萧峰被阿紫抱着跳下悬崖，萧峰因头部受伤失忆，之后他大战自创《九阴真经》的黄裳，结果被黄裳打中头逐渐恢复记忆。
数年之后，剑魔独孤求败挑战乔峰，独孤求败以紫薇软剑刺伤乔峰。靖康之耻以后乔峰面对生灵涂炭，心中凄苦绝望，遂隐居于小镜湖，陪伴阿朱。
就此乔峰影响了后世两大绝世高手，打败黄裳引出的九阴真经也给江湖带来一片腥风血雨。
乔峰和阿紫坠落到山崖下时，正好落到一头野牛身上，阿紫身躯在下，首先撞向野牛，阿紫和野牛同时粉身碎骨，乔峰被阿紫抱着，身躯受到缓冲，只有头部撞到了牛的脖颈上，受了损伤。
恰在此时，只听一人大声喊道：“峰儿，我的峰儿，师兄快救人。”原来是一灰一黑两个老僧，那大喊大叫的黑衣僧，就是乔峰的父亲萧远山，他口中的师兄是灰衣僧慕容博。
当乔峰不愿进攻宋朝反而被耶律洪基囚禁的消息传到中原武林时，少林寺也得到消息，萧远山一听儿子有难，赶紧禀报师父扫地僧，星夜兼程，与慕容博赶来搭救乔峰，最终还是来晚了一步，阿紫已经抱着乔峰坠崖。
慕容博一探乔峰鼻息，喜道：“师弟，萧施主还有救，只是你我二人功力不逮，只能以龟息神功帮他延得三日性命，想要救回贤侄的性命，还要请师父他老人家帮忙。”
萧远山一听，二话不说，忙运起龟息神功，以内力注入乔峰的奇经八脉，慕容博也来相助，以内息游走乔峰周身十八处大穴，不到一盏茶功夫，只听到乔峰闷哼了一声，有粗气喘出。
萧远山一看乔峰活转过来，心中高兴已极，仰天长啸，震得天上的几只雄鹰坠了下来。
慕容博却道：“师弟，事不宜迟，咱们赶紧将萧施主送回少林，请师傅医治，过了三天，恐怕性命难保。”萧远山忙道：“师兄所言极是，我高兴地昏了头，差点误了大事，这半年来的修行终究不如师兄精进。”
于是萧远山和慕容博驮着乔峰，星夜兼程，终于在第三天的黄昏将乔峰带回了少林寺藏经阁。
萧远山向扫地僧说明原委，扫地僧对乔峰的宅心仁厚，义薄云天，以天下苍生为念甚为佩服，立即以极为深厚的内功，施展开龟息神功，为乔峰医治。
半个时辰之后，乔峰终于清醒过来，他看到一黑一灰两个老僧和一个更老的老僧凝目望着自己，却想不起来这些人是谁，开口问道：“几位大师如何称呼？我这是人在哪里？”原来由于乔峰的头部受伤，已经失忆。
之后半个月乔峰的伤完全恢复，只有胸口留下两个枣核大的疤痕，这半个月里，萧远山一直给乔峰解释他的身世，从萧远山自己在雁门关大战玄慈汪剑通等中原豪杰，讲到乔峰在聚贤庄大战游氏双雄，讲到乔峰在少林寺大战丁春秋游坦之慕容复。
可是乔峰就是不相信，总感觉自己头痛欲裂。无奈之下，萧远山重新蒙上了面，假装蒙面黑衣僧，在夜间偷袭乔峰，结果乔峰一副完全不会武功的样子，令萧远山大失所望。
扫地僧看到之后，对萧远山说：“各人有各人的缘法，萧施主忘却前尘往事，消去无明烦恼，未尝不是一种福报，就随他去吧。”
之后乔峰就在藏经阁跟着扫地僧萧远山慕容博等人干些洒扫的粗活，就这样七八年过去了。
有一天，乔峰睡眼朦胧之际，看到一个一袭白衣的艳丽少女向他挥手，那少女说道：“大哥，你答应过我，到雁门关外驰马打猎、牧牛放羊。”
