19世纪末期，曾经一统全国，版图辽阔的大清帝国已经到了摇摇欲坠的状态。国家外部，西方列强们竞相在华攫取利益，尤其英国率先通过鸦片战争，得到在大清的“第一桶金”；国家内部，也是民间起义不断。
如此严峻的情况之下，西边的阿古柏又在沙俄支持下开始入侵新疆，并建立了“哲德沙尔汗国”，至此新疆的大部分地区皆已被占领。偏偏这个时候，邻国日本又通过明治维新的红利后，也成为了列强国家之一，而我国的台湾省也开始被日方渗透，“海塞之争”也成了问题。
面对突然出现的两个问题，以当时的清廷实力来看，要想同时解决实属困难，而以何为重也成为了人们争论的焦点。当时的朝廷一共分为三派，分别是以李鸿章为首的，主张放弃西北全力应对海防；时任湖南巡抚的王文韶等人则是认为以西北为重；最后一派则是左宗棠两者并重的观点，认为哪一处都不该轻易放弃。
虽然新疆气候干燥，还有着不少的荒漠，但是天山南北皆是盛产瓜果之地，而且新疆草场广阔，牛羊遍野，马种优良，另外新疆地下还存在着大量的金、银、铁和煤炭等矿产资源。虽是叫“荒漠千里”，实则就是一个聚宝盆。
除了物产资源外，新疆最优越的还是其地理意义上的重要性。一旦新疆丢失，也就意味着只要过了新疆就是一马平川，中原根本无险可守。此外，万一沙俄扶植的阿古柏真的占领了新疆，那么南边在印度苦心经营的英国人自然也不会服气，肯定也会扶植某个势力进取西藏。如果真的是此种情况，也意味着清朝需要增添更多的兵力守卫边界，除了对于钱粮是巨大的消耗外，西北被过分牵扯的兵力肯定也是无暇顾及东南的海防。
在清廷的反复商议之下，最终还是由光绪帝任命左宗棠为钦差大臣，负责督办新疆军务，同时应其要求调走前任钦差景廉和负责粮运帮办的袁保恒。
受到任命后的左宗棠，在充分了解新疆地理情况和阿古柏的兵力部署后，制定了先平定北疆，再夺回南疆的战略部署。除了充分的战略计划外，左宗棠又开始重新整顿军队、筹措军饷等工作。
左宗棠的计划十分完善，前期准备也很充足，不过很现实也很严峻的一个问题又出现了，那就是——没钱。左宗棠出征在即时，当时的陕甘地区的军费已经被累计欠到2000万两白银，几经波折之下，清廷最终也才从户部拨了区区200万两银子。
眼见朝廷已经指望不上了，左宗棠又通过富商胡雪岩借了1375万两，接着又通过洋商和华商，分别借了500万两和846万两，自此军费的问题也算是基本得到解决了。
钱、粮和兵器都已经得到解决后，年逾花甲的左宗棠终于将大军浩浩荡荡的开向西北，此番一同前行的还有左宗棠为自己准备的一口棺材。
1876年7月，左宗棠麾下的刘锦棠率部与阿古柏与古牧地发生战斗，最终在仅付出158人阵亡的代价下，就击杀了5000余敌人，并顺利占领古牧地。此战大胜后，清军在后面的乌鲁木齐、昌吉和呼图壁的几场战斗中基本都未太遇到抵抗即获胜。在耗时数月，并且阵亡千人的玛纳斯之战获胜后，除了伊犁外的所有北疆地区均已被清军成功收复。
经过休整并且熬过冬季后，清军又于1877年4月向南疆进发，第一战则是达坂城，收复南疆第一战即获胜后，清军又连战连捷，而阿古柏方的内部也开始起了内讧，其本人也因急火攻心而亡，也有传言是说自杀或者是下属杀死。阿古柏一死，敌军内部也开始瓦解，次年1月2日清军收复和阗。
至此，左宗棠仅用了一年半的时间就将新疆全部收回！