据韩国媒体《日报体育》报道，在《Produce X101》决赛后，刷票、做票嫌疑说广泛流传于韩国、中国、东南亚乃至全世界范围的社交媒体。愤怒的粉丝们通过推特等质疑节目组暗箱操作伪造票数、伪造出道结果，一度将相关tag顶到热搜一位。
《日报体育》方面也在今日上午11点（韩国时间）向Mnet制作组提出了质疑，但节目组始终保持沉默，闭口不答。
伪造争议包括从第1名到第20名，练习生们的短信得票数差距呈现“可疑的巧合”。排名第二的金宇锡与第一名金耀汉票数相差29978票，第四名宋亨俊和第三名韩胜宇的票差同样是29978，第七位和第六位和第八位和第七位、第十位的票差也为29978票。除此之外排名中也反复出现同样的票差，乘以常数7494.442等于最终的票数。
同样的事件也曾发生在《PRODUCE 48》中。在《PRODUCE X101》网络论坛，有网民发表了声明。“涉嫌操纵投票数既是对国民制作人权利的欺骗，同时也是损害X1名誉的行为。另外现场直播短信投票每条100韩元的收费投票。出道不单是练习生们的梦想也是粉丝们的目标，因此，操纵投票数的嫌疑，也是对为了练习生们出道而努力的国民制作人心血的欺骗”，“这是对Mnet举行的选秀节目的整体公正性质疑的重大事件。Mnet方面必须公开明确的投票数和真实的数据。”
对于被淘汰的练习生，以李镇赫、金敏圭收到的惋惜呼声最高。许多韩国网民认为，李镇赫无论在直拍播放数、粉丝集资等硬数据方面，都是出道组上位圈，但因为金宇硕、李镇赫同属于组合UP10TION，节目组出于平衡利益的考虑，硬是将李镇赫踢出局，无视他在《PRODUCE X101》全程带领团队获得优胜的Leader风范。
组合UP10TION
作为节目的牺牲品并不止李镇赫一人，曾被认为门面担当、一定能出道的金敏圭，从节目伊始就站上了舆论风口浪尖。而在决赛前夕，节目组却故意将他C位表现不足的视频放出，为决赛淘汰他做铺垫。为节目组贡献了无数话题、吸引了无数投票，最终却背负着“没有才能”的标签出局，金敏圭的遭遇也让无数粉丝意难平。
网友们为出道失败的练习生们定制了另一个组合，包括具正模、金敏奎、李镇赫、Tony、咸元进等人，甚至虚拟开立了社交账号，以此向各家公司呼吁，不要浪费这些练习生的才能。对于这样的配置，不少网友甚至认为比X1更加优秀，以此表达对于Mnet制作组方面的抗议。