乔峰刚想说话，突然之间那少女撕下了脸皮，变成了一个国字脸中年男人，只听那个中年男人轻轻说道：“我终于死在你的六脉神剑之下，乔大爷，请你放过我的父亲吧，他不是那个大恶人，他不是带头大哥。”接着那个中年男人瘫倒在地上，口吐鲜血。
乔峰想伸手去扶，那个中年男人瞬间又变成了明艳少女，只见那明艳少女扑通一声跳入一片湖水中，她游到水中央，潜入水中，突然之间湖面升起一座坟墓，墓前一块木头制成的墓碑，上面写着小镜湖三个字。
乔峰啊的一声，醒了过来，原来是南柯一梦，可是那个少女又是谁？小镜湖又是什么地方呢？
早晨起来之后，乔峰向一起干活的小和尚打听，那小和尚笑道，小镜湖在大理国境内，离咱们少林寺有几千里远呢。
第二天，萧远山发现儿子萧峰突然失踪，原来乔峰带上干粮，离开少林寺，要去找那小镜湖。
乔峰买了一头驴子，每天不紧不慢地向南方而去，这一路上倒也没遇到什么事儿，只是那个明艳的少女，夜夜到他的梦中来，不知不觉乔峰又在江湖上晃荡了五年。
这几年来，他没显露过武功，留着光头，又衰老了不少，因此之故，江湖上的旧相识也没认出他来。
这一日到了苏州，乔峰找了家客店打尖儿，谁知道半夜里被一阵阵呼喊声吵醒，乔峰循着喊声而去，不觉走出了三里多地，原来乔峰休养这些年，头颅之伤已经完全复原，耳目之力恢复如初，能听到三里外的声音。
乔峰到了之后才知道是两伙人在打架，一伙人穿着道袍，显然是道士，另一人一袭黑衣，是个十七八岁的少年。原来是一群道士在围攻那个少年。
只听那个少年一面以怪招拆解几个道士的剑招，一面大骂道：“你们几个自称昆仑派的成名人物，半夜里偷袭我一个年轻人，害臊不害臊。”其中一个道士以一招昆仑派的五雷轰顶，向少年猛击过去，大声回道：“哪来的小混蛋，偷东西偷到道爷头上来了。”
只见那少年手持一件奇怪的兵器，挡下了这一招五雷轰顶，直震得手臂发麻，大声嚷道：“这圣火令乃我教的传教至宝，被你们几个老杂毛偷去了，怎么反污蔑我偷你们。”
原来这少年手持的黑色兵刃乃是以玄铁制成，是明教教主的信物圣火令，半年前被丐帮两个八袋长老盗走，这几个昆仑派的人顺手牵羊，又从丐帮手里抢到，那少年是明教的教众，追查了两个月，终于给他追查到踪迹。
然则乔峰此时功力已经恢复大半，他看了一会就知道这少年不是昆仑派几个老道的对手，不用一盏茶功夫，这少年必败。
果然，过了没一盏茶功夫，少年左臂中了一剑，右腿被一个道士踢中穴道，动弹不得，另一个道士以拂尘扫中少年的半边脸，立刻鲜血淋漓，涔涔而下。
之后一个道士一掌向少年头顶拍去，欲一掌毙了这少年，乔峰此时浑浑噩噩，却仍有侠义之心，看到几个老道士欺负一个少年，早已经怒气充塞，此时更不打话，突然闪电般出手，一招拿住了那个老道的右手手腕。
那老道满拟能一招毙了这小子，谁知道半路杀出个程咬金，自己丝毫没有察觉，连对方怎么出手的都不知道，他先是一愣，接着瞪眼向乔峰看去，却是个光头和尚。
