色被删，范闲也由多情变专一。
5、滕梓荆被杀
《庆余年》剧中范闲忠心耿耿的侍卫滕梓荆在牛栏街为保护范闲被杀，范闲一怒之下要找林婉儿二哥报仇，是剧中一大催泪点。
但其实在书中，范闲对自己的四个护卫并没有太深厚的感情，滕梓荆在书中原名叫滕子京，也没有在牛栏街被杀，而是成为范闲家中的管家，在书中后期出场次数也越来越少。
编剧表示剧集版的滕梓荆形象更丰富、更完整，唯一可惜的是最后惨死的结局令人不舍。
6、五竹变健谈
剧中一直帮助范闲的武林高手五竹，真实身份其实是一个人工智能机器人，是现代文明遗留下的产物。他忠于范闲的母亲叶轻眉，受其所托将范闲从宫中带走，范闲成人后又将他带到京都。因为是人工智能，所以书中五竹性格沉默，甚少讲话，不过为表现出角色的心理活动，剧版的五竹多了不少台词，性格也变得开朗些许。
7、女主角“林依晨”变林婉儿
《庆余年》女主角林婉儿在原著中是以林依晨为原型，甚至原名也叫林依晨，旁人一般称她为晨郡主。原著作者称当时自己疯狂迷恋林依晨，所以书中角色也直接套用女神名字，不过剧集拍摄时还是选了与女主角气质更为相符合也更年轻的李沁演出，晨郡主也改名为林婉儿。
8、范闲庆帝父子变温情
小说与剧集中的最大反派庆帝，对范闲这个私生子一直非常冷漠，两父子之间甚少互动。不过剧中加了不少庆帝关心范闲的情节，以及两人互动的篇幅，也为范闲性格转变、最终下决心弑父做足铺垫。