1、连作
由于地理、环境等因素，很多菜农都无法避免连作，然而连作会导致很多问题，比如破坏土壤平衡、导致营养不均、土壤恶化，土壤中还会残留积累很多土传根部病害，如根腐病、枯萎病等，病原菌累积的越多，病害加剧、难以防治，使产量和品质下降。
2、管理不到位
种植规模大的蔬菜基地，面积大、劳动量大，管理难度也就大，稍不注意还会导致病害混合发生，大面积的病虫害爆发必将大量使用农药，过量使用农药会影响蔬菜的生长，不仅成本变高了，还可能达不到无公害生产的指标。
3、氮肥的过量
现目前，还是有很大一部分菜农都依靠经验施肥，习惯偏施氮肥，导致土壤中氮肥含量超标，连续多年的不合理施肥，导致施了肥却没效果，反而破坏了土壤平衡，导致蔬菜品质降低。
4、忽略有害气体
棚室栽培蔬菜，环境较封闭，容易积留氨气和二氧化碳，尤其是在施肥之后，会产生大量氨气，如果棚室内的氨气含量高于5mg/L，就会伤害到叶片的生长点，甚至使蔬菜产生生理障碍，导致植株枯萎。很多菜农都不会注意到有害气体的存在，以至于出现问题后找不到原因，也就无法解决问题。
5、过度使用农药
随着科技的发展，农药的种类也越来越多，在农业生产中农药的使用量也在不断增加，导致对农药的依赖性也不断增强，为了增加产量、提高蔬菜的商品性，农药用量越来越多，导致农残增加，破坏生态平衡，还有害人体健康。
6、种植结构不合理
民生活水平明显提高，城乡民众对蔬菜的需求日趋多样化，且要品质好、有营养、能保健。而从当前棚室蔬菜的种植情况来看，蔬菜的种类较为单一，对于供应市场，没有竞争优势。因此，及时调整蔬菜种植结构，发展适销对路的商品蔬菜，满足市场供应，扩大蔬菜品类，才能有效增加经济收入。