图1

将所有遗传变异考虑在内时，18名患者为MSI-H（n=3）或TMB-H（n=15）（表2）。适应症外治疗机会包括BRAF V600E突变（n=2），ERBB2扩增或突变（分别为n=2和n=4），IDH1或IDH2突变（分别为n=4和n=1），MET扩增(n=1)，以及NRAS(n=1)、PIK3CA(n=7)、PTCH1(n=3)或RET(n=1)突变。与同源重组修复缺陷（HRD）相关的肿瘤抑制基因在该队列中也观察到，包括ATM(n=4)、BRCA1(n=4)、BRCA2(n=2)、CHEK2(n=2)和PALB2(n=1)(表2)。在3名CUP患者中发现了基因融合，包括ALK(n=1)和FGFR2重排(n=2)。8名患者因携带HRAS突变(n=1)或KRAS G12C突变(n=7)而符合临床试验的资格。值得注意的是，Sotorasib（AMG510）最近被批准用于至少接受过一次全身治疗的局部晚期或转移性KRAS G12C突变非小细胞肺癌患者。

治疗结果

33%(n=17)的基于NGS检测携带临床可用药基因变异患者接受了分子匹配治疗。与接受标准治疗的患者（n=78）相比，接受分子匹配治疗患者（n=17）的中位OS更长，但没有达到统计学意义（23.6个月vs 14.7个月；HR，0.568；95%CI，0.268-1.205；P=0.13；图2)。

图2

在15例可评估患者中，7例(47%)接受了分子匹配治疗作为一线治疗。中位治疗时间为39周（范围：9-69周；图3）。另外8例(53%)患者在二线或后线治疗中接受分子匹配治疗，中位治疗时间为13周（范围：6-24周；图4），其中38%（3/8）的患者接受分子匹配治疗的持续治疗时间是先前治疗线的 ≥1.3倍，还有38%（3/8）的患者的持续治疗时间与先前治疗线一样长或更长，但未 ≥1.3 倍。此外，15例接受靶向治疗或免疫治疗患者的中位治疗时间分别为15周（范围：6-42周）和21周（范围：9-69周）。

图3、4

值得注意的是，三名患者接受分子匹配治疗作为多线治疗。这些患者接受分子匹配治疗的累计持续时间从21周到113周不等(图5)。其中2名患者接受靶向和免疫治疗方案，另一名TMB-H（25 Muts/Mb）患者接受了多线免疫治疗。

图5

辅助诊断

在本队列中，NGS辅助诊断的病例占15%(n=14)。在这些病例中大多数(13/14)患者已确定了两种或三种可能的诊断。分子特征提供辅助诊断的肿瘤类型，例如胆管癌（IDH1 R132C和BAP1剪切位点）、结直肠癌（MSI-H且伴有BRAF V600E突变）和非小细胞肺癌（KRAS G12D和STK11移码突变）。在这三个肿瘤示例中，单靠基因组学还不足以作出诊断，但结合临床特征、影像学和病理学检查，诊断得以确定。

致病性胚系突变

4名患者接受了遗传风险评估，并根据体系检测结果进行了胚系基因检测。75%（3/4）的病例发现携带致病性胚系突变，包括ATM、BRCA1或CHEK2基因突变。

讨论

本研究探讨了NGS检测结果在指导CUP患治疗决策中的临床效用。超过一半接受NGS检测患者确定了相关治疗方案。接受分子匹配治疗的CUP患者的中位OS为23.6个月。报告的死亡风险比为0.568，相当于与标准治疗组相比，分子匹配治疗组的死亡风险降低了43.2%。这是第一个提供分子匹配治疗方案治疗CUP患者生存数据的研究。大多数CUP患者预后较差，总生存期为3-10个月，本研究表明分子匹配治疗可以提供有意义的临床获益。

在接受分子匹配治疗的可评估患者中，分子匹配治疗作为一线治疗的中位持续时间为39周（范围：9-69周）。分子匹配治疗作为二线或后线治疗的可评估病例中，75%的分子匹配治疗持续时间与之前的治疗方案一样长或更长，中位治疗持续时间为13周。此外，3名患者接受了多线分子匹配治疗，累积持续治疗时间约为5-28个月（图4）。

2017年，Varghese等人利用OncoKB分类证明，约30%的CUP病例具有临床可用药的生物标志物，证据级别为3级或更高。与Varghese等人的研究相比，本研究确定了更大比例(55%)的病例具有临床上可用药的生物标志物，且为3级或更高的证据。这归因于近年来针对特定基因组变异或特征的药物迅速扩张。值得注意的是，TMB现已被添加到与肿瘤类型无关的FDA批准适应症列表中。对TMB-H的CUP 患者亚群的研究表明，部分TMB-H CUP患者可从免疫治疗中受益。本队列中接受免疫检查点抑制剂治疗的CUP患者中位治疗持续时间约为5个月，这与帕博利珠单抗治疗TMB-H肿瘤类型不可知患者临床试验中报告的治疗持续时间（4.9个月）相当。

