文｜萧西之水
围绕中途岛作战，日本海军两大部门之间却出现矛盾：日本联合舰队想借助山本五十六奇袭珍珠港的威名强行通过作战方案，而主管海军军事作战制定的日本军令部却要严格审查作战方案，双方也在4月2日到5日之间展开激烈辩论。
面对联合舰队的计划，军令部作战参谋三代一就中佐提出三条反对意见：（1）中途岛距离东京2200海里，距离夏威夷1000海里，美军相比日军更容易派遣陆基航空兵支援；（2）中途岛没有物产，一旦占领，必然导致重船去、空船回，运输负担会非常大，而且没有任何收益；（3）即便能顺利占领，中途岛面积太小，无法容纳太多飞机，即便占领中途岛也无法对夏威夷形成有效威胁。总之，夺取中途岛的必要性很不显著，三代一就顺势提出所谓“美澳遮断计划”的设想，亦即派遣海军主力前往澳大利亚东北部的新几内亚岛，切断美国与澳大利亚之间的联络，这就完全与联合舰队的想法背道而驰。
到这一步，战略之争已经变成部门之争，一旦中途岛作战遭到否决，未来联合舰队会进一步丧失战略制定权；但三代一就的反驳非常有力，局势一边倒向军令部，这当然让联合舰队非常担忧。联合舰队祭出最后一招，不在军令部与中佐级的参谋较劲，而是直接找到军令部总长永野修身大将寻求“内定”。
永野修身，时任日本海军军令部总长
之所以强调军衔，是因为军衔象征了军队官僚等级，而高阶官僚与低阶官僚的政治博弈完全不同。从军令部参谋角度出发，联合舰队参谋本就是对手，又热衷独断专行，双方一直是针锋相对；然而到了高级官僚层面，山本五十六就更是伙伴，考虑到山本五十六担任过海军次官（海军省），又执掌过联合舰队，未来接替永野修身成为下一任军令部总长也未可知。所以提案送到高层，政治博弈的环境就变了，作战胜利能分一杯羹、作战失败也是山本五十六担责任，那如今永野修身就不如卖一份人情。
针对这件事，晚年的三代一就在1982年旧海军士官组织的“海军反省会”中大发牢骚：“我对永野的印象很不好，珍珠港、中途岛两次作战无论我怎么反对，他都只会说‘这样啊，山本都这么说了，那要不然就听山本的话试试吧！’”
在日本军队官僚体系的痼疾促使下，三代一就的正确意见没有得到采纳；随后4月18日美国发动杜立特空袭，这也让日本海军再无犹豫，最终在5月5日同时下达“MI”（中途岛）、“AL”（阿留申）两份作战命令。
既然要在中途岛决战，又为什么不把兵力集中于中途岛，反而要同时分兵进攻远在北太平洋的阿留申群岛呢？
一般认为“AL”是“MI”的佯攻，希望转嫁珍珠港美国军队的注意力。但问题在于，日军对于两者的攻击开始时间都设置在（东京时间）6月4日，如果两岛同时受到攻击，珍珠港美军不可能放着距离1000海里的中途岛不去援救，转而去援救距离超过1500海里的阿留申群岛。而且从实际配置来看，阿留申群岛动用了日军当时的8艘战列舰（共11艘）与4艘航母（共11艘）等50艘各式舰艇，甚至要求中途岛作战部队在后期调出一部分舰船北上支持，换言之如果非要说佯攻，或许说中途岛作战是阿留申作战的佯攻还更能说通一点。
事实上，阿留申作战有其独立目的：“攻克或破坏阿留申群岛西部要地，使该方面敌军的机动与航空作战变得困难”，“（阿留申群岛驻扎的）空中与地面部队将防御来自北方的入侵，并能阻断美国与苏联的通讯联系。”如果以北极为中心观察地球，会发现美国从北边进攻日本的路线是最近的，一旦美国在阿留申群岛设置机场，就能够直接威胁到日本本土（当然日本人不知道，阿留申群岛的气候条件无法建设机场）。所以，日本进攻阿留申群岛的真正目的是防范美军（甚至是美苏两军联合）从北太平洋进攻日本本土的路线，与中途岛作战无关。
那为什么要在这个关键时候，加上一个与中途岛作战毫无关联的其他战略目标呢？其主要原因，便是因为中途岛作战是山本五十六一意孤行的产物，而且军令部基层参谋的反对也让永野修身非常担忧。为防中途岛作战一败涂地，军令部才给联合舰队加上一个更容易达成的目标，这样要是中途岛作战胜了自然最好，如果败了，日军也一样能够占领一个属于美国的岛屿，挽回一些颜面。
山本五十六，时任日本海军联合舰队司令长官
可以看出，与其说阿留申作战的分兵是出于佯攻，不如说是日本海军官僚对山本五十六独断专行的一种反制或预防，这也恰恰说明山本五十六在日本海军之中的形象非常差劲。