这老道向来跋扈惯了，哪容得别人插手他的事儿，便运起功力，要挣脱乔峰的手掌，然而饶是他运出十成功力，乔峰的手却纹丝不动仍紧紧箍住他的手腕，老道伸出左手，一掌向乔峰右肩拍去，谁知道这一掌如打在铜墙铁壁上一般，对方竟然纹丝不动。
老道立刻知道这无名僧人的功力远远高过自己，即便自己几个师兄弟一起上，也不是对方对手。
于是他大声说道：“久闻少林寺绝学天下无敌，不知大师是少林玄字辈哪位高僧门下？在下跟少林达摩堂首座玄寂大师有过一面之缘，向来对少林好生敬重，难道少林派今天也来管我们昆仑派的闲事不成。”
这几个老道五十来岁，号称昆仑六天剑，是昆仑派第二代里的高手，他们的师父玄天道长，是昆仑派掌门，自创了一套昆仑混沌剑阵，督促门下练功极严，所以六人三十年来一直在昆仑山练功，很少到中原闯荡，因此之故不认得威震江湖的北乔峰。
乔峰也不知道什么明教，什么圣火令，只是要救这个少年的性命，仍是不肯放脱那老道的手腕儿。
其他五人一看师兄受制，舞动剑花，摆开混沌剑阵，就要一起上前猛攻，谁知他们眼前一花，五把剑瞬间脱手而出，被乔峰握在手中。原来乔峰运起擒龙功，将五个老道手中的宝剑全都夺了过来。
这时乔峰才放开那个老道的手，右手猛地一掌向左手五把剑击去，只听得砰的一声，地上陷出一个大坑，又听得哗啦啦几十块断剑落在了陷坑中。
昆仑六天剑一看乔峰显示了如此深厚的功力，脸上早吓得呆住了，此时六个人一样的心思，原来中原武林的绝学已经进步到如斯地步，我们却还在昆仑山闭门造车，这江湖还闯荡个什么劲儿？
之后六人向乔峰拱了拱手，转身离去，消失在黑夜中。
乔峰伸手解开了少年穴道，那少年对乔峰救了他的性命自然是感激万分，对乔峰那高深莫深的武功更是佩服的五体投地。
他忍着疼痛，向乔峰跪下说道：“晚辈方腊，多谢前辈救命之恩。”接着方腊咚咚咚连磕了九个响头，大声说道：“求前辈收我为徒。”接着又咚咚咚磕头。
那方腊小小年纪，武功不弱，显然已得名师指点，此时乔峰浑浑噩噩，不知道什么江湖规矩，看这少年向自己磕头，又要拜自己为师，便答应了下来。
乔峰说要去小镜湖这个地方，方腊年少，并不知道大理国有个小镜湖，只好把乔峰带到了明教总舵。于是方腊跟着乔峰学了不少神功，只是方腊资质有限，没有学到乔峰的降龙十八掌。
不觉十多年已过，方腊已经接任明教教主，练成四层乾坤大挪移，武功之高，也已是江湖绝顶水平。这些年来他派人打听得乔峰要找的小镜湖，陪同乔峰前往，乔峰到了以后，却什么也记不起来，只记得那明艳的白衣少女时时到他的梦中来。
方腊不但武功高强，人也极为精明能干，在他的带领下，明教渐渐势力大增，一度跟江湖上的第一大帮派丐帮并驾齐驱，江湖地位仅次于江湖第一大门派少林寺，号称江湖第一大教派。
然而明教势力大了，也引起朝廷的注意，朝廷的赵官家最是信服道教，怎么能忍受波斯传来的摩尼教在中原兴风作浪，便派黄裳来剿灭明教。
