自从罗斯福号航空母舰被曝出有水手确诊后，美军对于此航母可能导致的疫情爆发事件进行了防控和管理。根据外媒的报道，罗斯福号曾向自己的上级送去了亲笔信，请求允许船员尽快下船隔离。因为航母上的空间呈密封状态，加上医疗设施较少，无法对航母中的疫情做出有效隔离。
从罗斯福号航母的确诊数字来看，疫情仍旧在进行传播，如果不能够尽快将隔离落实到位，大范围传播并非不可能。在舰长的亲笔信中还提到，“这不是战争，士兵们不该这么死去”，一方面能够看出舰长的确在担忧疫情的暴发，另外也证明舰长对此次疫情的严重程度了然于心，他知道这根本不是一场普通的传染病。
然而舰长的表态并未打动五角大楼，亲笔信也没用，五角大楼拒绝隔离罗斯福号上的所有官兵，只是对确诊人员以及密切接触者进行隔离。防长埃斯珀接受采访时回应，如今还没到“全舰隔离”的地步，还表示并未仔细阅读舰长的亲笔信，但是不忘提及如今国防部正在向航母提供物资、医疗援助。美军太平洋舰队负责人阿奎利诺上将的态度也相当乐观，他针对相关问题表示目前没有水手住院、使用呼吸机或者是出现危机情况，同时也表示对舰长的亲笔信表示欢迎，因为它表现了前线人员的需求。
这样的做法不免让人担忧，因为“钻石公主”号游轮的案例就在眼前，疫情在封闭空间里的传播速度很快，而能够容纳5000余人的罗斯福号航母已经暴发了疫情，形势不容乐观。美军给出不实行全舰隔离的理由是，罗斯福号仍旧需要相关人员去维持航母现状，海军水兵必须要随时操作、监护和维护这些核反应堆，而舰长在亲笔信中给出建议，让罗斯福号中留下约10%的人员去保证航母的安全和正常运行。
除去不愿意全舰隔离之外，五角大楼还下令封口。面对军内激增的确诊人数，五角大楼的应对办法是只公布确诊总数，并不公布细节，避免让外界知晓哪个单位的疫情更加严重。目前针对罗斯福号的疫情，美国海军已经命令其停靠在关岛基地，但是美海军高官表示，现在关岛的床位不够，需要联合当地政府为水手们找到可容纳的设施。值得注意的是，不少美军高官对于罗斯福号的疫情表示乐观，哪怕现在舰内已经有超200人被感染，但他们认为其仍旧具备着执行任务的能力。
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