兆惠一路苦斗，上演了胜利大逃亡，奇迹般地从伊犁突围，回到了巴里坤。乾隆闻讯龙颜大悦，大为嘉奖，升任兆惠为新疆前线统帅。但没想到的是，因为天花损失惨重的准噶尔人，恰恰又是因为天花再次发动了叛乱。这是怎么回事呢？
01天花对准噶尔人的双重影响
其实原因很简单，当一个地方突然发生了天花，所有人都会争着向首领汇报，因为首领是人际关系的网络中心，所以最容易被传染到，自然他的老婆儿子之类，也一个都跑不了，最终免不了全家一起挂掉。首领全家一死，合法继承人空缺，于是剩下的人纷纷争做老大，自然而然烽烟四起。
所以天花带来的大量死亡，虽然导致蒙古准噶尔人大量死亡，但同时也使得原有的社会结构完全崩溃，幸存下来的人不断地发生争权夺利，进而引发不断的叛乱，这才是问题的根源。
说到这里，问题来了，为何天花把蒙古准噶尔人折腾得死去活来，可是同在一地的清军，却一直平安无事呢？
02清军为何不怕天花？
这事说来话长。因为几乎人类所有的主要传染病，中国人都最早经历过。比如秦始皇派兵南下，征服百越的时候，就把疟疾，霍乱，天花带回了中原，汉武帝北伐匈奴的时候，又把黑死病请回了内地。霍去病为什么20多岁就死了？原因就是感染了黑死病，学名叫作鼠疫。
可是在我们的印象中，这些疾病，好像对中国带来的危害，并不是很大，没有像天花，把整个美洲90%的原住民消灭了，黑死病也干掉了欧洲1/3的人。这首先要感谢中原王朝，一直执行的是中央集权制度，所以在遇到这些问题的时候，总能迅速找出最强有力的对策。比如汉武帝的时候，由于鼠疫被北伐的士兵，传入了中原，在边境城市开始流行，人员大量死亡，当地官员报告给中央以后，汉武帝马上就派太医和官员前去调查。
虽然那时候的医学水平，非常落后，但是他们可以尝试各种方法，来解决问题。什么喝符水，跳大神，吃草药，隔离病人等等，他们可以尝试所有能想到的办法，最后发现隔离很有效。一旦找到了方法，中央王朝会迅速地部署，很快就把鼠疫给控制住了。后来清朝前期，对于天花也找到了行之有效的预防措施——种痘。
那么清朝人是如何掌握这种技术的呢？这就得从乾隆的爷爷康熙说起了。
03康熙如何应对天花
话说天花这类疾病，现如今多数人都比较陌生了，可能只在影视作品中听过。历史上 ，明清时期的天花肆虐，曾造成大量人口死亡，甚至对清初的施政也产生了严重影响。据《清宫档案揭秘》记载，清朝入关后十位皇帝中，顺治、同治直接死于天花，康熙与咸丰虽然侥幸从天花的魔爪下捡回性命，脸上却留下了麻子。(当然，死于天花的两位皇帝在死因上存在争议，本文暂无意涉及，但正史档案记载至少证明死于天花并不罕见)。所以咱们现在看到的康熙画像都是经过画师美化过的。
清初统治者备受天花的困扰，努尔哈赤次子礼亲王代善，有3个儿子死于天花，努尔哈赤第十二子英郡王阿济格，为出过天花获得免疫力者，但他的两个妻妾，均于顺治六年(1649)三月北京城发生的那场天花中感染而亡。努尔哈赤第十五子豫亲王多铎，也于顺治六年三月天花流行时染病，被夺去生命，时年36岁。
对于入关之初的满族人来说，天花几乎就是绝症。当时满人畏痘如虎，流行之时，只会消极躲避，但天花却防不胜防，消极躲避者大多仍未能幸免于难。天花流行造成清初八旗人丁的死亡率高得惊人。顺治皇帝，生有八子六女，大约有皇子四人、皇女五人没活到八岁前就死亡了，比例超过半数。造成婴幼儿大量死亡的原因，主要是疾病，而天花则名列杀手之首。