于是黄裳大战明教，一口气挑了明教好几个堂口，甚至还杀了明教几个使者法王，黄裳不但武功极高，而且招式极为怪异。原来黄裳曾经是个文官，负责给朝廷修撰道藏，遍览道家典籍，无意中学会了绝世武功。
方腊一看黄裳如此厉害，亲自挑战他，结果方腊仍然不是黄裳的对手，被黄裳打成重伤。为了报仇，明教也集结了几十个高手围攻黄裳，最后方腊派人去灵隐寺请回了自己的师父乔峰。
乔峰带领几十个高手将方腊围堵在了玉皇山，这黄裳一把年纪了，倒也极为硬气，也不讲什么江湖规矩，上来就跟乔峰大战起来，一千招过后，终究是乔峰功力更为深厚，使出降龙十八掌，将黄裳打成重伤，不过乔峰的头部也被黄裳一掌拍中。
乔峰中了黄裳一掌，突然两眼一黑，脑中一片混乱。
原来乔峰突然记忆起了以前的事儿，乔三槐夫妇、玄苦大师、汪剑通、丐帮四大长老、马夫人、阿朱、段正淳、段誉、虚竹、阿紫、萧远山、扫地僧、谭公谭婆、赵钱孙、耶律洪基等等，这些人一个个浮现在他的脑海中。
黄裳趁乔峰头脑混乱，负伤逃走，为破解乔峰等高手的绝世武功，黄裳躲起来钻研四十多年，结果他重出江湖时，仇人全都死了，于是黄裳将毕生所学，写成《九阴真经》。
令黄裳没想到的是，这部绝世武功秘籍，竟然导致后世上百位高手惨死，给江湖带来了几十年的腥风血雨。直到第一次华山论剑，王重阳打败东邪西毒南帝北丐，夺得九阴真经，才阻止了这场持续数十年的争夺。
跟乔峰一起围攻黄裳的高手，有几个老江湖，在乔峰大战黄裳时，看到乔峰的降龙十八掌，简直不敢相信自己的眼睛，这不是二十多年前威震江湖的丐帮帮主北乔峰吗？
他们围过来仔细端详乔峰，果然就是乔峰，原来他没死在雁门关外。
之后乔峰让自己的弟子方腊跟这些江湖朋友言明，自己已经退隐江湖，希望他们不要将此事传扬出去，明教好大的威势，这帮人又是明教的朋友，自然个个守口如瓶。
之后乔峰偷偷回到小镜湖，拜祭了阿朱的坟墓，从此隐居于小镜湖。
谁知道数年以后，乔峰听闻金国已经灭了辽国，又挥师南下，要灭了大宋。
金国大举南侵，对宋朝用兵，势必令中原百姓生灵涂炭，他想起了自己的好兄弟完颜阿骨打，于是骑上一匹快马，星夜兼程，向金国大营而去，乔峰宅心仁厚，以天下苍生为念，要劝说阿骨打罢兵。
然而，乔峰的结义兄弟阿骨打已经死了，现在是阿骨打的弟弟完颜吴乞买在做皇帝，完颜吴乞买跟乔峰没什么交情，根本不见乔峰，乔峰便要硬闯，谁知道完颜吴乞买手下一位高手突然出现。
此人复姓独孤，自称独孤求败，少年时代就横扫河朔群雄，后来跟完颜吴乞买结义为兄弟。
于是独孤求败手持紫薇软剑大战乔峰，这些年来，乔峰虽然神功尽复，可是他除了跟黄裳大战过一场，很少出手，难免武功生疏，饶是如此，也跟独孤求败大战到两千回合，才被独孤求败一剑刺中胸口。
独孤求败遇到如此高手，当真欢喜不尽，又听说此人就是三十多年前为了阻止辽国进攻宋朝的大侠乔峰，不觉心中有愧，于是他将受伤的乔峰放走了。
后来独孤求败觉着自己的紫薇软剑误伤义士，乃不祥之物，弃之不用。
乔峰回杭州养好了伤，就听到了靖康之变的消息，他心灰意冷，重新回到小镜湖，从此远离了江湖的恩恩怨怨。