可以说佩恩突袭木叶村是一个分水岭，在这之后评价就在也没有回升过，毕竟这里位置还是忍者的战斗，那之后的机会就神仙打架，没有了过去的严密的剧情、放弃了完善的战斗系统，直接导致了后期战斗已经成了放弃思考互放大招的战斗。
可以说火影之前的战斗结印、属性、体术、通灵术，各式各样的战斗互有制衡也会相互斗智，能够决定一场战斗胜负的不单单是忍术更重要的是战斗的智慧，这才是火影战斗中非常吸引人的精粹，而且战斗的过程中并没有真正的最强或者最弱，相信所有人都喜欢那种瞬间扭转败局的爽快感。
或许是因为前期的布局实在优秀，先不说里面各式的人物，单单就当中的忍术就有说之不尽的话题，各式结印的组合，查克拉的属性，相互克制的忍术，武器和体术开始整个战斗系统可以说铺展得十分的完善，基本上可以直接当做游戏的战斗系统，这个优秀的系统最可惜的是只是完整地执行到佩恩阶段，之后就几乎完全崩塌。
在剧情上缺乏以往的沉淀，以往引出一下个大敌都在之前埋下了引子，从大蛇丸到晓，但之后剧情就恍如脱缰的野马，一下子就把带土提上来然后宇智波斑再到辉夜，这种节奏简直就是快进一样，五影大会之后马上就陷入了忍界大战，这似乎就像赶剧情似的明明就缺乏理由但硬生生就发生了。
战斗的尤其是战斗的平衡部分最后就完全放弃，这几乎是所有热血少漫画的通病，到了后面那就总是只有主角才有所作为其他人都只能够看戏，岸本那就直接让所有人都陷入无限月读，这边连战斗的画面都可以省了，这样下来可以说是最简单的boss战，打下来也就是第七班和辉夜五人在打，真的可以省不少心思。
众多角色说来就来说走就走，不少人还活不过三集，而越往后也就越没有其他忍者的事情，几乎每个招式都能够毁灭木叶村好几次，也就是除了凯特其他人都只能够在一边看，这就完全的把之前众多角色一口气放弃了，这让不少粉丝相当的不满。
可以说火影几乎把它之前乃以成功的要素都抛弃，却无法找到新的元素得到原来读者的认同，忍者虽然是使用忍术来战斗但总不可能就单靠忍术来决胜负，因为后期的战斗几乎就是你出大招我来一个比你更大的，越大越大，要不就是刚刚耗尽查克拉完事，要不就是无限查克拉，总之几乎就没有了之前的各种在困境中斗智的精彩。