智能仓储物流系统执行层是仓库管理系统WMS，它是智能仓储物流系统的纽带。
WMS接收业务管理层（MES/ERP）下发的作业任务后，又将任务下发给物流系统控制层即WCS。同时，WMS通过对物料的信息采集，物料信息报表实时更新，物料收发信息实时跟踪，有效衔接采购物流和生产及销售物流，确保生产和售后所需零部件物资的准时化供应，使物流中心具有精益化、智能化、自动化、信息化程度高等特点。
用WMS可替代人工对订单物料进行分类存放的工作，谷器WMS系统将相应类型订单的物料暂存相应区域，待订单完成后，人工无须核对订单完成信息，系统会自动提醒订单完成信息。WMS具有模糊分析大数据的功能，它能将一段时间内的出库物料信息进行统计分析，并达到一定匹配度的物料进行组合；当匹配组合中的某种物料缺货时，系统会自动提示进行优先补货。
入库流程
仓库管理员根据业务管理层（MES/ERP）下发的采购订单进行收货盘点后，由质检员对物料进行质检，如果质检不合格，怎将不合格信息返回给ERP并进入退货流程；如果质检合格，则将物料组盘绑定后入库，入库成功后WMS记账。
出库流程
WMS对（MES/ERP）下发的出库订单进行审核。如果审核不合格，则将不合格信息返回给ERP，ERP管理员接收到不合格信息，调查后重新下单；如果审核合格，WMS将生成出库作业，并下发给WCS，进而下发至物流设备执行层出库作业。货物出库后，进行拣选、清单和交接等工作。
基于智能仓储物流系统的离散制造业物流中心具有以下特点：
（1）自动化程度高，人力成本低。
（2）空间利用率高，信息化程度高，管理水平高。
（3）货物分类存储，排放有序，账目清晰。
（4）按需配送，作业流程高效。