康熙皇帝对“天花”更是深有感触，童年一直笼罩在天花的阴影之下。据《圣祖廷训格言》记载，康熙在其晚年曾说：“朕幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处。”从中可以看出，由于天花出宫“避痘”，可以说长期得不到父母之爱。偏偏两岁那年，他仍然没有躲过痘魔的侵害，所幸保住了性命。躲过天花的灾难之后，幼年康熙搬回了紫禁城，但天花的阴影仍时时笼罩在他的周围。
康熙继位后，北方的天花阵势已经减弱，南方一些传统的痘疫苗法也逐渐传到北方。民间种痘法最早起源于明朝隆庆年间。一般有两种方法，旱苗法和水苗法。旱苗法就是取天花者的痘痂研成细末，加上樟脑冰片等吹入种痘者鼻中；水苗法就是将患者痘痂加入人乳或水，用棉签蘸上，塞入种痘者的鼻中。这两种方法的大概思路都是让种痘的人先患上轻度的天花，出过疹子后精心护理，直至病症消失，就相当于已经得过天花了。
康熙十七年(1678)十一月，5岁的二阿哥皇太子胤礽被传染天花，当时有个候选知县叫傅为格，在侍奉皇太子、调理治痘方面很有些成绩，因此被升为武昌通判。此时康熙帝了解到，小孩种痘可免遭此病，便下令调善于此术的傅为格入京，专门给尚未出过天花的皇子种痘。在康熙的倡导推动之下，清朝天花防治开始走向科学化与系统化的道路。他在太医院下专门设立了痘诊科，并在普天之下广征名医。北京城内还设有专门的“查痘章京”，负责八旗防痘事宜。
康熙帝晚年时曾对诸皇子说：国初，人多畏出痘，至朕得种痘方，诸子女及尔等子女皆以种痘得无恙。(雍正《庭训格言》)也就是说，自康熙二十年之后，他的皇子皇孙们，都曾种过痘。不过当时种痘并不能保证百分之百的成功率，如果遇到种痘未成功的，依然会有死于天花的风险。
由于康熙皇帝对种痘的推行，北方以及中原一带的天花病症得到了一定程度的遏制。康熙以后的皇帝，对种痘术还是比较推崇的，到了乾隆年间，此技术已较为成熟。清宫医案中留下了大量太医院痘医为皇家子女种痘的全过程，从中可以看出，当时种痘技术的复杂性与风险性。
而当时文明比大清落后一大截的准噶尔人又如何懂得这项技术？所以面对天花病毒的侵袭，只能是束手无策了。除此之外，准噶尔人之所以难逃天花魔爪，和他们普遍信仰喇嘛教，庙宇众多关系很大。感兴趣的朋友不妨参阅拙作（面对准噶尔汗国的强势扩张，乾隆为何能轻松获胜？决定因素是什么），此处不再赘述。
说完这个问题后，咱们再来看看清廷是如何应对准噶尔的再次叛乱的。因为后勤运输困难，每次清朝大军平定准噶尔叛乱后，只能马上撤退，没曾想准噶尔人立马降而复叛，使得乾隆大为震怒，前线的将领们更是早已失去了耐心，准备大开杀戒，这都为后来的屠杀埋下了伏笔。
此时挑动上一次叛乱的阿睦尔萨那，早已经没有了任何影响力，一直在四处躲藏。现在这些接二连三发生的叛乱，其实和他半毛钱关系也没有。准噶尔人在北疆的大规模叛乱，其实更多的是出自各部落的自发行为，并没有统一组织。倒是南疆的小和卓霍集占心怀异志已久，见到北疆重新陷入战乱之中，已经在蠢蠢欲动，随时准备发动叛乱了。对于兵力有限的清军来说，无法同时兼顾两个方向，孰先孰后，必须慎重选择。由此乾隆和兆惠之间就战略方向的选择问题，发生了意见分歧。这是怎么回事呢？清军接下来如何平叛呢？