值得注意的是，在这项回顾性评估的早期，TMB作为免疫检查点抑制剂的生物标志物还没有被很好地确立，这可能影响了本研究中基于该生物标志物接受治疗的患者数量。评估TMB-H CUP患者对免疫检查点抑制剂反应的前瞻性研究是必要的。

在本队列中，预测影响同源重组的变异是一个常出现的特征，这表明PARP抑制剂或其他靶向特定CUP患者DNA损伤反应途径的治疗方法的潜在应用。该队列中的一个典型病例为一名携带致病性BRCA2变异的男性患者，他在临床病情下降时接受了奥拉帕利（PARPi）联合阿霉素脂质体治疗。在9个治疗线后，他的临床治疗保持16周的稳定。这是他之前只持续3周多西他赛治疗的5.3倍。

DNA交联铂基化疗在具有同源重组修复缺陷表型的肿瘤中增强了疗效。因此，在一些肿瘤类型中，铂敏感性已成为后续PARP抑制敏感性的替代生物标志物。许多经验性治疗CUP的化疗方案都含有铂类药物，铂敏感性也可作为临床有用的生物标志物，帮助识别哪些CUP患者的DNA损伤反应基因发生突变，从而可能受益于PARP抑制剂。

KRAS突变是本队列中另一个经常出现的特征，这与之前研究报道一致。在本研究中，95例CUP病例中有7%(7例)发现KRAS G12C突变。KRAS G12C共价抑制剂在NSCLC中的有效率为32%-45%，在其他肿瘤类型（如胰腺癌、胆管癌、子宫内膜癌和卵巢癌）中也观察到活性。最近，KRAS G12C抑制剂Sotorasib被批准用于至少接受过一次全身治疗的局部晚期或转移性KRAS G12C突变的非小细胞肺癌患者。评估KRAS G12C抑制剂与其他药物（如抗EGFR单抗或SHP2抑制剂）联合使用的研究正在进行中。随着靶向KRAS新疗法的出现，可能为CUP患者提供额外的靶向治疗选择。

体系NGS检测能够帮助患者确定是否需要进行遗传咨询和随后的胚系检测，这一发现是不容忽视的，因为在本研究中4名体系NGS检测结果怀疑存在胚系变异的患者中，有3人被证实有遗传性癌症易感性。本研究结果支持了先前研究所描述的生殖细胞检测对治疗和预后的重要性。基于体系NGS检测结果的遗传咨询标准正在不断发展，可能考虑基因（如BRCA1或BRCA2）、变异丰度（如>50%）或两者的结合。因此，NGS检测结果除了确定可靶向的基因变异外，对家庭成员进行级联基因检测还可以在适当的情况下进行预防性筛查。

分子特征可辅助临床病理诊断的概念此前已得到证实，Tothill 等人表明，NGS 结果确定了69%的CUP中某些恶性肿瘤亚群特有的突变谱。由于癌症基因组图谱联盟和其他人的努力，已经描述了许多癌症的基因组图谱，其中某些突变或突变组合在特定癌症类型中的发生率较高。虽然NGS 检测尚未用于提供诊断，但它确实提供了额外有用的信息，在适当的临床和病理背景下这些信息可能支持原发肿瘤类型。在本研究中，也证实了这一点。此外，将NGS结果与临床病理学特征结合起来进行诊断可能具有治疗意义，包括选择化疗方案，尽管利用分子特征来制定治疗的临床益处尚未完全阐明。

总结

该回顾性分析表明，与原发灶已知肿瘤类型的患者一样，CUP患者可能从分子匹配治疗方法中获得临床益处。在该单机构队列研究中，接受分子匹配治疗的CUP患者的中位总生存期为23.6个月，优于历史数据，这表明需要进一步的前瞻性研究。数据还发现，与之前的报道相比，适合接受分子匹配治疗患者的比例更高，这可能是因为免疫治疗的分子匹配适应症和组织学不可知适应症的治疗选择增加。NGS检测结果还可用于小部分患者的辅助诊断，并且还有助于识别可能携带致病性胚系突变的小部分患者。该研究结果支持ESMO精准医学工作组和国家综合癌症网络的建议，即在精准医学专家、病理学家、放射科医生和医学肿瘤科医生的密切合作下，在原发灶不明癌症患者的治疗管理中应用NGS检测。

参考文献：

FuscoMJ, Knepper TC, Balliu J, Del Cueto A, Laborde JM, Hooda SM, Brohl AS, Bui MM,Hicks JK. Evaluation of Targeted Next-Generation Sequencing for the Managementof Patients Diagnosed with a Cancer of Unknown Primary. Oncologist. 2022 Feb3;27(1):e9-e17. doi: 10.1093/oncolo/oyab014. PMID: 35305098; PMCID: PMC8842368.