（一）建設行為終了之日起二年內未被發現，對"未批先建"違法行為不再處罰
《行政處罰法》第29條規定："違法行為在二年內未被發現的，不再給予行政處罰。法律另有規定的除外。前款規定的期限，從違法行為發生之日起計算；違法行為有連續或者繼續狀態的，從行為終了之日起計算。"
基於上述法律規定，《意見》對追溯期的適用進行了明確，認為"未批先建"違法行為的行政處罰追溯期限應當自建設行為終了之日起計算，自建設行為終了之日起二年內未被發現的，不予行政處罰。
（二）"未批先建"建設項目違反"三同時"驗收制度的，仍需處罰
新《建設項目環境保護管理條例》第23條規定了違反"三同時"驗收制度的法律責任，即"違反本條例規定，需要配套建設的環境保護設施未建成、未經驗收或者驗收不合格，建設項目即投入生產或者使用，或者在環境保護設施驗收中弄虛作假的，由縣級以上環境保護行政主管部門責令限期改正，處20萬元以上100萬元以下的罰款；逾期不改正的，處100萬元以上200萬元以下的罰款；對直接負責的主管人員和其他責任人員，處5萬元以上20萬元以下的罰款；造成重大環境污染或者生態破壞的，責令停止生產或者使用，或者報經有批准權的人民政府批准，責令關閉。"
《意見》指出建設項目違反環保設施"三同時"驗收制度投入生產或者使用期間，由於違反環保設施"三同時"驗收制度的違法行為一直處於連續或者繼續狀態，因此，環保部門仍可以對違反環保設施"三同時"驗收制度的違法行為依法作出處罰。
實際上，"未批先建"與違反"三同時"制度屬於一個建設行為同時違反兩種不同的法律規範，應當分別進行處罰。"未批先建"違法行為2年追溯期屆滿後，行政機關已經不能再給予處罰，但違反"三同時"驗收制度的違法行為仍處於繼續的狀態，仍可對違反"三同時"制度的違法行為進行處罰。
（三）"未批先建"建設項目有違法排污情形的，屬於獨立違法行為，另行處罰
《意見》指出建設項目"未批先建"並投入生產或者使用後，有關單位或者個人具有超過污染物排放標準排污，通過暗管、滲井、滲坑、灌注或者篡改、偽造監測數據，或者不正常運行污染防治設施等逃避監管的方式排污等情形之一，分別構成獨立違法行為的，環保部門應當對相關違法行為依法予以處罰。
環境保護專門法如《固體廢物污染環境防治法》、《大氣污染防治法》、《水污染防治法》、《噪聲污染防治法》中均對超標排污、逃避監管方式排污行為規定了相應的法律責任，污染者違法排污的行為可以根據不同領域環境保護專門法的法律責任條款予以處罰。
如：《水污染防治法》第83條"違反本法規定，有下列行為之一的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門責令改正或者責令限制生產、停產整治，並處十萬元以上一百萬元以下的罰款；情節嚴重的，報經有批准權的人民政府批准，責令停業、關閉：
（一）未依法取得排污許可證排放水污染物的；
（二）超過水污染物排放標準或者超過重點水污染物排放總量控制指標排放水污染物的；
（三）利用滲井、滲坑、裂隙、溶洞，私設暗管，篡改、偽造監測數據，或者不正常運行水污染防治設施等逃避監管的方式排放水污染物的；
（四）未按照規定進行預處理，向污水集中處理設施排放不符合處理工藝要求的工業廢水的。"
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